Galvenā atšķirība starp EcoRI un HindIII restrikcijas enzīmiem ir tāda, ka EcoRI ir II tipa restrikcijas enzīms, kas ir izolēts no E. coli, savukārt HindIII ir II tipa restrikcijas enzīms, kas ir izolēts no Haemophilus influenza.
Restrikcijas enzīms jeb restrikcijas endonukleāze ir enzīms, kas DNS molekulā specifiskās atpazīšanas vietās (restrikcijas vietās) sadala DNS fragmentos. Šie restrikcijas enzīmi ir atrodami baktērijās un arhejās. Tie nodrošina aizsardzības mehānismu pret iebrūkošajiem vīrusiem. Restrikcijas enzīmus parasti iedala piecos dažādos veidos: I tips, II tips, III, IV un V tips. EcoRI un HindIII ir divi restrikcijas enzīmi, kas pieder pie II tipa restrikcijas enzīmu grupas.
Kas ir EcoRI ierobežojošie enzīmi?
EcoRI ir II tipa restrikcijas enzīms, kas izolēts no E.coli sugām. Tas ir restrikcijas enzīms, kas sašķeļ DNS dubultās spirāles fragmentos noteiktās vietās. EcoRI ir arī daļa no ierobežojumu-modifikācijas sistēmas. EcoRI bija pirmais enzīms, kas sākotnēji tika izolēts no E. coli sugas RY13 celma. To izmanto kā restrikcijas enzīmu molekulārajā bioloģijā. EcoRI izveido 4 nukleotīdu lipīgus galus ar AATT 5' gala pārkarēm. EcoRI sagriež DNS specifiskajā atpazīšanas secībā G↓AATTC. Tam ir CTTAA↓G palindromiskā komplementārā secība. Turklāt šis restrikcijas enzīms pieder pie II tipa P (palindromiskā specifiskuma) apakšklases. EcoRI primārajā struktūrā, tāpat kā daudzi citi restrikcijas enzīmi, aktīvajā vietā satur PD. D/EXK motīvu.
Attēls 01: EcoRI
EcoRI restrikcijas enzīms ir 31 kDa homodimērs. Tas satur vienu α/β arhitektūras globulāro domēnu. Katra apakšvienība satur cilpu, kas izceļas no globulārā domēna un, kad tā ir saistīta, aptin ap DNS. Šo fermentu var pārkristalizēt ar secību, ko tas parasti sagriež. Turklāt EcoRI restrikcijas enzīms tiek izmantots daudzās molekulārās ģenētiskās tehnikas, tostarp klonēšanas, DNS skrīninga un DNS in vitro apstākļu dzēšanas sadaļās.
Kas ir HindIII restrikcijas enzīmi?
HindIII ir II tipa restrikcijas enzīms, kas izolēts no Haemophilus influenza sugām. Tas hidrolīzes ceļā sadala DNS palindromisko secību AACCTT kofaktora Mg2+ klātbūtnē. Šīs konkrētās secības šķelšanās starp AA’S (5’A↓ACCTT3’ un 3’TTCGA↓A5’) rada 5’ DNS molekulas pārkares, ko sauc par lipīgajiem galiem. Šis enzīms ir atrodams prokariotu organismos, piemēram, baktērijās. Baktērijas izmanto šo fermentu kā aizsardzības mehānismu pret vīrusiem, piemēram, bakteriofāgiem.
2. attēls: HindIII
Strukturāli HindIII ir homodimērs. Tas satur kopīgu strukturālu kodolu, kas sastāv no četrām β loksnēm un vienas α spirāles, tāpat kā cita veida II restrikcijas enzīmi. Šī fermenta molekulmasa ir 34,9 kDa. Turklāt HindIII ir ļoti noderīgs mūsdienu molekulārās bioloģiskās zinātnes eksperimentos, piemēram, DNS sekvencēšanā un kartēšanā.
Kādas ir līdzības starp EcoRI un HindIII restrikcijas enzīmiem?
- EcoRI un HindIII ir divi restrikcijas enzīmi, kas pieder II tipa restrikcijas enzīmu grupai.
- EcoRI un HindIII tika atrasti 1970. gadu sākumā.
- EcoRI un HindIII satur PD.. D/EXK aminoskābju secības motīvu.
- Abi restrikcijas enzīmi veic ļoti specifisku DNS šķelšanu.
- Šiem restrikcijas enzīmiem ir nepieciešams Mg2+ kā to specifiskās aktivitātes kofaktors.
- Tiem veidojas lipīgi gali pēc DNS griešanas.
- Tie ir ļoti noderīgi komponenti mūsdienu molekulāri bioloģiskajos pētījumos.
Kāda ir atšķirība starp EcoRI un HindIII restrikcijas enzīmiem?
EcoRI ir II tipa restrikcijas enzīms, kas ir izolēts no E.coli sugām, savukārt HindIII ir II tipa restrikcijas enzīms, kas ir izolēts no Haemophilus influenza sugām. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp EcoRI un HindIII. Turklāt EcoRI sagriež DNS specifiskajā atpazīšanas secībā G↓AATTC, bet HindIII sagriež DNS specifiskajā atpazīšanas secībā A↓ACCTT.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir parādītas atšķirības starp EcoRI un HindIII, lai tos varētu salīdzināt.
Kopsavilkums - EcoRI vs HindIII restrikcijas enzīmi
EcoRI un HindIII ir divi restrikcijas enzīmi, kas pieder pie II tipa p apakšklases. Viņi veic ļoti specifisku DNS šķelšanu. EcoRI ir II tipa restrikcijas enzīms, kas ir izolēts no E.coli sugām, savukārt HindIII ir II tipa restrikcijas enzīms, kas ir izolēts no Haemophilus influenza sugām. Tātad, šeit ir apkopota atšķirība starp EcoRI un HindIII.
