Galvenā atšķirība - zonde pret grunti
Molekulārā zonde ir mazs DNS vai RNS fragments, kas atpazīst komplementārās sekvences DNS vai RNS un ļauj identificēt mērķa secību. Primer ir neliels DNS vai RNS posms, kas kalpo par DNS sintēzes sākumpunktu. Praimeri un zondes hibridizējas ar veidnes DNS vai mērķa DNS komplementārajiem nukleotīdiem. Tomēr galvenā atšķirība starp zondi un praimeri ir tā, ka primeri ir nepieciešami DNS replikācijai, savukārt zondes ir nepieciešamas specifisku secību noteikšanai DNS paraugā.
Kas ir zonde?
Zonde ir neliels DNS vai RNS fragments, ko izmanto, lai ar molekulāro hibridizāciju noteiktu mērķa DNS vai RNS paraugā. Tos sauc arī par molekulārajiem marķieriem. Zondes garums var atšķirties (100 līdz 1000 bāzes), un zondes nukleotīdi ir komplementāri mērķa sekvences daļai. Lai atvieglotu noteikšanu, zondes ir marķētas ar radioaktīviem izotopiem vai fluorescējošām krāsvielām vai antivielām. Zondes saistās ar mērķa sekvences komplementārajām bāzēm un atklāj mērķa DNS vai RNS klātbūtni paraugā. Ir divas galvenās zondes marķēšanas metodes: gala marķēšana un nick translācija. Zondes tiek iedalītas dažādos veidos, tostarp DNS zondes, RNS zondes, cDNa zondes un sintētisko oligonukleotīdu zondes, un tās tiek sagatavotas, izmantojot dažādas metodes.
Zondes ir svarīgi instrumenti daudzās mikrobu un molekulārās jomās, piemēram, virusoloģijā, tiesu medicīnas patoloģijā, paternitātes pārbaudē, DNS pirkstu nospiedumu noņemšanā, ģenētisko slimību noteikšanā, RFLP, molekulārajā citoģenētikā, in situ hibridizācijā utt.
Attēls 01: Fluorescējoši marķēta zonde, ko izmanto FISH patogēnu noteikšanai
Kas ir Primer?
Primer ir īss DNS vai RNS fragments, kas kalpo kā DNS sintēzes iniciators. DNS polimerāzes enzīms pievieno nukleotīdus praimeru secības 3' OH grupai un sintezē jauno virkni, kas ir komplementāra veidnes DNS. Praimeri ir ļoti īsi fragmenti ar garumu no 18 līdz 20 nukleotīdiem. Tos ķīmiski sintezē laboratorijā DNS amplifikācijai in vitro (PCR). Primeriem var būt jebkura nukleotīdu secība, jo tos ir izstrādājis lietotājs. Tie tiek sintezēti, lai tie atbilstu veidnes DNS komplementārajām bāzēm. Tāpēc tai var būt jebkura nukleotīdu secība. Primeriem ir ārkārtīgi liela nozīme DNS replikācijā, jo DNS polimerāze nevar sintezēt jaunu DNS bez iepriekš esoša DNS gabala. Izstrādājot primerus PCR, jāņem vērā šādas lietas:
- Primeriem ir jāsatur komplementārie nukleotīdi DNS blakus galam, kas vēlas amplificēt.
- Gruntējuma kušanas temperatūrai jābūt no 55 līdz 65 0C
- G un C saturam ir jābūt no 50 līdz 60%.
PCR izmanto divus praimerus kā tiešo un reverso, lai replikētu abas parauga DNS virknes. Primerus parasti izmanto, lai veiktu PCR un DNS sekvencēšanu.
Attēls 02: Primer atkvēlināšana PCR
Kāda ir atšķirība starp Probe un Primer?
Probe vs Primer |
|
| Zonde ir neliels DNS/RNS fragments, ko izmanto, lai noteiktu mērķa sekvences klātbūtni paraugā ar molekulāro hibridizāciju. | Primer ir neliels DNS vai RNS posms, kas kalpo par DNS replikācijas sākumpunktu. |
| Funkcija | |
| Tas nosaka noteiktas secības klātbūtni DNS vai RNS paraugā. | Tas darbojas kā DNS sintēzes sākumpunkts. |
| Garums | |
| Garums var būt diapazonā no 100 līdz 1000 bāzēm | Garums parasti ir aptuveni 18–20 bāzes |
| Saistīšana ar komplementāru secību | |
| Zonde hibridizējas ar mērķa sekvences komplementārajām bāzēm | Primer atkvēlina ar DNS virkņu komplementārajām bāzēm. |
| Marķēšana | |
| Zondes ir marķētas, lai atvieglotu noteikšanu | Primers parasti nav marķēts |
| Izmantot PCR | |
| Zondes netiek izmantotas PCR | PCR tiek izmantoti primeri |
Kopsavilkums - Probe vs Primer
Zonde ir neliels DNS vai RNS sekvences fragments, ko var hibridizēt ar komplementāriem nukleotīdiem, lai paraugā noteiktu mērķa secību. Zondes tiek marķētas radioaktīvi, imunoloģiski vai fluorescējoši, lai redzētu mērķa sekvences klātbūtni. Primer ir ļoti mazs DNS vai RNS fragments, kas darbojas kā sākumpunkts DNS amplifikācijai in vitro. DNS polimerāze identificē 3' OH grupas primeru un ierosina jaunas virknes veidošanu, kas papildina veidni. Zondes un primeri darbojas līdzīgi, hibridizējot ar komplementāriem nukleotīdiem. Tādējādi galvenā atšķirība starp zondi un grunti ir to galvenā funkcija.
