Galvenā atšķirība starp Kumasī krāsošanu un sudraba krāsošanu ir tāda, ka krāsojums ar Kumasi ir proteīnu krāsošanas paņēmiens, kurā tiek izmantots kumasī briljantzils krāsojums, savukārt šķembu krāsošana ir proteīna krāsošanas paņēmiens, kurā tiek izmantots sudraba krāsojums.
Olb altumvielu atdalīšana un identificēšana ir kritiski proteomu analīzes soļi. Viņiem ir nepieciešams augstas izšķirtspējas olb altumvielu raksturojums pēc gēla elektroforēzes. Ir daudz krāsošanas paņēmienu, kas ietver dažādus traipus, piemēram, anjonu krāsvielas (koomassie briljantzils), metāla katjonus (imidazola-cinka), sudraba traipus un fluorescējošās krāsvielas utt. Dažreiz var izmantot arī radioaktīvās zondes. Krāsošanas tehnikas izvēle ir atkarīga no vienkāršības, attēlveidošanas aprīkojuma pieejamības laboratorijā utt.
Kas ir Kumassi krāsojums?
Kumassie krāsošana ir proteīnu krāsošanas paņēmiens, kurā tiek izmantots Coomassie brilliant blue traips. To parasti sauc par coomassie blue tehniku. Coomassie briljantzilā ir vispopulārākā anjonu olb altumvielu krāsviela. Šis traips parasti krāso gandrīz visus proteīnus ar labu kvantitatīvo linearitāti pie vidējas jutības. Coomassie briljantzilais traips nespecifiski saistās ar gandrīz visiem proteīniem. Ir divi dažādi coomassie brilliant blue traipu varianti: R-250 un G-250. R-250 piedāvā īsāku krāsošanas laiku, savukārt G-250 ir pieejams jutīgākos un videi draudzīgākos sastāvos.
Attēls 01: Kumassi krāsojums
Coomassie krāsvielas ir ļoti populāras masas spektrometrijas pētījumos un olb altumvielu identifikācijas pētījumos. Turklāt bioloģiski drošs coomassie traips ir nekaitīgs Coomassie blue G-250 sastāvs, kas pašlaik ir pieejams tirgū. Šīs formulas priekšrocība ir tā, ka skalošanai un krāsošanas noņemšanai ir nepieciešams tikai ūdens. Bioloģiski drošs coomassie traips nodrošina jutību, kas ir līdzvērtīga parastajam coomassie beice G-250, bet labāka nekā coomassie beice R-250. Turklāt tam ir vienkāršāks un ātrāks krāsošanas protokols nekā parastajam Coomassie blue G-250. Coomassie Blue krāsošanas trūkums ir tas, ka tas ir mazāk jutīgs salīdzinājumā ar sudraba krāsojumu. Kumassie zilā krāsošana ir aptuveni 50 reizes mazāk jutīga nekā sudraba krāsošana. Tomēr iesiešanas vienkāršības dēļ tas tiek izmantots daudzos pētījumos.
Kas ir sudraba iekrāsošana?
Sudraba krāsošana ir proteīnu krāsošanas paņēmiens, kurā izmanto sudraba traipu. Sudraba krāsošanu izmanto gan agarozes, gan poliakrilamīda gēlu krāsošanai. Olb altumvielu sudraba iekrāsošanu agarozes gēlos pirmo reizi 1973. gadā izstrādāja Kereni un Gallyas. Vēlāk tas tika pielāgots proteīniem poliakrilamīda gēlos, kurus izmanto SDS-PAGE. Pašlaik sudraba krāsošana tiek izmantota arī DNS vai RNS krāsošanai. Lai nokrāsotu želejas, šajā metodē želejas tiek inkubētas ar sudraba nitrāta šķīdumu. Sudraba krāsojums nokrāso vietas, kur atrodas proteīni, no brūnas līdz melnai.
2. attēls: sudraba iekrāsošanās
Sudraba iekrāsošanās intensitāte ir atkarīga no proteīna primārās struktūras. Turklāt izmantoto trauku tīrība un reaģentu tīrība var ietekmēt arī sudraba krāsošanas kvalitāti. Tomēr sudraba krāsošanas trūkums ir tāds, ka tā nespēj noteikt visus proteīnus, īpaši glikoproteīnus un proteīnus ar lielām modificētām grupām, kas pievienotas sānu ķēdēm.
Kādas ir līdzības starp Kumassi un sudraba krāsošanu?
- Kumassie un sudraba krāsošana ir divas proteīnu krāsošanas metodes.
- Tie var iekrāsot gan olb altumvielas, gan DNS.
- Abām krāsošanas metodēm ir trūkumi.
- Šiem paņēmieniem ir līdzīgas darbības, piemēram, fiksēšana, krāsošana un krāsošanas noņemšana.
Kāda ir atšķirība starp Coomassie un sudraba krāsošanu?
Kumassie krāsošana ir proteīnu krāsošanas paņēmiens, kurā tiek izmantots Coomassie brilliant blue traips, savukārt šķembu krāsošana ir proteīnu krāsošanas paņēmiens, kurā tiek izmantots sudraba traips. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp Coomassie un sudraba krāsošanu. Turklāt Coomassie krāsošana ir mazāk jutīga nekā sudraba krāsošana.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir norādītas atšķirības starp Kumassie un sudraba krāsojumu, lai tos salīdzinātu.
Kopsavilkums - Coomassie pret sudraba krāsošanu
Lai vizualizētu olb altumvielas, var veikt olb altumvielām specifisku krāsvielu vai krāsu veidojošu ķīmisku reakciju. To sauc par proteīnu krāsošanu. Coomassie un sudraba krāsošana ir divas metodes, ko izmanto proteīnu krāsošanā. Kumassie krāsošanas tehnikā tiek izmantots Coomassie briljantzils traips, savukārt šķembu krāsošanai izmanto sudraba traipu. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp Coomassie un sudraba krāsošanu.
