Galvenā atšķirība starp BLAST un FastA ir tā, ka BLAST ir pamata pielīdzināšanas rīks, kas pieejams Nacionālā biotehnoloģijas informācijas centra vietnē, savukārt FastA ir līdzību meklēšanas rīks, kas pieejams Eiropas Bioinformātikas institūta tīmekļa vietnē.
BLAST un FastA ir divas programmatūras, ko plaši izmanto, lai salīdzinātu dažādu sugu DNS, aminoskābju, olb altumvielu un nukleotīdu bioloģiskās sekvences un meklētu to līdzības. Šie algoritmi tika rakstīti, paturot prātā ātrumu. Jo, kad zinātniekiem izdevās izolēt DNS laboratorijā astoņdesmito gadu vidū, tas radīja nepieciešamību salīdzināt un atrast identiskus gēnus turpmākiem pētījumiem lielā ātrumā. Tādējādi šīs divas programmatūras tika izstrādātas tā, lai lietotājs varētu ātri meklēt līdzīgas secības ar savām vaicājumu sekvencēm.
BLAST ir pamata vietējās izlīdzināšanas meklēšanas rīka akronīms, un abu secību salīdzināšanai tiek izmantota lokalizēta pieeja. FastA ir programmatūra, kas attiecas uz Fast A, kur A apzīmē visu. Šeit programmatūra darbojas ar tādiem alfabētiem kā Fast A DNS sekvencēšanai un Fast P proteīnam. Gan BLAST, gan FastA ļoti ātri salīdzina jebkuru genomu datu bāzi, un tāpēc tie ir ļoti dzīvotspējīgi gan naudas, gan laika ietaupīšanas ziņā.
Kas ir BLAST?
BLAST ir viena no visplašāk izmantotajām bioinformātikas programmatūrām, kas tika izstrādāta 1990. gadā. Kopš tā laika tā ir pieejama ikvienam NCBI vietnē. Turklāt jebkura persona var piekļūt šai programmatūrai un to izmantot. Turklāt BLAST ir programmatūra, kurai nepieciešami ievades dati vai secības FastA formātā. Taču tas nodrošina izejas datus vienkārša teksta, HTML vai XML formātā. BLAST darbojas pēc principa, meklējot lokalizētas līdzības starp divām sekvencēm un īsu sarakstu ar līdzīgām sekvencēm, un pēc tam tas meklē apkārtnes līdzības.
Attēls 01: BLAST rezultāti
Tādējādi šī programmatūra meklē lielu skaitu līdzīgu vietējo reģionu un sniedz rezultātu, sasniedzot sliekšņa vērtību. Tomēr šis process atšķiras no iepriekšējās programmatūras, kas vispirms meklē visu secību un pēc tam veic salīdzināšanu, un tāpēc tas prasīja daudz laika.
Papildus iepriekšminētajai līdzības pārbaudei, BLAST ir daudz citu lietojumu, piemēram, DNS kartēšana, divu identisku gēnu salīdzināšana dažādās sugās, filoģenētiska koka izveide utt.
Kas ir FastA?
FastA ir proteīnu secību izlīdzināšanas programmatūra. Deivids J. Lipmans un Viljams R. Pīrsons šo programmatūru aprakstīja 1985. gadā. Lai gan sākotnēji šī programmatūra tika izmantota tikai olb altumvielu sekvenču salīdzināšanai, tās modificētajā versijā varēja salīdzināt arī DNS sekvences. Šeit šī programmatūra izmanto principu, lai statistiski atrastu līdzību starp divām sekvencēm. Tas saskaņo vienu DNS vai proteīna secību ar citu secību, izmantojot lokālās sekvences izlīdzināšanas metodi.
2. attēls: FastA
Tomēr tas meklē vietējos reģionus, lai atrastu līdzību, taču ne vislabāko atbilstību starp divām secībām. Tā kā šī programmatūra dažkārt salīdzina lokalizētas līdzības, tajā var rasties arī neatbilstības. Secībā FastA aizņem nelielu daļu, kas pazīstama kā k-koreži, kur korteži var būt no 1 līdz 6 un sakrīt ar citas secības k-korežiem. Saskaņošanas procesa beigās, kad tas sasniedz sliekšņa vērtību, tas rada rezultātu.
Kādas ir līdzības starp BLAST un FastA?
- BLAST un FastA ir bioinformātikas rīki, ko izmanto, lai salīdzinātu olb altumvielu un DNS sekvences, lai noteiktu līdzības.
- Abas programmas izmanto arī vērtēšanas stratēģiju, lai salīdzinātu secības.
- Turklāt abi rīki nodrošina ļoti precīzus rezultātus.
Kāda ir atšķirība starp BLAST un FastA?
BLAST ir rīks, lai pārbaudītu bioloģisko secību līdzību. No otras puses, FastA ir vēl viena programma, kas atvieglo olb altumvielu un DNS sekvenču līdzības pārbaudi. Tomēr, salīdzinot ar FastA, BLAST programmatūra ir ļoti populāra, jo tā nodrošina precīzākus un ātrākus rezultātus. Tādējādi šī ir atšķirība starp BLAST un FastA. Turklāt, atšķirībā no FastA, BLAST programma ir modificējama atbilstoši lietotāja vajadzībām. Tāpēc šī ir vēl viena atšķirība starp BLAST un FastA.
Tālāk esošajā infografikā par atšķirībām starp BLAST un FastA ir sniegta sīkāka informācija.
Kopsavilkums - BLAST pret FastA
BLAST un FastA ir divas programmas, kas ļauj lietotājam salīdzināt savu vaicājumu secību ar esošo datu bāzu sekvencēm un pārbaudīt līdzības. Sākotnējais FastA mērķis bija salīdzināt tikai olb altumvielu sekvences. Taču šīs programmatūras modificētā versija atvieglo gan olb altumvielu, gan DNS secību salīdzināšanu. Lai gan FastA ir laba programmatūra, lielākā daļa cilvēku izmanto BLAST izlīdzināšanas rīku, jo tas ir populārāks un rada precīzākus un ātrākus rezultātus nekā FastA. Arī BLAST rīks ir maināms atbilstoši lietotāja prasībām. Īsumā, šeit ir apkopota atšķirība starp BLAST un FastA.
