Galvenā atšķirība starp Klenovas un T4 DNS polimerāzi ir tāda, ka Klenova fragments ir liels E. coli DNS polimerāzes 1 fragments, savukārt T4 DNS polimerāze ir bakteriofāga T4 DNS polimerāze 1.
DNS polimerāzes ir fermenti, kas katalizē DNS veidošanos, pievienojot dezoksiribonukleotīdus jau esoša primera 3'-OH galam. Ir dažādi DNS polimerāžu veidi. Lielākā daļa DNS polimerāžu, ko izmanto molekulārajā bioloģijā, ir prokariotu DNS polimerāzes. Klenova fragments un T4 DNS polimerāze ir divu veidu DNS polimerāzes, kurām ir prokariotu izcelsme. Klenova fragments ir lielais fragments, kas rodas no E.coli DNS polimerāzi 1 sadala divos fragmentos ar bakteriālās proteāzes subtilizīna palīdzību. T4 DNS polimerāze ir bakteriofāga T4 DNS polimerāze 1. Gan Klenovam, gan T4 DNS polimerāzei ir 5′→3′ polimerāzes un 3′→5′ eksonukleāzes aktivitāte. Viņiem abiem trūkst 5′→3′ eksonukleāzes aktivitātes, tāpēc tie ir piemērotāki daudziem lietojumiem molekulārajā bioloģijā.
Kas ir Klenovs?
Klenovas fragments ir DNS polimerāze, kas ir noderīga molekulārajā bioloģijā. Kad E. coli DNS polimerāze 1 tiek proteolītiski šķeļ ar baktēriju proteāzi, subtilizīnu, rodas divi fragmenti: viens ir liels fragments, bet otrs ir mazs fragments. Klenova fragments ir lielais fragments, kura izmērs ir 68 kDa. Klenova fragmentam ir DNS Pol I 5′→3′ polimerāzes un 3′→5′ eksonukleāzes (korektūras) aktivitātes. Klenova fragmenta 3′→5′ eksonukleāzes aktivitāte atvieglo nepareizi pievienotu bāzu noņemšanu polimerizācijas gaitā. Klenova fragments nesatur 5′→3′ eksonukleāzes aktivitāti, ko parāda pilna garuma vai neskarts E.coli DNS polimerāze 1. Tas ir izdevīgi, ja ir nepieciešama tikai polimerizācijas aktivitāte atsevišķi. Klenova fragmenti tiek izmantoti, lai aizpildītu 5' pārkares, zondu sintēzei, DNS sekvencēšanai, divpavedienu DNS sintēzei, cDNS otrās virknes sintēzei un vietējai mutaģenēzei.
Attēls 01: Klenova fragments
Noteiktos lietojumos Klenova fragmenta 3′→5′ eksonukleāzes aktivitāte arī kļūst nevēlama. To var noņemt, ieviešot mutāciju gēnā, kas kodē Klenova fragmentu. Iegūtais Klenova fragments ir pazīstams kā ekso-Klenovas fragments. Tāpēc eksoklenova fragmentam ir tikai E. coli polimerāzes 1 5′→3′ polimerāzes aktivitāte.
Kas ir T4 DNS polimerāze?
T4 DNS polimerāze ir DNS polimerāze, kas katalizē DNS sintēzi. Tas ir proteīns, ko kodē Bacteriophage T4. Strukturāli T4 DNS polimerāze ir 898 aminoskābju atlikuma proteīns (molekulmasa 103,6 kDa). Lai katalizētu sintēzi, ir nepieciešama veidne un grunts.
Attēls 02: T4 DNS polimerāze
Līdzīgi Klenova fragmentam, T4 DNS polimerāzei ir gan 5′→3′ polimerāzes, gan 3′→5′ eksonukleāzes aktivitātes. Turklāt tam trūkst arī 5′→3′ eksonukleāzes aktivitātes. T4 DNS polimerāze ir noderīga DNS fragmentu 5′-izvirzīto galu aizpildīšanai. To bieži izmanto arī divpavedienu DNS 5′-gala vai 3'-gala marķēšanai. T4 DNS polimerāzi bieži izmanto neasai klonēšanai. T4 DNS polimerāzes 3′→5′ eksonukleāzes (korektūras) aktivitāte ir spēcīgāka (vairāk nekā 200 reizes) nekā Klenova fragmentam. Vissvarīgākais ir tas, ka T4 DNS polimerāzei ir augsta processivitāte (400 nukleotīdi sekundē).
Kādas ir Klenovas un T4 DNS polimerāzes līdzības?
- Klenow un T4 DNS polimerāze ir divas prokariotu polimerāzes.
- Abām polimerāzēm ir 5′→3′ polimerāzes un 3′→5′ eksonukleāzes aktivitāte.
- Tiem nav 5′→3′ eksonukleāzes aktivitātes.
- Abiem enzīmiem ir nepieciešama veidne un primer, lai katalizētu DNS sintēzi.
- Šos fermentus var termiski inaktivēt pie 75 0
Kāda ir atšķirība starp Klenow un T4 DNS polimerāzi?
Galvenā atšķirība starp Klenow un T4 DNS polimerāzi ir katra enzīma izcelsme. Klenova fragments ir iegūts no baktērijas, savukārt T4 DNS polimerāze ir no bakteriofāga, kas ir vīruss. T4 DNS polimerāzei ir augsta processivitāte nekā Klenova fragmentam. Turklāt T4 DNS polimerāzei ir spēcīga korektūras aktivitāte nekā Klenova fragmentam. Tādējādi šī ir vēl viena atšķirība starp Klenovu un T4 DNS polimerāzi.
Tālāk esošajā informācijas grafikā tabulas veidā ir norādītas vairāk atšķirību starp Klenow un T4 DNS polimerāzi.
Kopsavilkums - Klenow pret T4 DNS polimerāzi
Klenow fragments ir liels E. coli DNS polimerāzes 1 fragments. Tam ir tikai 5′→3′ polimerāzes un 3′→5′ eksonukleāzes aktivitātes. Tam trūkst neskartas E. coli DNS pol 1 5′→3′ eksonukleāzes aktivitātes. Tāpēc Klenova fragments ir baktēriju polimerāze. No otras puses, T4 DNS polimerāze ir polimerāze, ko kodē bakteriofāgs T4. Līdzīgi kā Klenova fragments, tas satur gan 5′→3′ polimerāzes, gan 3′→5′ eksonukleāzes aktivitātes, un tam trūkst 5′→3′ eksonukleāzes aktivitātes. Tomēr T4 DNS polimerāzei ir augsta procesa spēja un augsta korektūras aktivitāte nekā Klenova fragmentam. Tātad šī ir galvenā atšķirība starp Klenovu un T4 DNS polimerāzi.
