Galvenā atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu ir tāda, ka visa genoma sekvencēšana sekvencē visu organisma genomu, bet eksoma sekvencēšana sekvencē tikai organisma eksomu vai proteīnus kodējošos gēnus.
Sekvencēšana ir metode, kas nosaka precīzu nukleotīdu secību konkrētā DNS molekulā. Tas tikai atspoguļo pareizo četru bāzu secību; adenīns (A), guanīns (G), citozīns (C) un timīns (T) DNS fragmentā. Ir vairākas sekvencēšanas metodes, piemēram, Sangera sekvencēšana, nākamās paaudzes sekvencēšana utt. Turklāt var veikt sekvencēšanu vai nu visam organisma genomam (visa genoma sekvencēšana), vai tikai genomā esošajiem proteīnus kodējošiem gēniem (eksoma sekvencēšana).
Kas ir visa genoma sekvencēšana?
Cilvēka genoms satur gandrīz trīs miljardus DNS bāzes pāru. Visa genoma sekvencēšana ir metode, kas sekvencē visu organisma genomu. Tāpēc visa genoma sekvencēšanā tiek ņemta vērā visa DNS molekulu kolekcija, ieskaitot eksomus, intronus, starpgēnu telpas utt. Turklāt visa genoma sekvencēšana nosaka ne tikai genomu, kas atrodas kodolā, bet arī mitohondriju DNS..
Attēls 01: Visa genoma sekvencēšana
Gatavojoties šai sekvencēšanai, pirmais solis ir iegūt visu DNS. Pēc tam ekstrahētajai DNS tiek veikta sekvencēšanas procedūra, izmantojot piemērotu sekvencēšanas metodi. Analizējot iegūtās secības, izmantojot bioinformātikas rīku, mēs varam noskaidrot retās slimības, vēzi, infekcijas slimības utt.
Kas ir Exome sekvencēšana?
Exome ir daļa no genoma, kas satur aptuveni 1,5% no genoma, un tā ir eksonu kolekcija. Eksoni ir sekvences, kas transkribē mRNS un pēc tam gala proteīna produktā. Tādējādi eksomu sekvencēšana genomā sakārto visas proteīnu kodējošās sekvences. Eksomu sekvencēšana atklāj ģenētiskos traucējumus, jo lielākā daļa ģenētisko traucējumu rodas proteīnu kodējošo gēnu mutāciju dēļ. Tādējādi ģenētisko traucējumu diagnostikas procesos bieži izmanto eksomu sekvencēšanu kā metodi slimības diagnosticēšanai. Turklāt, salīdzinot ar visu genoma sekvencēšanas lietojumprogrammu ģenētiskai testēšanai, eksoma sekvencēšana prasa mazāk laika un ir lētāka.
2. attēls: eksomu sekvencēšana
Eksomu sekvencēšanā, pirmkārt, ir jāatlasa tikai proteīnu kodējošās sekvences no kopējās DNS. Ņemiet vērā, ka cilvēkiem ir aptuveni 180 000 proteīnu kodēšanas sekvences. Pēc tam eksome tiek sekvencēta, izmantojot augstas caurlaidspējas sekvencēšanas metodi.
Kādas ir līdzības starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu?
- Visa genoma sekvencēšana un eksoma sekvencēšana ir divi sekvencēšanas lietojumi.
- Abas metodes ir noderīgas, lai abās metodēs noteiktu pareizo nukleotīdu secības secību.
- Arī bioinformātika palīdz abos datu analīzes paņēmienos.
Kāda ir atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu?
Visa genoma sekvencēšana sekvencē visu organisma genoma DNS, savukārt eksoma sekvencēšanas sekvencē tiek noteiktas tikai proteīnu kodējošās genoma sekvences. Tāpēc šī ir galvenā atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu. Turklāt, lai gan abas metodes tiek plaši izmantotas, lai noteiktu pareizo nukleotīdu secības secību, visa genoma sekvencēšana ir dārga un laikietilpīga nekā eksoma sekvencēšana.
Tālāk esošajā infografikā ir parādīta atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu.
Kopsavilkums - visa genoma sekvencēšana pret eksoma sekvencēšanu
Sekvencēšana atklāj precīzu bāzu secību DNS fragmentā, un tā var būt vai nu visa genoma sekvencēšana, vai eksoma sekvencēšana. Šeit visa genoma sekvencēšana sekvencē visu organisma genomu, savukārt eksoma sekvencēšana genomā sekvencē tikai proteīnus kodējošās sekvences. Ņemot vērā to pielietojumu, visa genoma sekvencēšana ir noderīga, lai analizētu ģenētiskās aberācijas, piemēram, viena nukleotīda variācijas, dzēšanas, ievietošanas utt. visā genomā, savukārt eksomu sekvencēšana ir noderīga ģenētisko slimību noteikšanā. Tāpēc šī ir atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu.
