Galvenā atšķirība starp spirāles cilpas spirāli un spirāles cilpas spirāli ir tā, ka spirāles cilpas spirāle mediē proteīnu dimerizāciju, bet spirāles spirāle regulē gēnu ekspresiju, saistoties ar DNS.
Proteīna motīvs ir īslaicīgi konservēta secība, kas saistīta ar atšķirīgām DNS funkcijām. Tas galvenokārt ir saistīts ar īpašu strukturālu vietu ar unikālu ķīmisku vai bioloģisku funkciju. Šie motīvi satur nelielus trīsdimensiju aminoskābju struktūru reģionus ar dažādām olb altumvielu molekulām. Parasti atsevišķi motīvi satur tikai dažus elementus. Spirāle-cilpa-spirāle un spirāle-pagrieziena-spirāle satur trīs elementus. To proteīnu strukturālie motīvi ietver dažāda garuma cilpas un nenoteiktas struktūras.
Kas ir Helix-Loop-Helix?
Helix-loop-helix (HLH) ir proteīna strukturāls motīvs, kas nosaka vienu no lielākajām dimerizējošo transkripcijas faktoru saimēm. Šie transkripcijas faktori satur aminoskābju atliekas, lai atvieglotu DNS saistīšanās mehānismu, un tie ir dimēri. Olb altumvielu strukturālais motīvs satur divas α-spirāles, un tās ir savienotas ar cilpu. Viena spirāle šķiet mazāka no abām spirālēm, un cilpas elastība nodrošina dimerizāciju, saspiežot un salokot pret citu spirāli. Spirāle, kas šķiet lielāka, parasti satur DNS saistošos reģionus. HLH proteīni saistās ar konsensa secību, kas pazīstama kā E-box. Konsensa secība ir aprēķināta secība, kas satur nukleotīdu vai aminoskābju atlikumus. E-box ir elements, kas reaģē uz DNS dažos eikariotos, kas darbojas kā proteīnu saistīšanās vieta un regulē gēnu ekspresiju.
01. attēls: spirāles-cilpas-spirāles motīvs
HLH transkripcijas faktori ir būtiski attīstībai un šūnu aktivitātei. HLH proteīni galvenokārt pieder sešām grupām, kuras ir norādītas no burtiem A līdz F. Katrā grupā iekļautie transkripcijas faktori ir:
A grupa: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD un Neurogenins, B grupa: MAX, C-Myc, N-Myc un TCF4
C grupa: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 un MOP5
D grupa; EMC
E grupa: HEY1 un HEY2
F grupa: EBF1
Tā kā lielākā daļa HLH transkripcijas faktoru ir heterodimēri, dimerizācija bieži tos regulē.
Kas ir Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) ir proteīna strukturāls motīvs, kas spēj saistīt DNS. Katrs monomērs ir sakārtots ar divām α-spirālēm un ir savienots ar īsu aminoskābju virkni. Tas saistās ar rievu DNS spirālē. HTH motīvi parasti regulē gēnu ekspresiju. HTH atpazīšanu un saistīšanos ar DNS veic divas α-spirāles. Viena spirāle aizņem N-gala galu, bet otra atrodas C-galā. Vairumā gadījumu spirāle veic DNS atpazīšanu. Tāpēc to sauc par atpazīšanas spirāli. Saistīšanās ar DNS rievu notiek, izmantojot virkni Van der Waals mijiedarbības un ūdeņraža saites ar atklātām bāzēm. Otra α-spirāle stabilizē proteīna un DNS mijiedarbību, un tai nav lielas nozīmes atpazīšanā. Tomēr atpazīšanas spirālei un atlikušajai spirālei ir līdzīga orientācija.
Attēls 02: TetR saimes spirāles-pagrieziena spirāle
HTH ir klasificēts pēc spirālveida struktūras un telpiskā izvietojuma. Galvenie veidi ir dispirālveida, trīsspirālveida, tetraspirālveida un spārnotais HTH. Dispirāles tips ir vienkāršākais tips ar divām spirālēm un neatkarīgu saliekamo proteīna domēnu. Tri-spirālveida tips ir atrodams transkripcijas aktivatorā Myb. Tetraspirālveida tipam ir papildu C-termināla spirāle. Visbeidzot, spārnoto HTH veido 3 spirālveida saišķis un 3 vai 4 pavedienu beta loksne.
Kādas ir Helix-Loop-Helix un Helix-Turn-Helix līdzības?
- Helix-cilp-spirāle un spirāle-pagrieziena-spirāle ir proteīna strukturālie motīvi.
- Abos gadījumos ir kopsaucējs pamata un specifiskos transkripcijas faktoros.
- Tie atrodas eikariotos.
Kāda ir atšķirība starp Helix-Loop-Helix un Helix-Turn-Helix?
Helix-loop-helix mediē proteīnu dimerizāciju, savukārt spirāles-pagrieziena spirāle regulē gēnu ekspresiju caur DNS saistīšanos. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp spirāles-cilpas-spirāles un spirāles-pagrieziena spirāli. Turklāt HLH satur noteiktus proto-onkogēnus un gēnus, kas iesaistīti diferenciācijā, kas kodē transkripcijas faktorus, savukārt HTH satur daudzus homeotiskus gēnus, kas kodē transkripcijas faktorus. Turklāt spirāle-cilpa-spirāle galvenokārt sastāv no alfa-spirālēm, kas savienotas ar cilpu, savukārt spirāles-spirāles-spirāle galvenokārt sastāv no cilpām, kuras savieno īss aminoskābju statīvs, veidojot rievu.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir parādītas atšķirības starp spirāles-cilpas-spirāles un spirāles-pagrieziena-spirāles salīdzinājumu.
Kopsavilkums - Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Proteīna motīvs ir īslaicīgi konservēta secība, kas saistīta ar atšķirīgām DNS funkcijām. Helix-cilpa-spirāle un spirāle-pagrieziena-spirāle ir divu veidu proteīna strukturālie motīvi. Galvenā atšķirība starp spirāles-cilpas-spirāli un spirāles-cilpas-spirāli ir tā, ka spirāles-cilpas-spirāle mediē proteīnu dimerizāciju, turpretī spirāles-cilpas-spirāle regulē gēnu ekspresiju caur DNS saistīšanos. HLH ir proteīna strukturāls motīvs, kas nosaka vienu no lielākajām dimerizējošo transkripcijas faktoru saimēm. Olb altumvielu strukturālais motīvs satur divas α-spirāles, un tās ir savienotas ar cilpu. HTH ir proteīna strukturāls motīvs, kas spēj saistīt DNS. Katrs monomērs ir sakārtots ar divām α-spirālēm, un to savieno īsa aminoskābju virkne un saistās ar rievu DNS spirālē. Tātad, šeit ir apkopota atšķirība starp spirāles-cilpas-spirāles un spirāles-pagrieziena spirāli.
