Galvenā atšķirība starp genoma DNS un plazmīdas DNS izolāciju ir tāda, ka genoma DNS izolācija ir vērsta uz genoma DNS ekstrakciju, bet plazmīdas DNS izolācijas mērķis ir baktēriju plazmīdas DNS ekstrakcija.
DNS izolēšana ir ķīmisks process, ko izmanto, lai izolētu DNS no dažādām sugām vai no dažādiem paraugiem. DNS izolācija ir svarīga pakārtotās molekulārās bioloģijas metodēs, piemēram, gēla elektroforēzē, polimerāzes ķēdes reakcijā un DNS sekvencēšanas metodēs. Tāpēc DNS izolēšana ir būtisks ķīmiskais process molekulāri bioloģiskajos pētījumos. Pamatojoties uz pētījuma mērķi, dažreiz ir nepieciešams izolēt genoma DNS. Turklāt daži pētījumi ir vērsti uz plazmīdu DNS izolēšanu no baktērijām. Genomiskā DNS izolācija ir process, kurā tiek izolēta genoma DNS no prokariotu vai eikariotu parauga. Izolācijas soļi atšķiras atkarībā no šūnas veida, kurā DNS izolē. Plazmīdas DNS izolēšana ir plazmīdas DNS izdalīšanas process no baktēriju šūnas. Salīdzinot ar genoma DNS izolāciju, plazmīdas DNS izolēšanas process kopumā ir sarežģīts.
Kas ir genoma DNS izolācija?
Genomiskā DNS izolācija ir visa organisma genoma DNS ekstrakcijas process. Šis konkrētais process ietver trīs galvenos notikumus. Tie ir šūnu līze vai kodola līze, olb altumvielu sadalīšanās vai proteolīze un genoma DNS izgulsnēšana. Līzes posms var atšķirties atkarībā no šūnas veida. Tā kā prokariotiem ir peptidoglikāna šūnu siena, pirmajam solim vajadzētu būt šūnu sienas sadalīšanai. No otras puses, eikariotos līzes posms ietver plazmas membrānas un kodola membrānas sadalīšanos, lai DNS izvadītu ārpusē. Turpretim augu un sēnīšu šūnu sieniņu lizēšanai ir nepieciešamas īpašas darbības.
Attēls 01: genoma DNS izolācija
Līdz ar to, tiklīdz līzes posms būs pabeigts, galu galā DNS nonāks supernatantā. Vienlaikus šķīdumā notiek arī proteīnu sadalīšanās, jo tiek pievienota proteināze K. Nākamais solis ir genoma DNS un degradēto proteīnu atdalīšana vienu no otras. Tādējādi degradētie proteīni atdalās ar nokrišņiem, ļaujot genoma DNS palikt supernatantā. Pēc proteīnu izgulsnēšanas genoma DNS var nogulsnēt un atkārtoti suspendēt piemērotā buferšķīdumā, līdz tas nepieciešams eksperimentam.
Genomiskā DNS, kas ir lineāra DNS, satur visu organisma ģenētisko informāciju. Citiem vārdiem sakot, genoms ir dzīva organisma iedzimtības materiāls, kas ir atbildīgs par visām šūnas strukturālajām un funkcionālajām aktivitātēm. Tas sastāv gan no kodējošām, gan nekodējošām DNS sekvencēm. Izolējot genoma DNS, tā ietver visu organisma genomu.
Kas ir plazmīdu DNS izolācija?
Plazmīdu DNS izolēšana ir īpašs un sarežģītāks DNS izolācijas process. Plazmīdas ir ārpushromosomu DNS, kas atrodas lielākajā daļā baktēriju šūnu. Tās ir neaktīvas cirkulāras DNS, kas palīdz baktērijām izdzīvot skarbos vides apstākļos. Plazmīdas DNS sastāv no īpašiem rezistentiem gēniem, kas baktērijām nodrošina papildu priekšrocības, piemēram, rezistenci pret antibiotikām, virulences īpašības un toksiskas īpašības.
