Galvenā atšķirība starp sintezēšanu un kolinearitāti ir tāda, ka sintezēšana ir ģenētisko lokusu fiziska līdzlokalizācija vienā un tajā pašā hromosomā sugās, savukārt kolinearitāte ir ģenētisko lokusu fiziska līdzlokalizācija vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās, saglabājot tas pats pasūtījums.
Sintēnija un kolinearitāte ir divi termini, kas genomikā tiek lietoti savstarpēji aizstājami. Abi termini apraksta gēnu lokalizācijas modeļus dažādu sugu hromosomās. Šie saistītie gēnu izkārtojumi starp taksoniem ir vērtīga informācija, izsecinot gēnu kopīgu izcelsmi. Sintēnija attiecas uz ģenētisko loku fizisku līdzlokalizāciju vienā un tajā pašā hromosomā sugās. Kolinearitāte attiecas uz ģenētisko lokusu fizisku līdzlokalizāciju vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās, saglabājot to pašu secību. Tāpēc tā ir sintēnijas forma.
Kas ir Synteny?
Dažādās sugās ir gēnu kopums, kas atrodas vienā hromosomā. Un šī gēnu fiziskā līdzlokalizācija vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās ir pazīstama kā sintēnija. Arī šie gēni ir atrodami ļoti tuvu viens otram vienā hromosomā. Gēnu secība var nebūt vienāda. Bet gēnu lokalizācija tuvu viens otram tajā pašā hromosomā notiek sintēzē. Tāpēc sintēnija galvenokārt apraksta gēnu izplatības modeli hromosomā. Šie gēnu līdzlokalizācijas modeļi norāda uz attiecībām starp dažādām sugām un to evolūciju. Tomēr sintēnija var tikt traucēta hromosomu pārkārtošanās dēļ, piemēram, translokācijas, inversijas un hromosomu saplūšanas utt. dublēšanās, zuduma un nevienlīdzīgas homologas rekombinācijas dēļ.
Attēls 01: Sintēnija
Tiek uzskatīts, ka visi saistītie gēni ir sintēniski. Tomēr ne visi sintēniskie gēni ir obligāti saistīti. Viņiem ir kopīgas hromosomu sekvences. Cilvēkiem ir daudz sintētisko gēnu ar citiem zīdītājiem. Turklāt daudziem graudaugiem ir sintēniskie gēni.
Kas ir kolinearitāte?
Kolinearitāte ir specifiskāks sintēzes veids, kurā gēnu kopums atrodas vienā un tajā pašā dažādu sugu hromosomā tādā pašā secībā kā senču sugās. Tāpēc, ja ir novirze no kolinearitātes, tas būs ticamāks filoģenētiskais raksturs, jo kolinearitāte izskaidro gēnu kopīgo izcelsmi.
2. attēls: kolinearitāte
Daudzceļu kolinearitātes analīze sniedz daudz ticamāku informāciju par radniecīgām sugām un to filoģenēzi.
Kādas ir sintēnijas un kolinearitātes līdzības?
- Gan sintēnijā, gan kolinearitātē divu dažādu sugu lokusu kopa atrodas vienā hromosomā.
- Šie termini apraksta ģenētisko loku fizisku līdzlokalizāciju vienā hromosomā.
- Kolinearitāte ir specifiskāks sintēzijas veids.
- Dažreiz genomikā abi termini tiek lietoti kā sinonīmi.
- Ja diviem reģioniem ir kolinearitāte, tie acīmredzami ir sintēni.
- Tie ir noderīgi, lai secinātu filoģenēzi.
Kāda ir atšķirība starp sintēniju un kolinearitāti?
Sintēnija un kolinearitāte ir divi termini, kas genomikā tiek lietoti savstarpēji aizstājami. Sintēnija attiecas uz gēnu kopas fizisku līdzlokalizāciju vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās. Kolinearitāte ir sintēzijas veids, kurā gēnu kopums ir lokalizēts tādā pašā secībā starp dažādām sugām. Tāpēc šī ir galvenā atšķirība starp sintēzi un kolinearitāti.
Kopsavilkums - sintēnija pret kolinearitāti
Jēdzieni sintēnija un kolinearitāte attiecas uz gēnu kopumu, kas atrodas vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās. Faktiski šie gēni dažādās sugās ir lokalizēti vienā un tajā pašā hromosomā. Sintēnija apraksta vienā un tajā pašā hromosomā esošo gēnu kopas lokalizāciju dažādās sugās, savukārt kolinearitāte ir specifiskāks sintēzijas veids, kurā gēnu kopa tiek lokalizēta tādā pašā secībā. Tādējādi šeit ir apkopota atšķirība starp sintēzi un kolinearitāti.
