Galvenā atšķirība starp LINE un SINE ir tāda, ka LINE (ilgi mijas kodolelementi) ir garāku retrotranspozonu veids, kas nav LTR, savukārt SINE (īsi interspersed kodolelementi) ir daudz īsāku retrotranspozonu veids, kas nav LTR.
Ne-LTR retrotransposoni nesatur garus termināla atkārtojumus (LTR). Tomēr tie satur reversās transkriptāzes, RNS saistošā proteīna, nukleāzes un ribonukleāzes H domēna gēnus. Ne-LTR retrotransposoniem ir īsi atkārtojumi. Šiem atkārtojumiem ir apgriezta bāzu secība blakus viena otrai. Bez tam ne-LTR retrotransposoniem ir arī tieši atkārtojumi, kas atrodami LRT transposonos. Retrotransposoni, kas nav LTR, iedalās divās kategorijās - LINE un SINE.
Kas ir LĪNIJAS?
LĪNIJAS (ilgi mijas kodolelementi) ir garāki retrotranspozoni, kas nav LTR. Tie ir plaši izplatīti eikariotu genomos. Parasti tie veido 21,1% no cilvēka genoma. Katra LĪNIJA ir aptuveni 7000 bāzes pāru gara. LINEs var pārrakstīt uz mRNS un pārvērsties proteīnā, kas var darboties kā reversās transkriptāzes enzīms. Šī reversā transkriptāze rada LINEs RNS DNS kopijas. Šīs DNS kopijas var integrēt genomā jaunā vietā.
Attēls 01: LĪNIJAS un SINES
Cilvēka genomā ir tikai viena bagātīga LĪNIJA, ko sauc par LINE-1. LINE-1 elements ir aptuveni 6000 bāzes pāru garš. Cilvēka genomā ir aptuveni 100 000 atdalītu LINE-1 elementu. LINE var rasties nejaušas mutācijas. Sakarā ar nejaušām mutācijām LINE var deģenerēties. Tie vairs netiek pārrakstīti vai tulkoti. Turklāt līnijas ir sagrupētas piecās galvenajās grupās, piemēram, L1, RTE, R2, I un žokejs. Šīs piecas grupas sīkāk iedalās vēl 28 kladēs.
Līnijas parasti tiek izplatītas, izmantojot mehānismu, ko sauc par mērķa primārās reversās transkripcijas mehānismu (TPRT). LINE ievietošana izraisa cilvēku slimības, piemēram, hemofiliju A, vēzi, Mendeļa traucējumus utt. LINE hipometilācija izraisa arī noteiktus vēža veidus.
Kas ir SINE?
SINEs (īsi interspersed kodolelementi) ir daudz īsāku retrotransposonu veids, kas nav LTR. Tie ir aptuveni 100 līdz 700 bāzes pāru garumā. SINE ir arī DNS elementi, kas pastiprinās visos eikariotu genomos, izmantojot RNS starpproduktus. SINE veido apmēram 13% no zīdītāju genoma. SINE iekšējie reģioni nāk no tRNS. Tas joprojām ir ļoti konservēts. Tie bieži sastopami daudzās mugurkaulnieku un bezmugurkaulnieku sugās. Kopiju skaita variācijas un mutācijas SINE var iekļaut, lai izveidotu uz filoģenēzi balstītu sugu klasifikāciju.
SINE var iedalīt trīs galvenajos veidos: CORE-SINE, V-SINE un AmnSINE. Alu elements ir visizplatītākais SINE primātos. Turklāt ir vairāk nekā 50 cilvēku slimības, kas saistītas ar SINE ievietošanu. Kad tie tiek ievietoti eksonos vai to tuvumā, tie var izraisīt nepareizu savienošanu vai mainīt lasīšanas rāmi. Tas izraisa slimību fenotipus, piemēram, krūts vēzi, resnās zarnas vēzi, leikēmiju, hemofiliju, cistisko fibrozi, resnās zarnas vēzi, Denta slimību, neirofibromatozi utt.
Kādas ir līdzības starp līnijām un sinusiem?
- LINEs un SINE ir divu veidu retrotranspozoni, kas nav LTR.
- Abiem nav garu gala reģionu (LTR).
- Abi pārsvarā sastopami tikai eikariotos.
- Tie abi nav autonomi.
Kāda ir atšķirība starp LINE un SINE?
LINE ir garāki ne-LTR retrotransposoni, savukārt SINE ir daudz īsāki ne-LTR retrotransposoni. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp LINE un SINE. Turklāt LINES kodē reversās transkriptāzes enzīmu, savukārt SINE nekodē reversās transkriptāzes enzīmu. Tādējādi šī ir vēl viena atšķirība starp LINEs un SINE.
Citas atšķirības starp LINE un SINE ir norādītas zemāk tabulas veidā, lai salīdzinātu tos blakus.
Kopsavilkums - LINEs pret SINEs
Retrotransposoni galvenokārt atrodami visos eikariotos, bet prokariotos to nav. Aptuveni 37% cilvēka genoma satur retrotranspozonus. Retrotransposoni galvenokārt ir divu veidu: LTR un Non-LTR retrotransposoni. Ne-LTR retrotransposoni nesatur garus terminālos atkārtojumus (LTR), kas atrodas LTR retrotransposonos. Retrotransposoni, kas nav LTR, tiek iedalīti divās kategorijās: LINEs un SINE. LINEs ir garāki ne-LTR retrotransposoni, savukārt SINE ir daudz īsāki ne-LTR retrotransposoni. Tādējādi šis ir kopsavilkums par atšķirību starp LINEs un SINE.
