Galvenā atšķirība starp MLVA un MLST ir tāda, ka MLVA mikrobu sugu raksturošanai izmanto tandēmā atkārtotu DNS sekvenču polimorfismu, savukārt MLST izmanto vairāku mājturības gēnu iekšējo fragmentu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas.
Mikrobu tipizēšana parasti tiek izmantota, lai noteiktu infekciju avotu un ceļus. Tas apstiprina vai izslēdz uzliesmojumus. Mikrobu tipizēšana arī izseko ar veselības aprūpi saistītu patogēnu pārnešanu un atpazīst virulentus celmus. Turklāt mikrobu tipizēšana novērtē patogēno mikrobu sugu kontroles pasākumu efektivitāti. MLVA un MLST ir divas molekulāri bioloģiskas metodes, ko izmanto mikrobu tipizēšanai.
Kas ir MLVA?
Vairāku loku VNTR analīze (MLVA) ir molekulāri bioloģiskā metode, kas izmanto tandēmā atkārtotu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas. Tā ir metode, ko izmanto konkrētu mikrobu sugu ģenētiskai analīzei.
Pirmajā MLVA posmā katrs mērķētais VNTR lokuss tiek pastiprināts ar PCR ar blakus esošajiem reģionam specifiskiem primeriem. Pēc tam iegūtos fragmentus pēc izmēra atdala ar elektroforēzi uz kapilāru sekvencēra. Katra lokusa genotipēšana un no katra parauga apkopotie rezultāti ļauj raksturot mikroorganismu, kura suga ir zināma. Tas arī ļauj identificēt apakšsugas, izmantojot alēļu tipēšanu un salīdzināšanu ar MLVA datu bāzēm.
01. attēls: MLVA
Šī MLVA metode ir selektīvāka nekā MLST metode. Turklāt MLVA metodei nav nepieciešams DNS sekvencēšanas solis. Tādējādi tas ļauj atšķirt tuvas pasugas vai klonālās sugas.
Kas ir MLST?
Multilocus sekvences tipēšana (MLST) ir metode, kas izmanto vairāku mājturības gēnu iekšējo fragmentu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas. MLST ir ģenētiskās analīzes paņēmiens vairāku lokusu tipizēšanai.
2. attēls: MLST
Tas ir sekvencēšanas tipizēšanas veids, ko izmanto kā atsauces metodi, lai atšķirtu dažādus mikrobu sugu celmus. Šīs metodes pamatā ir mājturības gēnu sekvencēšana. Mājturības gēni parasti kodē būtiskus mikrobu aģentu proteīnus, piemēram, baktērijas. Šīm mājturības gēnu sekvencēm ir īpatnība, ka laika gaitā tās rada stabilu polimorfismu. Tāpēc atšķirības mājturības gēnu secībās ir pietiekamas, lai atšķirtu celmus vienu no otra. Turklāt pirmā izstrādātā MLST shēma bija Neisseria meningitidis, meningokoku meningīta un septicēmijas izraisītājs. Kopš ieviešanas MLST ir izmantots ne tikai cilvēku patogēniem, bet arī augu patogēniem.
Kādas ir līdzības starp MLVA un MLST?
- MLVA un MLST ir divas molekulāri bioloģiskas metodes, ko izmanto mikrobu tipizēšanai.
- Abas metodes var izmantot mikrobu filoģenētiskai analīzei.
- Abu paņēmienu pamatā ir ģenētiskais polimorfisms.
- Tos var izmantot tādu cilvēku slimību noteikšanai, kas izraisa mikrobu patogēnus.
- Abas metodes ir jāveic kvalificētiem molekulārbiologiem.
Kāda ir atšķirība starp MLVA un MLST?
MLVA ir paņēmiens, kas izmanto tandēmā atkārtotu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas. Tikmēr MLST ir metode, kas izmanto vairāku mājturības gēnu iekšējo fragmentu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp MLVA un MLST. Turklāt MLVA metode ir selektīvāka nekā MLST metode.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir parādītas atšķirības starp MLVA un MLST, lai tos varētu salīdzināt.
Kopsavilkums - MLVA pret MLST
MLVA un MLST ir divas molekulāri bioloģiskās metodes, ko izmanto mikrobu tipizēšanai. MLVA izmanto tandēmā atkārtotu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas, savukārt MLST izmanto vairāku mājturības gēnu iekšējo fragmentu DNS sekvenču polimorfismu, lai raksturotu mikrobu sugas. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp MLVA un MLST.
