Galvenā atšķirība starp izlases primeriem un oligo dT ir tāda, ka nejaušais primers ir visu iespējamo heksamēra oligonukleotīdu secību maisījums, savukārt oligo dT primer sastāv no 12–18 deoksitimidīnu vienpavediena posma.
Reversā transkripcija ir mehānisms, kurā cDNS var sintezēt, izmantojot mRNS vai jebkuru RNS sugu. Lai ražotu cDNS, jānodrošina reversās transkriptāzes enzīms un citi nepieciešamie komponenti, īpaši veidnes un praimeri. Praimeri ir īsas DNS sekvences, kas īpaši izstrādātas mērķa sekvenču amplifikācijai. Nejauši primeri un oligo dT primeri ir divi izplatīti primeru veidi, ko izmanto reversajā transkripcijā. Tāpēc nejaušais primer vai oligo dT primer ir īsas DNS oligonukleotīdu sekvences, kas nepieciešamas reversajai transkriptāzei, lai uzsāktu reverso transkripciju. Atkarībā no RNS veidnes piemēroto primeru var izvēlēties no šiem diviem primeru veidiem.
Kas ir izlases primers?
Izlases primer ir oligonukleotīdu maisījums, kas pārstāv visas iespējamās heksamēru sekvences. Izlases praimera praimeru secība ir 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T vai C. Tādēļ izlases praimerus var izmantot vienpavedienu DNS vai RNS amplifikācijai ar DNS polimerāzi vai reverso transkriptāzi, attiecīgi. Turklāt nejaušs primer maisījums spēj pastiprināt visus RNS reģionus, lai radītu cDNS. Tādējādi tas rada dažāda garuma cDNS.
01. attēls: izlases primers
Vissvarīgākais ir tas, ka izlases veida gruntējuma maisījums neuzrāda veidnes specifiku. Tas nespēj atšķirt mRNS un citas RNS sugas. Un tas atkvēlojas ar jebkuru paraugā esošo RNS sugu. Tomēr izlases veida praimeru maisījums ir piemērots RNS bez poli(A) astes, piemēram, rRNS, tRNS, nekodējošas RNS, mazas RNS, prokariotu mRNS utt., degradētas RNS un RNS ar zināmām sekundārajām struktūrām, reversai transkripcijai.
Kas ir Oligo dT?
Oligo dT grunts ir 12–18 deoksitimīna (dT) stiepums. Praimeru secību var attēlot kā 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. To izmanto cDNS ražošanai no mRNS, kas satur poli(A) asti. Būtībā tas darbojas kā primeris reakcijai, ko katalizē reversā transkriptāze. Reversās transkripcijas laikā oligo dT praimeris saplūst ar poliadenilētu asti, kas atrodas vairuma eikariotu mRNS 3' galā, un sāk procesu.
Attēls 02: Reversā transkripcija, izmantojot Oligo dT Primer
Atšķirībā no nejaušā primera, oligo dT primer nav piemērots degradētai RNS vai RNS, kam nav poli(A) astes, tostarp prokariotu RNS un mikroRNS.
Kādas ir Random Primer un Oligo dT līdzības?
- Random primer un oligo dT primer ir divu veidu primeri, ko izmanto reversajā transkripcijā un cDNS veidošanā.
- Izlases primera un oligo dT primera izmantošana kopā palielina cDNS sintēzes jutību.
- Tās ir vienpavedienu īsu nukleotīdu sekvences.
Kāda ir atšķirība starp Random Primer un Oligo dT?
Izlases primer ir īsa oligonukleotīdu secība, kas sastāv no nejaušas secības. Tikmēr oligo dT gruntējums ir īss pavediens, kas sastāv no 12 līdz 18 deoksitimidīniem. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp izlases primeriem un oligo dT. Nejaušā primera secība ir 5' – d (NNNNNN) –3' N=G, A, T vai C. Savukārt oligo dT primera secība ir 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3'. Tāpēc mēs to varam uzskatīt par vēl vienu atšķirību starp nejaušiem primeriem un oligo dT.
Turklāt nejaušiem praimeriem nav veidņu specifiskuma, un tie savienojas ar jebkura veida RNS, savukārt oligo dT primeriem ir specifiskums eikariotu mRNS poli(A) astes.
Tālāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp izlases primeriem un oligo dT.
Kopsavilkums - Random Primers vs Oligo dT
Nejaušais primer un oligo dT primer ir divu veidu primeri, ko izmanto cDNS sintēzē. Nejaušais primers sastāv no oligonukleotīdu maisījuma, kas pārstāv visas iespējamās heksamēru sekvences, savukārt oligo dT primer ir vienpavedienu 12 līdz 18 deoksitimidīnu secība. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp izlases primeriem un oligo dT. Turklāt oligo dT praimeri ir noderīgi RNS pilna garuma reversai transkripcijai ar poli(A) asti, savukārt nejaušie praimeri ir noderīgi vairuma RNS sugu reversai transkripcijai, ieskaitot degradētu RNS, RNS, kurām nav poli(A) astes, un RNS, kas satur RNS. sekundārās struktūras. Tāpēc izlases veida primer neuzrāda šablona specifiku, savukārt oligo dT primer uzrāda specifiskumu pret eikariotu mRNS, kas satur poli(A) asti.