2. attēls: plazmīdas DNS izolācija
Plazmīdu DNS izolēšana ietver arī trīs galvenos procesus; šūnu līze, proteinolīze un DNS izgulsnēšanās. Lai gan izolācijas bioķīmiskais mehānisms ir līdzīgs genoma DNS izolācijas mehānismam, process ir sarežģītāks par to. Šūnu līzes process ir vissvarīgākais process šajā procedūrā. Vissvarīgākais ir tas, ka genoma DNS un plazmīdas DNS nedrīkst sajaukt savā starpā. Tāpēc plazmīdas DNS izolācijas procedūrā tiek iekļauts daudz maigāks līzes process. Tādējādi lielākajā daļā plazmīdu DNS izolēšanas procedūru izmanto mazgāšanas līdzekli; nātrija dodecilsulfāts šūnu līzei.
Kādas ir līdzības starp genoma DNS un plazmīdu DNS izolāciju?
- Genomiskā DNS un plazmīdu DNS izolācija ir vērsta uz organisma DNS ekstrakciju.
- Tāpat abos notiek viens un tas pats kopējais process, kas ietver šūnu līzi, olb altumvielu sadalīšanos un DNS izgulsnēšanos.
- Turklāt abu procesu iegūtā DNS ir svarīga pakārtotajiem procesiem.
- Turklāt abos izolācijas procesos ietilpst DNS attīrīšanas un uzglabāšanas darbības noteiktos uzglabāšanas apstākļos.
- Turklāt proteināzi K izmanto abās proteīnu sadalīšanas metodēs.
Kāda ir atšķirība starp genoma DNS un plazmīdu DNS izolāciju?
Genomiskā DNS izolācija ir vērsta uz visas mērķa organisma genoma DNS ekstrakciju, savukārt plazmīdas DNS izolācija ir vērsta uz tikai plazmīdas DNS izolēšanu no konkrētām baktēriju sugām. Tāpēc šī ir galvenā atšķirība starp genoma DNS un plazmīdas DNS izolāciju. Turklāt procedūrā ir vēl viena atšķirība starp genoma DNS un plazmīdas DNS izolāciju. Genomiskā DNS izolācija ir mazāk sarežģīta procedūra, salīdzinot ar plazmīdas DNS izolāciju. Tādējādi, izolējot plazmīdu DNS, ir jāveic piesardzības pasākumi, lai novērstu genoma un plazmīdas DNS sajaukšanos savā starpā.
Tālāk esošajā infograohic ir sniegta sīkāka informācija par atšķirību starp genoma DNS un plazmīdas DNS izolāciju.
Kopsavilkums - genoma DNS pret plazmīdu DNS izolāciju
DNS izolācija ir svarīgs process molekulārās bioloģijas metodēs. Ir divu veidu DNS, proti, genoma DNS un plazmīdu DNS (ārpushromosomu DNS). Pamatojoties uz prasību, dažas procedūras tika veiktas, lai izolētu genoma DNS, savukārt dažas procedūras ir vērstas uz tikai plazmīdas DNS izolēšanu no baktērijām. Tādējādi abos procesos iesaistītās darbības nedaudz atšķiras viena no otras. Tomēr kopējais process abās izolācijās ir vienāds. Abu procesu izolēta DNS tiek plaši izmantota pakārtotajos procesos, piemēram, klonēšanas, gēla elektroforēzes un polimerāzes ķēdes reakcijās. Genomiskā DNS izolācijas protokola beigās kā galaproduktu var izdalīt visu organisma genoma DNS, savukārt plazmīdas DNS izolācijas protokola beigās kā galaproduktu var izdalīt attiecīgās baktērijas plazmīdas DNS. Tāpēc šī ir atšķirība starp genoma DNS un plazmīdas DNS izolāciju.
