Galvenā atšķirība starp augu un dzīvnieku DNS ekstrakciju ir tāda, ka augu DNS ekstrakcijā ir nepieciešams salauzt šūnu sieniņu, sasmalcinot audus sausā ledū vai šķidrā slāpeklī, lai atbrīvotu šūnu saturu dzīvnieku DNS ekstrakcijas laikā., šī darbība nav jāveic, jo dzīvnieku šūnām nav šūnu sienas.
Genomiskā DNS ir augu un dzīvnieku šūnu ģenētiskais materiāls. Genomiskā DNS ir unikāla katram atsevišķam augam vai dzīvniekam. Labas kvalitātes DNS DNS ekstrakcija ir priekšnoteikums molekulārajiem pētījumiem. Organismu DNS tiek iegūts identificēšanai, slimību diagnostikai, specifisku gēnu un sekvenču noteikšanai, kriminālistikas nolūkos, paternitātes noteikšanai, genoma sekvencēšanai, zāļu izstrādei utt. DNS ekstrakcijas metode atšķiras atkarībā no šūnu veida – vai tā ir dzīvnieka vai augu šūna.
Kas ir augu DNS ekstrakcija?
DNS augu šūnās tiek ekstrahēta dažādiem molekulāriem pētījumiem. Ir nepieciešams iegūt neskartu, tīru genoma DNS. Tādējādi ir dažādi DNS ekstrakcijas protokolu veidi, kas atšķiras no DNS ekstrakcijas protokoliem no dzīvnieku šūnām. Tas ir tāpēc, ka augu šūnām ir šūnu siena, kas jāpārrauj, lai izvadītu šūnu saturu.
Ekstrakciju parasti veic, sasmalcinot augu audus sausā ledū vai šķidrā slāpeklī, izmantojot javu un piestu. Pēc tam šūnu membrānas tiek izjauktas, un šūnu saturs tiek izņemts ekstrakcijas buferī. Parasti to dara, izmantojot mazgāšanas līdzekli; SDS (nātrija dodecilsulfāta) vai CTAB (cetiltrimetilamonija bromīda) buferšķīdums. Atbrīvotā DNS tiek aizsargāta no endogēnām nukleāzēm, izmantojot helātu veidojošo līdzekli, piemēram, EDTA. Turklāt olb altumvielas tiek atdalītas no DNS, izmantojot hloroformu vai fenolu.
Attēls 01: augu DNS ekstrakcija
Augi sintezē polisaharīdus un polifenolus, tostarp flavonoīdus un citus sekundāros metabolītus. Šie savienojumi traucē tīras genoma DNS ekstrakciju. Tādējādi lielākā daļa augu DNS ekstrakcijas protokolu ietver vēl vienu darbību, piemēram, cēzija hlorīda blīvuma gradienta metodi, lai novērstu šos savienojumus.
Lielākā daļa DNS ekstrakcijas protokolu iesaka DNS ekstrakcijai izmantot svaigu lapu paraugus. Dažas metodes neietver bīstamas ķīmiskas vielas, piemēram, šķidro slāpekli un fenolu. CTAB (Cetyl trimethylammonium bromide) protokols ir populārs augu DNS ekstrakcijas protokols, kas atvieglo augstas kvalitātes augu genoma DNS ekstrakciju. Tā ir vienkārša, droša, uzticama un rentabla metode augu DNS ekstrakcijai. Lielākā daļa citu metožu ir modificētas CTAB metodes versijas.
Kas ir dzīvnieku DNS ekstrakcija?
Dzīvnieku DNS ekstrakcija ir genoma DNS ekstrakcija no dzīvnieku šūnām molekulārai analīzei. Atšķirībā no augu DNS ekstrakcijas, šūnu sienas sadalīšana dzīvnieku šūnām nav nepieciešama, jo tām trūkst šūnu sienas. Asins šūnas ir visizplatītākais dzīvnieku šūnu veids, ko izmanto dažādiem mērķiem.
2. attēls: DNS ekstrakcija
Fenola-hloroforma metode ir viena no labākajām izvēlēm asins šūnām. DNS iznākums un kvalitāte ir augsta, ekstrahējot DNS ar šo metodi. Tas ir šķidruma-šķidruma DNS ekstrakcijas protokols, un šī metode atdala DNS molekulas, pamatojoties uz to šķīdību nesajaucamos šķīdumos. Fenols, hloroforms un izoamilspirts ir trīs galvenās šīs metodes sastāvdaļas.
Kādas ir līdzības starp augu un dzīvnieku DNS ekstrakciju?
- Gan augu, gan dzīvnieku DNS ekstrakcijas laikā ir jāizjauc šūnu membrānas.
- DNS ir jāaizsargā no endogēnām nukleāzēm.
- Turklāt ir jānovērš DNS griešana.
- Ir pieejami komerciāli komplekti augu DNS un dzīvnieku DNS ekstrakcijai.
- Lielākajai daļai augu un dzīvnieku DNS ekstrakcijas metožu ir nepieciešama nepārtraukta modifikācija un standartizācija.
Kāda ir atšķirība starp augu un dzīvnieku DNS ekstrakciju?
Galvenā atšķirība starp augu un dzīvnieku DNS ekstrakciju ir tāda, ka augu DNS ekstrakcijai augu audi ir jāsasmalcina sausā ledū vai šķidrā slāpeklī, lai salauztu šūnu sieniņu, savukārt dzīvnieku DNS ekstrakcijai šis solis nav nepieciešams, jo tie ir dzīvnieki. šūnām nav šūnu sienas. CTAB metode ir viena no labākajām augu DNS ekstrakcijas metodēm, savukārt fenola hloroforma metode ir viena no labākajām dzīvnieku DNS ekstrakcijas metodēm.
Zemāk infografikā parādītas atšķirības starp augu un dzīvnieku DNS ekstrakciju.
Kopsavilkums - augu un dzīvnieku DNS ekstrakcija
Ir pieejamas dažādas metodes DNS ekstrakcijai no dažādiem šūnu tipiem. Tāpēc augu DNS ekstrakcijas protokoli atšķiras no dzīvnieku šūnu DNS ekstrakcijas protokoliem. Augu DNS ekstrakcijai ir nepieciešams izjaukt šūnu sienu, šūnu membrānu un kodola membrānu, savukārt dzīvnieku DNS ekstrakcijai ir jāsadala šūnu membrāna un kodola membrāna. Vēl svarīgāk ir tas, ka dzīvnieku šūnu DNS ekstrakcijai nav nepieciešams izjaukt šūnu sienas, sasmalcinot to sausajā ledū vai šķidrā slāpeklī. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp augu un dzīvnieku DNS ekstrakciju.
