Galvenā atšķirība starp NGS un WGS ir tā, ka nākamās paaudzes sekvencēšana (NGS) ir masveidā paralēla otrās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģija, kurai ir liela caurlaidspēja, zemas izmaksas un ātrums, savukārt visa genoma sekvencēšana (WGS) ir visaptveroša metode visas šūnas genoma DNS analīzei vienā reizē, izmantojot sekvencēšanas metodes, piemēram, Sangera sekvencēšanu, bises pieeju vai augstas veiktspējas NGS sekvencēšanu.
Pēdējo desmitgažu laikā izpratne par cilvēku un citu dzīvnieku genomu ir ievērojami palielinājusies, jo ir atklātas ātras sekvencēšanas metodes un bioinformātikas rīki. Tradicionālajām sekvencēšanas metodēm, piemēram, Sangera sekvencēšanai, bija savi ierobežojumi, kuru dēļ bija jāizstrādā jaunas ātras sekvencēšanas metodes, piemēram, nākamās paaudzes sekvencēšana (NGS) un nanoporu sekvencēšana. Visa genoma sekvencēšanas (WGS) tehnika ir nesena pieeja, kas jau tiek izmantota daudzos genoma pētniecības projektos, piemēram, 100 000 genoma projektā Genomic England, Lielbritānijā. Tātad NGS un WGS ir divas sekvencēšanas metodes, kas pašlaik tiek iekļautas daudzos genoma projektos.
Kas ir NGS?
NGS (nākamās paaudzes sekvencēšana) ir masveidā paralēla otrās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģija, kurai ir liela caurlaidspēja, zemas izmaksas un ātrums. Nav precīzas definīcijas nākamās paaudzes sekvencēšanai. Bet mēs to varam skaidri atšķirt no parastajām kapilāru sekvencēšanas metodēm. Nākamās paaudzes sekvencēšana ļauj vienā eksperimentā noteikt DNS molekulas, kuru kopējais izmērs pārsniedz 1 miljonu bāzes pāru. Tas piedāvā vēl nebijušu ātrumu un augstas caurlaidspējas iespējas, piemēram, ļaujot vienlaikus secināt vairāku indivīdu DNS. Tas tiek panākts, miniaturējot atsevišķu sekvencēšanas reakciju apjomu. Turklāt tas arī ierobežo instrumentu izmēru un samazina reaģentu izmaksas vienā reakcijā.
Attēls 01: NGS platformas
NGS ir īsas nolasīšanas secības noteikšanas metode, kas jau ir radījusi revolūciju bioloģiskās pētniecības jomā. Turklāt NGS tiek izmantots dažādās jomās, piemēram, de novo genoma sekvencēšana, visa genoma sekvencēšana, transkripta analīze, mazo RNS un mikro RNS sekvencēšana, mērķtiecīga resekvenēšana un visa eksoma sekvencēšana.
Kas ir WGS?
WGS (visa genoma sekvencēšana) ir visaptveroša metode visas šūnas genoma DNS analīzei vienā reizē, izmantojot sekvencēšanas metodes, piemēram, Sangera sekvencēšanu, bises pieeju vai augstas caurlaidības NGS sekvencēšanu. To sauc arī par pilnīgu genoma sekvencēšanu vai pilnīgu genoma sekvencēšanu. Visa genoma sekvencēšana ietver visu organisma hromosomu DNS, kā arī DNS mitohondrijās un augiem DNS hloroplastā sekvencēšanu vienā reizē. WGS ļauj zinātniekiem nolasīt precīzu visu burtu secību, kas veido visu DNS komplektu. Paredzams, ka WGS, izmantojot NGS platformu, mainīs klīnisko uzstādīšanu.
Attēls 02: WGS un hierarhiskā bise secība
Vesela genoma sekvencēšana tika ieviesta klīniskajā aprūpē 2014. gadā. Turklāt WGS izmantošana ietver gēnu sekvencēšanu SNP līmenī, lai precīzi noteiktu funkcionālos variantus asociācijas pētījumos, terapeitisko iejaukšanos personalizētajā medicīnā, evolūcijas bioloģiju, salīdzinošo genoma analīzi., mutāciju un pārkārtošanās pētījumi, retu variantu asociācijas pētījumi un slimības jutības un zāļu atbildes reakcijas prognozēšana.
Kādas ir līdzības starp NGS un WGS?
- NGS un WGS ir divas secības noteikšanas metodes.
- Abas metodes sekvenē DNS vai RNS.
- Šīs metodes ir jaunas un uzticamas.
- Tos abus izmanto slimību diagnostikā un zāļu atklāšanā.
Kāda ir atšķirība starp NGS un WGS?
NGS ir ļoti paralēla otrās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģija, kurai ir liela caurlaidspēja, zemas izmaksas un ātrums, savukārt WGS ir visaptveroša metode visas šūnas genoma DNS analīzei vienā reizē, izmantojot sekvencēšanas metodes, piemēram, kā Sangera sekvencēšana, bises pieeja vai augstas caurlaidspējas NGS sekvencēšana. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp NGS un WGS. Turklāt NGS sastāv tikai no otrās paaudzes sekvencēšanas metodēm, savukārt WGS sastāv no pirmās, otrās un trešās paaudzes sekvencēšanas metodēm.
Šajā tabulā ir parādītas atšķirības starp un NGS un WGS tabulas veidā līdzās salīdzināšanai.
Kopsavilkums - NGS pret WGS
Pēdējās desmitgadēs mūsdienu molekulārajos pētījumos ir regulāri izmantotas dažādas sekvencēšanas metodes. Un pat tie ir ļoti spēcīgi rīki daudziem klīniskiem lietojumiem. NGS un WGS ir divas sekvencēšanas metodes, kas pašlaik tiek iekļautas daudzos genoma projektos. NGS ir otrās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģija, kurai ir liela caurlaidspēja, zemas izmaksas un ātrums. No otras puses, WGS ir metode, kā vienā reizē analizēt visu šūnas genoma DNS vai pilnu genoma DNS, izmantojot sekvencēšanas metodes, piemēram, Sangera sekvencēšanu, bises pieeju vai augstas caurlaidības NGS sekvencēšanu. Tātad, šis ir kopsavilkums par atšķirību starp NGS un WGS.
