Galvenā atšķirība starp konsensa PCR un pan-PCR ir tāda, ka vienprātīgā PCR vienmēr ir vērsta uz konservētiem reģioniem, turpretim Pan PCR ir vērsta uz mainīgiem reģioniem, lai identificētu dažādus grupas celmus
Polimerāzes ķēdes reakcija (PCR) ir gēnu amplifikācijas metode, kas sastāv no trim galvenajiem posmiem, piemēram, denaturācijas, atkausēšanas un pagarināšanas. To plaši izmanto diagnostikā un molekulārajā identificēšanā. Konsensa PCR un Pan PCR metodes ir balstītas uz katra PCR veida izmantotajiem primer mērķiem.
Kas ir Consensus PCR?
Consensus PCR ir PCR metode, kuras mērķis ir noteiktas sugas vai ģinšu konservēts reģions. Tāpēc pastiprināšanai tiek izvēlēti ļoti konservēti reģioni. Izmantojot šo metodi, organismus var identificēt un atšķirt, pamatojoties uz to vienprātību. Šī metode nosaka konkrētas sugas saglabāto reģionu. Piemēram, baktēriju 16s rRNS reģions joprojām ir konservēts baktēriju reģions. Tāpēc pastiprināšanai ir nepieciešams tikai viens praimeru komplekts. Vairumā gadījumu konservētajam reģionam var izmantot specifisku universālu primeru.
Attēls 01: PCR tehnika
Izmantojot konsensa PCR metodi, var secināt sugu raksturojumu un evolūcijas attiecības. Pamatojoties uz konkrētā parauga organisma amplifikācijas efektivitāti, var secināt arī organisma vienprātību pret grupu. Turklāt vienprātīga PCR veikšana ir ļoti svarīga filoģenētiskajos pētījumos. Tas ļauj identificēt sugu un interpretē konkrētā organisma novirzes, kas parādītas kopējā priekšteča izteiksmē.
Kas ir Pan PCR?
A Pan PCR ir PCR multipleksēšanas režīms. Šajā tehnikā dažādi celmi tiek pastiprināti, izmantojot dažādus primeru mērķus. Tomēr mērķi var būt kopīgi mērķi celmu grupām. Tādējādi Pan PCR vienā reizē var izmantot vairāk nekā divus primeru komplektus. To var veikt ar vienas caurules reakcijas metodi vai kā vairāku cauruļu reakcijas metodi. Pan PCR ir laikietilpīgāks un sarežģītāks salīdzinājumā ar konsensa PCR. Šī iemesla dēļ PCR rezultātu interpretācija Pan PCR var būt arī sarežģītāka.
Pan PCR galvenais pielietojums ir molekulārajā diagnostikā. Tas ļauj atšķirt dažādus sugas celmus, izmantojot mērķa pastiprināšanu. Pan PCR ir ideāls paņēmiens, lai identificētu dažādus vienas sugas celmus, kas izraisa slimību. Vairumā gadījumu Pan PCR metožu automatizācija dažādiem veselības stāvokļiem ir ļoti svarīga, un tā ir uzticama un ļoti efektīva metode.
Kādas ir līdzības starp Consensus PCR un Pan PCR?
- Consensus PCR un Pan PCR ir divu veidu PCR metodes.
- Abās procedūrās tiek ievērota vispārējā trīs posmu procedūra – denaturācija, atkausēšana un pagarināšana.
- Tie izmanto primerus, kas ir specifiski mērķim.
- Abas reakcijas notiek termociklerā.
- Šīs reakcijas var automatizēt.
- Abus var izmantot molekulārajā diagnostikā un identifikācijā; tomēr precizitāte atšķiras.
- Šīm procedūrām ir nepieciešama validācija.
Kāda ir atšķirība starp Consensus PCR un Pan PCR?
Gan Consensus, gan Pan PCR ievēro vienu un to pašu parasto procedūru. Tomēr galvenā atšķirība starp konsensa PCR un Pan PCR ir balstīta uz katras procedūras izmantotajiem primeru mērķiem. Lai gan konsensa PCR vienmēr ir vērsta uz konservētiem reģioniem, Pan PCR ir vērsta uz mainīgiem reģioniem, lai identificētu dažādus grupas celmus. Šīs atšķirības dēļ atšķiras primeru projektēšanas protokoli, izmantoto primer komplektu skaits un konkrētās lietojumprogrammas.
Tālāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp Consensus PCR un Pan PCR.
Kopsavilkums - konsensa PCR pret Pan PCR
PCR, ko ieviesa Mulli, spēlē nozīmīgu revolucionāru lomu molekulārās bioloģijas lietojumos. Consensus un Pan PCR ir divu veidu PCR, kuru pamatā ir to primer mērķa reģioni. Lai gan konsensa PCR ir vērsta uz konservētiem reģioniem, Pan PCR ir vērsta uz mainīgiem reģioniem un tai ir svarīga loma celmu identificēšanā. Sakarā ar šo pamatatšķirību starp konsensa PCR un Pan PCR, katra PCR veida specifiskās funkcijas arī atšķiras no filoģenētiskās analīzes līdz molekulārajai raksturošanai un molekulārajai diagnostikai.
