Galvenā atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bises sekvencēšanu ir tāda, ka hierarhiskā bises sekvencēšanā genoms pirms sekvencēšanas tiek sadalīts lielākos fragmentos, savukārt visa genoma bises sekvencēšanā viss genoms tiek sadalīts mazos fragmentos sekvencēšanai..
Sekvencēšana ir svarīgs paņēmiens molekulārajos procesos, īpaši precīzā sugu identificēšanā. Faktiski tā ir metode, kā noteikt precīzu nukleotīdu secību gēnā vai genomā. Ir daudzas secības noteikšanas metodes. Daži no tiem ietver Maxam Gilbert metodi, Sanger metodi un automatizēto Sanger metodi.
Kas ir hierarhiskā bises secība?
Hierarhiskā bises sekvencēšana ir viena no secības noteikšanas metodēm. To sauc arī par "no augšas uz leju secību". Turklāt šī metode sastāv no diviem posmiem: pirmais solis ir genoma amplifikācija, bet otrais solis ir genoma fragmentācija. Izmantojot šo metodi, vispirms genoms tiek sadalīts lielos fragmentos. Tam seko šo lielo fragmentu klonēšana dažādos saimniekos, izmantojot vektorus vai mākslīgās hromosomas. Pēc tam šie rekombinantie vektori tiek sakārtoti bibliotēkā. Bises sekvencēšanas laikā rekombinanto vektoru kloniem tiek veikta atsevišķa sekvencēšana. Fragmenti klonos tiek pakļauti restrikcijas šķelšanai, lai vēl vairāk samazinātu genoma lielumu, tādējādi tiek veikta sekvencēšana.
Attēls 01: Hierarhiskā bises secība
Hierarhiskās bises secības laikā lielie fragmentu gabali ir jāsakārto secībā pirms bises secības. Tas notiek ar molekulāro marķieru palīdzību, kas tiek iekļauti klonēšanas procesā.
Hierarhiskā bises sekvencēšana rada zemas izšķirtspējas gēnu karti. Bet tas izveido sakārtotu secību karti. Tādējādi tas aizņem ilgāku laiku nekā tiešā secībā. Viss process aizkavējas, jo tiek izveidota rekombinantā vektoru bibliotēka. Vai tā ir arī darbietilpīga tehnika. Tomēr pašlaik šī tehnika ir automatizēta, lai atvieglotu darbu.
Kas ir visa genoma bises sekvencēšana?
Visa genoma bises sekvencēšana ir viena posma sekvencēšanas process. Šajā procesā vispirms notiek visa genoma griešana. Pēc tam katrs no šiem mazajiem fragmentiem tiek nejauši sakārtots. Pēc secības pabeigšanas tiek veikta secību analīze. Secību analīzes laikā secības, kas pārklājas, tiek noņemtas, un analīze nav sakārtots process. Tāpēc secību salikšana ir mazāk efektīvs process, salīdzinot ar hierarhisku bises sekvencēšanu. Tomēr visa genoma bises sekvencēšanas process ir ātrāks, un visa genoma analīze var notikt vienā gadījumā.
Kādas ir līdzības starp hierarhisko un visa genoma bišu sekvencēšanu?
- Hierarhiskā un visa genoma bises sekvencēšana ir divas secības noteikšanas pieejas.
- Abām tiek veikta Sangera sekvencēšana vai automātiskās Sangera sekvencēšanas metodes.
- Tie ir iesaistīti DNS un RNS fragmentu sekvencēšanā.
- Turklāt abas metodes ir svarīgas molekulārajā diagnostikā un pētniecības nolūkos.
- Pašlaik abas metodes ir automatizētas vai datorizētas.
- Abas metodes balstās uz genoma sadrumstalotību.
Kāda ir atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bises sekvencēšanu?
Hierarhiskā bises sekvencēšana ģenerē lielāka izmēra fragmentus, salīdzinot ar visa genoma bises sekvencēšanu, kas darbojas ar maziem sekvenču fragmentiem. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bises sekvencēšanu. Turklāt hierarhiskā bises sekvencēšana sastāv no diviem galvenajiem posmiem, savukārt visa genoma bises sekvencēšana balstās uz vienu galveno posmu.
Turklāt vēl viena atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bises sekvencēšanu ir tāda, ka izšķirtspēja ir augstāka visa genoma bises sekvencē, salīdzinot ar hierarhisko bises sekvencēšanu.
Tālāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bises sekvencēšanu.
Kopsavilkums - hierarhiskā un visa genoma bises sekvencēšana
Hierarhiskā un visa genoma bises sekvencēšana ir divi paņēmieni lielu genomu sekvencēšanai. Hierarhiskā bise secība ir divpakāpju sekvencēšanas process, kurā genoms tiek sadalīts lielākos fragmentos. Turpretī visa genoma bises sekvencēšana ir viena posma sekvencēšana, kurā genoms tiek sadalīts mazos fragmentos un tieši sekvencēts. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bises sekvencēšanu. Turklāt abu paņēmienu tehniskie aspekti var atšķirties.
