Galvenā atšķirība starp dNTP un ddNTP ir tāda, ka dNTP jeb dezoksiribonukleotīdi ir DNS celtniecības bloki un tiem ir 3'-OH grupa uz pentozes cukura struktūras, savukārt ddNTP jeb didezoksinukleozīda trifosfāti ir nukleotīdi, kuriem trūkst 3'-OH grupas, un tie ir tiek izmantotas Sanger dideoxy DNS sekvencēšanas tehnikā, lai iegūtu dažāda garuma DNS sekvences.
dNTP un ddNTP ir nukleotīdi. dNTP attiecas uz dezoksiribozes nukleotīdiem. Tie ir DNS celtniecības bloki. dNTP izmanto DNS sintezēšanai. No otras puses, dNTP attiecas uz didezoksinukleozīda trifosfātiem. Tos izmanto Sangera sekvencēšanā, lai pārtrauktu DNS sintēzi dažādos garumos. Viņiem trūkst OH grupas 3' pozīcijā. Ūdeņradis atrodas pozīcijā 3ʹ OH grupas vietā. Tāpēc ddNTP nespēj veidot fosfodiestera saiti ar nākamo nukleotīdu. dNTP spēj veikt DNS sintēzi, savukārt ddNTP spēj pārtraukt DNS polimerizāciju.
Kas ir dNTP?
dNTP apzīmē dezoksiribozes nukleotīdu vai dezoksiribonukleotīdu. Tas ir DNS celtniecības bloks. Ir četri dNTP veidi. Tie ir dATP, dTTP, dCTP un dGTP. Tie ir nosaukti pēc purīna vai pirimidīna slāpekļa bāzes: adenīns (A), guanīns (G), timīns (T) un citozīns (C).
01. attēls: dNTP
Adenīns un guanīns ir purīna bāzes, savukārt timīns un citozīns ir pirimidīna bāzes. DNTP pentozes cukurs ir dezoksiriboze. Ir arī fosfātu grupa. Tāpēc dNTP sastāv no trim sastāvdaļām: slāpekļa bāzes, dezoksiribozes cukura un fosfātu grupas. Šie dNTP savienojas viens ar otru, izmantojot fosfodiestera saites. dNTP ir OH grupa, kas pievienota pentozes cukura 3' pozīcijā, kas ir nepieciešama, lai izveidotu saikni ar fosfātu grupu, kas pievienota nākamā nukleotīda cukura 5' ogleklim. Tā kā visiem dNTP ir šī 3'-OH grupa, tie spēj sintezēt un paplašināt DNS virknes. Tādējādi dNTP darbojas kā galvenā DNS un gēnu ķīmiskās vielas atkārtošanās vienība. DNS sintēze vienmēr notiek no 5ʹ līdz 3ʹ.
Kas ir DdNTP?
Sangera sekvencēšana ir pirmās paaudzes DNS sekvencēšanas metode, ko 1977. gadā izstrādāja Frederiks Sangers un viņa koledžas. Tā ir zināma arī kā ķēdes pārtraukšanas sekvencēšana vai dideoksisekvencēšana, jo šīs metodes pamatprincips ir ķēdes pārtraukšana, izmantojot dideoksinukleozīdu trifosfātus. (ddNTP). ddNTP ir nukleotīdi, ko izmanto Sangera sekvencēšanā. Sangera sekvencēšana balstās uz selektīvu ddNTP iekļaušanu un DNS sintēzes pārtraukšanu in vitro DNS replikācijas laikā. DdNTP īpatnība ir tāda, ka tiem trūkst 3'-OH grupas uz pentozes cukura, lai turpinātu fosfodiestera saites veidošanos starp 5' fosfātu grupu blakus esošajā nukleotīdā. Tādējādi, tiklīdz ddNTP ir pievienots pagarinātajai daļai, ķēdes pagarinājums beidzas un beidzas no šī punkta. Sangera sekvencēšanas metodes laikā ddNTP darbojas kā DNS polimerāzes ķēdes pagarināšanas inhibitori.
2. attēls: ddNTP
Sangera secībā tiek izmantoti četri ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP un ddTTP. Šie nukleotīdi aptur DNS replikācijas procesu, kad tie tiek iekļauti augošajā DNS virknē. Rezultātā Sangera sekvencēšana rada dažāda garuma īsu DNS. Kapilārā gēla elektroforēzi izmanto, lai sakārtotu šīs īsās DNS virknes pēc to izmēriem uz gēla. ddNTP ir radioaktīvi vai fluorescējoši marķēti ar dažādām krāsām, lai atvieglotu DNS sekvences analīzi. Analizējot želeju, var noteikt nezināmās DNS virknes nukleotīdu secību.
Kādas ir līdzības starp dNTP un DdNTP?
- Sangera secībā tiek izmantots gan dNTP, gan ddNTP.
- Ir četri dNTP un ddNTP veidi.
- Tās sastāv no trim sastāvdaļām: slāpekļa bāzes, dezoksiribozes cukura un fosfātu grupām.
Kāda ir atšķirība starp dNTP un DdNTP?
dNTP ir viens no četriem dezoksiribonukleotīdu veidiem, kas ir DNS celtniecības bloki. ddNTP ir viens no četriem didezoksiribonukleozīdu trifosfātu veidiem, ko izmanto Sangera sekvencēšanas tehnikā. dNTP ir 3'-OH grupa uz pentozes cukura, savukārt ddNTP trūkst 3'-OH grupas uz pentozes cukura. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp dNTP un ddNTP. Turklāt dNTP veic DNS polimerizāciju, bet ddNTP pārtrauc DNS polimerizāciju. Tādējādi šī ir vēl viena būtiska atšķirība starp dNTP un ddNTP.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir norādītas atšķirības starp dNTP un ddNTP.
Kopsavilkums - dNTP pret DdNTP
Parasti dNTP ir DNS bloki, savukārt ddNTP ir nukleotīdi, ko izmanto Sangera sekvencēšanas tehnikā. dNTP ir 3ʹ-OH, savukārt ddNTP trūkst 3ʹ-OH. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp dNTP un ddNTP. Turklāt dNTP var sintezēt DNS virkni, savukārt ddNTP var pārtraukt DNS polimerizāciju. Tāpēc ddNTP tiek izmantoti Sangera sekvencēšanā, lai iegūtu dažādas DNS virknes ar dažādu garumu. Sangera sekvencēšanas laikā tiek iekļauti gan dNTP, gan ddNTP.
