Galvenā atšķirība starp DNS un RNS zondēm ir tāda, ka DNS zondes ir DNS fragmenti, kas ir komplementāri mērķa nukleotīdu sekvencēm, savukārt RNS zondes ir vienpavedienu RNS posmi, kas ir komplementāras mērķa sekvenču nukleīnskābju sekvences.
Zonde ir mākslīgi sintezēta īsa DNS vai RNS secība, ko var marķēt radioaktīvi vai ar neradioaktīvām molekulām. Tā garums var būt no 100 līdz 1000 bāzēm. Zondes ir noderīgas, lai noteiktu mērķa nukleotīdu sekvences, kas ir komplementāras ar zondes secību. Pēc pievienošanas zondes tiek hibridizētas ar komplementārajām sekvencēm vai mērķa sekvencēm un padara tās redzamas, lai identificētu mērķa sekvences, jo tās satur radioaktivitāti. Zondes ir svarīgi molekulāri instrumenti daudzās mikrobu un molekulārās jomās, piemēram, ģenētisko slimību noteikšanai, virusoloģijā, tiesu medicīnas patoloģijā, paternitātes pārbaudē, DNS pirkstu nospiedumu noņemšanā, RFLP, molekulārajā citoģenētikā, in situ hibridizācijā utt.
Kas ir DNS zondes?
DNS zondes ir vienpavediena DNS posmi. Tos var izmantot, lai noteiktu komplementāru nukleīnskābju sekvences (mērķa sekvences) ar hibridizāciju. Tiklīdz DNS zonde ir hibridizējusies ar komplementāro secību, tā veido divpavedienu hibrīdu. Lai tos atklātu, DNS zondes parasti marķē ar radioizotopiem, biotīnu, epitopiem vai fluoroforiem. Ar biotīnu marķētās DNS zondes var noteikt ar streptavidīnu iezīmētu sārmaino fosfatāzi ar vairākām fermentatīvām un ķīmiskām metodēm.
Attēls 01: DNS zonde
DNS zondes nukleotīdu secība ir zināma. Tās ir īsas sekvences, kuru garums ir no 100 līdz 1000 bāzes pāriem. Garās DNS zondes var ģenerēt ar rekombinantās DNS tehnoloģiju. Tos var ģenerēt arī ar PCR un klonēšanu. Klīniskās mikrobioloģijas laboratorijās ir viegli pieejamas DNS zondes ātrai infekcijas slimību diagnostikai.
Kas ir RNS zondes?
RNS zondes ir vienpavediena RNS posmi. Tās ir komplementāras sekvences parauga mērķa sekvencēm. Tos parasti sintezē ar RNS polimerāzēm no bakteriofāgiem SP6, T7 vai T3, veicot DNS in vitro transkripciju. Garās RNS zondes var ģenerēt ar in vitro transkripciju no linearizētas plazmīdas DNS. Parasti RNS zondes stipri un ciešāk saistās ar to komplementārajām sekvencēm nekā DNS zondes. Līdzīgi kā DNS zondes, arī RNS zondes var marķēt, kamēr tās tiek transkribētas.
Kādas ir līdzības starp DNS un RNS zondēm?
- Gan DNS, gan RNS zondes ir vienpavedienu nukleotīdu sekvences.
- Abi ir mākslīgi izstrādāti un sintezēti.
- Turklāt tos var marķēt ar radioizotopiem, epitopiem, biotīnu vai fluoroforiem.
- Tām ir spēcīga afinitāte pret konkrētu DNS vai RNS mērķa secību.
- Tos izmanto dažādās blotēšanas un in situ hibridizācijas tehnikās mērķa nukleīnskābju sekvenču noteikšanai.
- Abu veidu zondes var hibridizēt ar to komplementārajām sekvencēm.
- Tos izmanto arī mikroorganismu identificēšanā un infekcijas, iedzimtu un citu slimību diagnostikā.
Kāda ir atšķirība starp DNS un RNS zondēm?
DNS zonde ir īss DNS posms, kas papildina mērķa secību. No otras puses, RNS zonde ir īss vienpavedienu RNS posms, kas komplementārs mērķa secībai. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp DNS un RNS zondēm. Turklāt DNS zondes satur A, T, C un G, savukārt RNS zondes satur A, U, C un G.
Turklāt vēl viena atšķirība starp DNS un RNS zondēm ir to termodinamiskā stabilitāte. RNS zondes uzrāda lielāku termodinamisko stabilitāti salīdzinājumā ar DNS zondēm.
Zemāk infografikā parādītas svarīgās atšķirības starp DNS un RNS zondēm.
Kopsavilkums - DNS vs RNS zondes
Zonde ir neliels DNS vai RNS fragments, ko izmanto, lai ar molekulāro hibridizāciju noteiktu konkrētas sekvences klātbūtni DNS vai RNS paraugā. DNS zondes ir īsi vienpavedienu DNS fragmenti, savukārt RNS zondes ir īsas vienpavedienu RNS sekvences. Tās ir zināmas secības. RNS zondēs termodinamiskā stabilitāte ir lielāka nekā DNS zondēs. RNS zondes cieši saistās ar savām komplementārajām sekvencēm nekā DNS zondes. Tādējādi šeit ir apkopota atšķirība starp DNS un RNS zondēm.
