Galvenā atšķirība starp bises sekvencēšanu un nākamās paaudzes sekvencēšanu ir tāda, ka bises sekvencēšana ir sekvencēšanas metode, kas pēc nejaušības principa sadala DNS sekvences daudzos mazos fragmentos un no jauna saliek secību, novērojot pārklājošos reģionus nākamās paaudzes sekvencēšanas (NGS) laikā. ir uzlabota ģenētiskās sekvencēšanas metode, kas ir atkarīga no kapilārās elektroforēzes.
Sekvencēšana ir process, kas nosaka precīzu nukleotīdu secību gēnā, gēnu kopā, hromosomā un pilnā genomā. Genomikas pētījumos, tiesu ekspertīzēs, virusoloģijā, bioloģiskajā sistemātikā, medicīniskajā diagnostikā, biotehnoloģijā un daudzās citās jomās ir ļoti svarīgi analizēt gēnu struktūru un funkcijas un organismu identificēšanu. Turklāt ir pieejamas dažāda veida sekvencēšanas metodes. Bišu sekvencēšana un nākamās paaudzes sekvencēšana ir divas uzlabotas metodes.
Kas ir bišu secība?
Sekvencēšana ar šautenēm ir sekvencēšanas metode, kas pēc nejaušības principa sadala visas hromosomas vai visa genoma DNS sekvences daudzos mazos fragmentos un, novērojot pārklājošās sekvences vai reģionus, secības atkal saliek ar datoru palīdzību. Parasti zīdītāju genomi ir strukturāli sarežģīti un lielāki. Tādējādi tos ir grūti sekvencēt, klonējot, jo tas ir laikietilpīgs. Bises sekvencēšana ir ātrāka metode. Tas ir arī lētāk veikt. Tāpēc mūsdienu zinātnieki paļaujas uz bises sekvencēšanas metodi, lai risinātu sarežģītus genomus.
Attēls 01: Bises secība
Sekvences noteikšana ar bise ir salīdzinoši vienkārša. Tas sākas ar visa genoma fragmentēšanu dažādos izmēros no 20 kilogramu bāzēm līdz 300 kilogramu bāzēm. Pēc tam katrs fragments ir jāsekvenē, izmantojot ķēdes pārtraukšanas metodi. Pēc sekvencēšanas ir nepieciešams montēt fragmentus, aplūkojot pārklājošos reģionus, izmantojot sarežģītu datoru programmatūru. Šai metodei nav nepieciešama secību parastā kartēšana un klonēšana. Turklāt šajā metodē ģenētiskās kartes izmantošana nenotiek. Tomēr, tā kā esošās genoma kartes netiek izmantotas, kļūdas montāžas laikā ir lielākas. Tas ir viens no galvenajiem šīs metodes trūkumiem. Turklāt īsāki fragmenti sniedz mazāk unikālu informāciju par katru nolasījumu, izmantojot šo metodi. Turklāt bises secības noteikšana nespēj iegūt pietiekami daudz datu, lai noteiktu konsensa secību vajadzīgajā precizitātes standartā.
Neskatoties uz iepriekš minētajiem trūkumiem, bises sekvencēšanas metode pašlaik ir visefektīvākā un rentablākā stratēģija mikrobu genomu, tostarp baktēriju, vīrusu un rauga, sekvencēšanai. Tas ir tāpēc, ka viņu genomos trūkst atkārtotu reģionu, kurus ir grūti sekvenēt, un ir iespējams šos genomus viegli salikt hromosomās bez kļūdām.
Kas ir nākamās paaudzes secība?
Nākamās paaudzes sekvencēšana (NGS) ir termins, ko lieto, lai apzīmētu mūsdienu augstas veiktspējas sekvencēšanas procesus. Tajā ir aprakstītas vairākas dažādas mūsdienu sekvencēšanas tehnoloģijas, kas radīja revolūciju genoma pētījumos un molekulārajā bioloģijā. Šīs metodes ietver Illumina sekvencēšanu, Roche 454 sekvencēšanu, jonu protonu sekvencēšanu un SOLiD (Sekvencēšana ar Oligo Ligation Detection) sekvencēšanu. NGS sistēmas ir ātrākas un lētākas. NGS sistēmās tiek izmantotas četras galvenās DNS sekvencēšanas metodes: pirosekvencēšana, sekvencēšana ar sintēzi, sekvencēšana ar ligāciju un jonu pusvadītāju sekvencēšana. NGS paralēli var sekvencēt lielu skaitu DNS vai RNS virkņu (miljoniem). Tas ļauj īsā laika periodā noteikt visa organismu genoma sekvencēšanu.
2. attēls: nākamās paaudzes secība
NGS ir dažādas priekšrocības. Tas ir ātrdarbīgs, precīzāks un izmaksu ziņā izdevīgāks process, ko var veikt ar nelielu paraugu. Tādējādi tas ļauj analizēt visu cilvēka genomu vienā sekvencēšanas eksperimentā. Turklāt NGS var izmantot metagenomiskos pētījumos, atsevišķu genomu variāciju noteikšanā ievietošanas un dzēšanas dēļ utt., Un gēnu ekspresiju analīzē. Turklāt NGS var vienlaikus analizēt veselus transkriptus no liela skaita audu. Tādējādi NGS ir mainījis transkriptu analīzi.
Kādas ir bišu secības un nākamās paaudzes secības līdzības?
- Sekvencēšana ar šautenēm un nākamās paaudzes sekvencēšana ir divas genoma sekvencēšanas metodes.
- Abas metodes ir ātrās metodes.
- Turklāt tās ir rentablas metodes.
- Tie spēj paralēli sekvencēt daudzus DNS fragmentus.
Kāda ir atšķirība starp bišu sekvencēšanu un nākamās paaudzes sekvencēšanu?
Sekvencēšana ar bise un nākamās paaudzes sekvencēšana ir divas uzlabotas secības noteikšanas metodes. Bises sekvencēšanas metode nejauši sadala visas hromosomas vai visa genoma DNS sekvences daudzos mazos fragmentos un, novērojot pārklājošās sekvences vai reģionus, secības atkal saliek ar datoru palīdzību. Turpretim nākamās paaudzes sekvencēšana (NGS) ir termins, kas attiecas uz mūsdienu augstas caurlaidspējas sekvencēšanas procesiem. Tātad šī ir galvenā atšķirība starp bises sekvencēšanu un nākamās paaudzes sekvencēšanu. Turklāt nākamās paaudzes sekvencēšana ir metode, kas ir atkarīga no kapilārās elektroforēzes, savukārt bises sekvencēšana nav atkarīga. Tāpēc šī ir arī atšķirība starp bises sekvencēšanu un nākamās paaudzes sekvencēšanu. Turklāt, salīdzinot ar bises sekvencēšanu, nākamās paaudzes sekvencēšana ir ļoti jutīga un ļoti precīza.
Kopsavilkums - bišu sekvencēšana pret nākamās paaudzes sekvencēšanu
Sekvencēšana ar šautenēm un nākamās paaudzes sekvencēšana ir divas sekvencēšanas metodes, ko izmanto genoma sekvencēšanā. Abas metodes ir ātras un rentablas metodes. NGS darbojas pēc principa, ātri secinot miljoniem secību vienlaikus, izmantojot sekvencēšanas sistēmu. Turpretim bises sekvencēšanai ir nepieciešams sadalīt genomus mazos fragmentos un secināt un atkārtoti salikt, izmantojot secības, kas pārklājas. Tātad, šeit ir apkopota atšķirība starp bises sekvencēšanu un nākamās paaudzes sekvencēšanu.
