Galvenā atšķirība - sakraušanas želeja pret atdalošo želeju
Jēdzieni sakraušanas želeja un atdalošais gēls tiek lietoti, lai izskaidrotu SDS-PAGE tehniku. SDS-PAGE jeb nātrija dodecilsulfāta-poliakrilamīda gēla elektroforēze ir laboratorijas metode, ko izmanto olb altumvielu molekulu atdalīšanai, pamatojoties uz to molekulmasu. Šīs tehnikas teorija ir tāda, ka proteīniem ar dažādu molekulmasu ir dažādi migrācijas ātrumi; zemas molekulmasas molekulas migrē ātrāk, savukārt molekulas ar augstu molekulmasu migrē lēni. Migrācijas vide ir želeja. Ir divu veidu želejas, ko sauc par sakraušanas želeju un atdalošo želeju. Galvenā atšķirība starp sakraušanas gēlu un atdalošo gēlu ir tā, ka saliekamā gēla pH ir 6,8, bet atdalošā gēla pH ir 8,8.
Kas ir Stacking Gel?
Stacking gēls ir zemas koncentrācijas poliakrilamīda gēls, ko SDS-PAGE tehnikā uzklāj uz vairāk koncentrēta šķīstošā gēla (atdalošā gēla). Kraušanas želeju izmanto, lai uzlabotu elektroforēzes izšķirtspēju. Izšķirtspēja palielinās, jo ir atšķirība starp sakraujošā gēla un izšķīdošā gēla koncentrācijām, kas ietekmē proteīnus paraugā. Tā kā poliakrilamīda koncentrācija sakraušanas gēlā ir zema, poru izmērs ir lielāks. Tas arī palīdz palielināt atdalīšanu.
Kraušanas gēls ir vaļīgs poliakrilamīda gēls ar lielām porām, kurā ir aptuveni 7% poliakrilamīda. Šīs poras nedarbojas kā ievērojams šķērslis lielām olb altumvielu molekulām. Tādējādi šis gēls nedaudz ietekmē šo olb altumvielu mobilitāti. Tādējādi tiek veikta atdalīšana atkarībā no proteīna mobilitātes un lieluma, koncentrējot tos starp diviem gēliem.
Attēls 01: SDS-PAGE Akrilamīda želeja
Kraušanas gēla pH ir 6,8. Tā pH ir skābāks nekā gēlam par 2 pH vienībām. Šis pH nozīmē zemāku jonu stiprumu, līdz ar to lielāku elektrisko pretestību. Tas izraisa proteīnu mobilitāti nekā citas lādētās daļiņas, kas atrodas gēlā.
Kas ir atdalošais želeja?
SDS-PAGEtehnikas atdalošais gēls vai atdalošais gēls ir ļoti koncentrēts poliakrilamīda gēls, kas tiek uzklāts uz zemas koncentrācijas sakraujoša gēla augšdaļas. Atdalošais gēls satur lielu daudzumu poliakrilamīda (10%). Šī gēla pH tiek uzturēts kā pH=8,8, kas ir augstāks pH līmenis nekā gēlam.
Attēls 02: Gēla elektroforēzes aparāts
Kad proteīna molekulas sasniedz atdalošo gēlu, šo molekulu migrācija tiek palēnināta, jo atdalošais gēls ir augstas koncentrācijas gēls ar mazu poru izmēru, kas var darboties kā ievērojams šķērslis proteīna molekulu kustībai.. Šis palēninājums ļauj pārējiem proteīniem lēnām migrēt, lai panāktu, kā rezultātā starp diviem gēliem veidojas šaura, koncentrēta josla.
Kāda ir saistība starp želejas sakraušanu un atdalošo želeju?
Vienā aparātā tiek izmantoti gan Stacking Gel, gan Separating Gel veidi
Kāda ir atšķirība starp sakraušanas želeju un atdalošo želeju?
Stacking Gel vs Separating Gel |
|
| Stacking gēls ir zemas koncentrācijas poliakrilamīda gēls, ko SDS-PAGE tehnikā uzklāj uz vairāk koncentrēta šķīstošā gela (atdalošā gēla). | SDS-PAGE tehnikas atdalošais gēls vai atdalošais gēls ir ļoti koncentrēts poliakrilamīda gēls, kas tiek uzklāts uz zemas koncentrācijas sakraujoša gēla. |
| Izvietojums | |
| Kraušanas želeja tiek uzklāta uz šķīstošā (atdalošā) gēla. | Atdalošais gēls ir novietots gēla elektroforēzei izmantotā trauka apakšā. |
| Koncentrācija | |
| Kraušanas gēla koncentrācija ir augsta. | Atdalošā gēla koncentrācija ir zema. |
| Poliakrilamīda saturs | |
| Stacking gēls satur aptuveni 7% poliakrilamīda. | Atdalošais gēls satur aptuveni 10% poliakrilamīda. |
| pH | |
| Kraušanas gēla pH ir 6,8. | Atdalošā gēla pH ir 8,8. |
| Poru izmērs | |
| Saliekamajā gēlā ir lieli poru izmēri. | Atdalošajā gēlā ir mazas poras. |
| Rezolūcija | |
| Gēla sakraušana nodrošina labāku izšķirtspēju. | Atdalošais gēls nodrošina sliktu izšķirtspēju. |
Kopsavilkums - sakraušanas želeja pret atdalošo želeju
Kraušanas gēls un atdalošais gēls ir divu veidu poliakrilamīda gēli, ko izmanto, lai labāk atdalītu proteīna molekulas noteiktā paraugā. Atšķirība starp sakraušanas gēlu un atdalošo gēlu ir tāda, ka saliekamā gēla pH ir 6,8, bet atdalošā gēla pH ir 8,8.
