Galvenā atšķirība starp FASTA un FASTQ ir tāda, ka FASTA ir uz tekstu balstīts formāts, kas saglabā tikai nukleotīdu vai proteīnu sekvences, savukārt FASTQ ir uz tekstu balstīts formāts, kas saglabā gan secību, gan saistītās secību kvalitātes vērtības.
Bioinformātika ir joma, kas izmanto dažādu programmatūru, lai analizētu un izprastu bioloģiskos datus, īpaši, ja datu kopa ir sarežģīta un liela. Šī joma apvieno bioloģiju, ķīmiju, fiziku, datorzinātnes, informācijas inženieriju, matemātiku un statistiku, lai analizētu un interpretētu bioloģiskos datus. FASTA un FASTQ ir divi secību attēlojuma formāti bioinformātikas jomā, lai saskaņotu un analizētu secības. Faktiski FASTQ ir secības faila formāts, kas paplašina FASTA formātu ar iespēju saglabāt secības kvalitāti.
Kas ir FASTA?
FASTA ir DNS un proteīnu secību izlīdzināšanas programmatūra. Programmatūra FASTA izmanto FASTA formātu. Tas ir uz tekstu balstīts formāts, kas attēlo vai nu nukleotīdu sekvences, vai aminoskābju (olb altumvielu) sekvences. Šeit viena burta kodi apzīmē abas šīs secības. FASTA ir svarīgs instruments bioinformātikas un bioķīmijas jomās. Šis formāts ļauj secību nosaukumiem un komentāriem ievietot pirms secībām.
Attēls 01: FASTA secība
Šis formāts radās no programmatūras FASTA, un to 1985. gadā ieviesa Deivids J. Lipmans un Viljams R. Pīrsons. Laika gaitā FASTA rīkam bija daudz modifikāciju, un jaunākā versija sastāv no programmām proteīnam: olb altumvielām, DNS.:DNS, proteīns:tulkota DNS (ar kadru nobīdēm) un sakārtota vai nesakārtota peptīdu meklēšana. FASTA nolasa doto nukleotīdu vai aminoskābju secību un meklē atbilstošo secību datubāzi, izmantojot lokālo secību saskaņošanu, lai atrastu līdzīgu datu bāzes secību atbilstību.
Kas ir FASTQ?
FASTQ ir bioinformātikas jomā izmantota pielīdzināšanas programmatūra, kas saglabā gan bioloģisko secību (parasti nukleotīdu secību), gan tai atbilstošos kvalitātes rādītājus. FASTQ sākotnēji izstrādāja Wellcome Trust Sanger Institute, lai apvienotu FASTA formatētu secību un saistītos kvalitātes datus. Attīstoties bioinformātikas jomā, FASTQ kļuva par de facto standartu daudzu augstas caurlaidības sekvencēšanas instrumentu izvades glabāšanai.
FASTQ formātā katrā secībā tiek izmantotas četras dažādas rindiņas. 1. rindiņa sākas ar @ rakstzīmi, un tai seko secības identifikators (līdzīgi kā FASTA virsraksta rindiņai). 2. rindiņa sastāv no neapstrādātiem secības burtiem. 3. rindiņā secība sākas ar “+” rakstzīmi, un pēc izvēles tai seko tas pats secības identifikators.4. rindiņa kodē 2. rindiņas secības kvalitātes vērtības, un tai jāsastāv no tikpat daudz simbolu, cik burtiem secībā.
Kādas ir līdzības starp FASTA un FASTQ?
- FASTA un FASTQ ir līdzināšanas rīki.
- Tie ir divi secības attēlojuma formāti.
- Abi ir saistīti ar bioinformātikas jomu.
- Gan FAST, gan FASTQ ir svarīgi rīki uzglabāšanai un secības noteikšanai.
- FASTQ ir FASTA formāta paplašinājums ar iespēju saglabāt secības kvalitāti.
Kāda ir atšķirība starp FASTA un FASTQ?
FASTA ir uz tekstu balstīts formāts, kurā tiek saglabātas tikai nukleotīdu vai proteīnu sekvences, savukārt FASTQ ir teksta formāts, kas saglabā gan secību, gan saistītās secības kvalitātes vērtības. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp FASTA un FASTQ. Turklāt FASTA saglabā secību fragmentus pēc kartēšanas, savukārt FASTQ saglabā secību fragmentus pirms kartēšanas. Turklāt vēl viena atšķirība starp FASTA un FASTQ ir tāda, ka FASTA sastāv no vienas apraksta rindiņas, bet FASTAQ - no četrām rindām.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir parādītas atšķirības starp FASTA un FASTQ, lai tos varētu salīdzināt.
Kopsavilkums - FASTA pret FASTQ
Bioinformātika izmanto dažādus secību formātus, piemēram, FASTA un FASTQ utt. FASTA saglabā secību fragmentus pēc kartēšanas, savukārt FASTQ saglabā secību fragmentus pirms kartēšanas. FASTA ir DNS un olb altumvielu secības saskaņošanas programmatūra. Tas sastāv no programmām proteīns:proteīns, DNS:DNS, proteīns:tulkotā DNS (ar kadru nobīdēm) un sakārtotu vai nesakārtotu peptīdu meklēšanu. FASTQ ir pielīdzināšanas programmatūra, ko izmanto bioinformātikas jomā un saglabā gan bioloģisko secību (parasti nukleotīdu secību), gan tai atbilstošos kvalitātes rādītājus. FASTA sastāv no vienas apraksta rindiņas, un FASTQ sastāv no četrām rindiņām. Tātad, šeit ir apkopota atšķirība starp FASTA un FASTQ.
