Galvenā atšķirība starp LTR un ne-LTR retrotransposoniem ir tāda, ka LTR retrotransposoni ir retrotransposonu veids, kuru struktūrā ir gari termināla atkārtojumi, savukārt retrotransposoni, kas nav LTR, ir retrotransposonu veids, kam nav garu gala atkārtojumu. to struktūrā.
Retrotransposoni (I klases transponējamie elementi vai transpozoni, izmantojot RNS starpproduktus) ir ģenētisko komponentu veids, kas var kopēt un ielīmēt sevi dažādās genoma vietās. Viņi to veic, pārvēršot RNS atpakaļ DNS, izmantojot procesu, ko sauc par reverso transkripciju, izmantojot RNS transponēšanas starpproduktu. Ir divi galvenie retrotranspozonu veidi: LTR un ne-LTR retrotranspozoni
Kas ir LTR retrotranspozoni?
LTR retrotransposoni ir retrotransposonu veids, kuru struktūrā ir gari termināla atkārtojumi. Katrā LTR retrotransposona galā var atrast garus atkārtotas DNS pavedienus. Tos sauc par gariem termināla atkārtojumiem (LTR). Katrs LTR ir dažus simtus bāzes pāru garš. LTR retrotransposoni parasti ir garāki par 5 kilobāzēm. Turklāt starp garajiem termināla atkārtojumiem ir gēni, kurus var transkribēt līdzvērtīgi retrovīrusu gēniem gag un pol. Šie gēni pārklājas tā, ka tie kodē proteāzi, kas parasti apstrādā iegūto transkriptu funkcionālos gēnu produktos.
Attēls 01: LTR retrotransposoni
Retrotransposonu Gag gēns veido produktu, kas saistās ar citu retrotransposonu transkriptiem, veidojot vīrusam līdzīgas daļiņas. Pol gēns ražo produktus, kas ietver fermentus, piemēram, reversās transkriptāzes, integrāzes un ribonukleāzes H domēnus. Reversās transkriptāzes enzīms veic retrotransposona DNS reverso transkripciju. Integrāzes enzīms integrē retrotransposona DNS eikariotu genoma DNS. Ribonukleāzes H domēni ir noderīgi fosfodiestera saišu sadalīšanai starp RNS starpproduktiem. LTR retrotransposoni kodē arī transkriptus ar tRNS saistīšanās vietām, lai tie varētu diezgan viegli veikt reverso transkripciju. Turklāt, tā kā retrotransposons satur informāciju par eikariotu genomu, tas var ievietot savas kopijas citās genoma vietās eikariotu šūnā.
Kas ir ne-LTR retrotranspozoni?
Ne-LTR retrotransposoni ir retrotransposonu veids, kuru struktūrā nav garu termināla atkārtojumu. Tāpat kā LTR retrotransposoni, ne-LTR retrotransposoni satur arī reversās transkriptāzes, RNS saistošā proteīna, nukleāzes un dažreiz ribonukleāzes H domēnu gēnus. Bet viņiem trūkst garo termināla atkārtojumu; tā vietā tiem ir īsi atkārtojumi, kuriem var būt apgriezta bāzu secība blakus. RNS saistošie proteīni saistās ar RNS transpozīcijas starpproduktu, un nukleāzes sarauj fosfodiestera saites starp nukleīnskābes nukleotīdiem.
2. attēls: LTR un ne-LTR retrotranspozoni
Lai gan tie ir retrotranspozoni, tie nevar veikt reverso transkripciju, izmantojot RNS starpproduktu tāpat kā LTR retrotranspozoni. Tas ir tāpēc, ka ne-LTR retrotransposoni nesatur sekvences, kas saistās ar tRNS. Tādējādi retrotransposons, kas nav LTR, transkribēts mRNS un pārvērsts olb altumvielās, darbojas kā reversā transkriptāze. Reversā transkriptāze veido ne-LTR retrotransposona RNS DNS kopiju, ko var integrēt genomā jaunā vietā. Turklāt retrotransposoni, kas nav LTR, iedalās divos veidos: LINEs (ilgi mijas kodolelementi) un SINE (īsi mijas kodolelementi).
Kādas ir līdzības starp LTR un ne-LTR retrotransposoniem?
- LTR un ne-LTR retrotransposoni ir divi galvenie retrotranspozonu veidi.
- Abi veidi satur gēnus tādiem enzīmiem kā reversās transkriptāzes, RNS saistošā proteīna, nukleāzes un ribonukleāzes H domēni.
- Tos var atrast cilvēka genomā.
- Abi veidi ir evolucionāri svarīgi.
Kāda ir atšķirība starp LTR un ne-LTR retrotransposoniem?
LTR retrotransposonu struktūrā ir gari termināla atkārtojumi, savukārt ne-LTR retrotransposonu struktūrā trūkst garu gala atkārtojumu. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp LTR un ne-LTR retrotransposoniem. Turklāt LTR retrotransposoniem ir ilgi tieši atkārtojumi, kas ir tikai viena bāzu secība, kas atkārtojas. No otras puses, retrotransposoniem, kas nav LTR, ir īsi atkārtojumi, kuriem var būt apgriezta bāzu secība blakus.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir parādītas atšķirības starp LTR un ne-LTR retrotransposoniem, lai tos varētu salīdzināt.
Kopsavilkums - LTR salīdzinājumā ar ne-LTR retrotransposoniem
LTR un ne-LTR retrotransposoni ir divi galvenie retrotransposonu veidi. LTR retrotransposonu struktūrā ir gari gala atkārtojumi, savukārt ne-LTR retrotransposonu struktūrā nav garu gala atkārtojumu. Tātad šī ir galvenā atšķirība starp LTR un ne-LTR retrotransposoniem.
