Galvenā atšķirība starp kontigu un sastatnēm ir tāda, ka kontigam nav atstarpju, savukārt sastatnes sastāv no kontigiem un spraugām.
Daudzšūnu organismu genomu sekvencēšana ir ļoti sarežģīta, salīdzinot ar vienšūnu organismu sekvencēšanu. Visa genoma bises sekvencēšana ir vienkārša un ātra genoma sekvencēšanas metode daudzšūnu genomiem. Tā ir metode, kas paralēli sekvencē daudzus pārklājošus DNS fragmentus. Izmantojot šo metodi, mazus fragmentus, izmantojot datoru, saliek lielākos fragmentos un pēc tam lielākos kontigos. Pēc tam kontigi tiek samontēti sastatnēs un visbeidzot hromosomā. Tāpēc kontigs ir nepārtraukts nukleotīdu secību posms, savukārt sastatnes ir genoma daļa, kas sastāv no kontigiem un spraugām. Gan kontigs, gan karkass ir rekonstruētas genoma sekvences.
Kas ir Contig?
Contig ir genoma secība. Tas ir nepārtraukts secību posms, kas sastāv no A, C, G un T bāzēm. To veido, saliekot vairākus nelielus DNS bitus, kas pārklājas garākā secībā. Vienkāršiem vārdiem sakot, contig ir secības fragmentu kopas kopums. Contig izveide ietver pārklājošu secību fragmentu identificēšanu, pamatojoties uz lokālajām virkņu saskaņošanas un izlīdzināšanas metodēm, kas identificē secību pārklājošos galus.
Kontigiem nav atstarpju. Tā ir daļa no sastatnēm. Veidojot sastatnes, kontigi tiek savienoti kopā ar ķēdēm. Tam nepieciešama papildu informācija par kontigu relatīvo stāvokli un orientāciju genomā. Spraugas atdala sastatnes sastatnes. Būtībā kontig montāža ir svarīgs solis visa genoma bises sekvencēšanā. Kontigi beidzot tiek apkopoti pilnā genoma secībā. Contig montāža parasti prasa izpratni par algoritmiem virkņu saskaņošanā un secību līdzināšanā.
Kas ir sastatnes?
Sastatnes ir rekonstruēta genoma secība no gala sekvencētiem visa genoma bises kloniem. Strukturāli sastatnes sastāv no sastatnēm un spraugām. Tāpēc sastatnes tiek veidotas, saķēdējot kontigus kopā un atdalot ar spraugām. Sastatņu izveidei nepieciešama informācija par kontigu relatīvo stāvokli un orientāciju genomā. Visa genoma bises montāžas mērķis ir attēlot katru genoma secību vienā sastatnē. Taču tas nav gluži iespējams. Tādējādi vienu hromosomu var attēlot vairākas sastatnes. Dažreiz sastatnes var pārklāties. Turklāt dažas sastatnes var tikt izfiltrētas montāžas laikā.
Attēls 02: Visa genoma bises komplekta pārskats
Sastatņu spraugas garums neuzrāda tās patieso garumu. Parasti spraugas tiek patvaļīgi iestatītas uz noteiktiem fiksētiem garumiem. Tādējādi šīs nepilnības un nenoteiktība to garumā rada problēmas, lai izprastu genomu funkcionālo elementu patiesās telpiskās attiecības un trūkstošās informācijas faktisko apjomu. Dažkārt nepilnības norāda uz trūkstošu genoma informāciju.
Kādas ir līdzības starp Contig un Scaffold?
- Contig un scaffold ir genoma sekvences, kas sastāv no nukleotīdu sekvencēm.
- Sastatnes sastāv no kontigiem un spraugām.
Kāda ir atšķirība starp Contig un Scaffold?
Contig ir nepārtraukta secība, kas samontēta no secības fragmentu kopas. Turpretim sastatnes ir daļa no genoma sekvences, kas rekonstruēta, savienojot kopā kontigus. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp kontigu un sastatnēm. Turklāt kontigu daļām nav atstarpju, kamēr sastatņu kontigus atdala spraugas.
Zemāk infografikā ir norādītas vairāk atšķirību starp kontigu un sastatnēm.
Kopsavilkums - Contig vs Scaffold
Gan kontigs, gan sastatnes ir rekonstruētas nukleotīdu sekvences visa genoma sekvencēšanas projektos. Contig ir nepārtraukts genoma secības posms, kas satur A, C, G un T bāzes bez atstarpēm. Sastatnes ir genoma secība, kas sastāv no kontigiem un spraugām. Tādējādi īsākās montāžas sastāvdaļas ir kontigi, bet sastatnes ir kontigu kopas. Visbeidzot, sastatnes tiek apkopotas hromosomās visa genoma sekvencēšanā. Tādējādi šeit ir apkopota atšķirība starp kontigu un sastatnēm.
