Galvenā atšķirība - uz priekšu un atpakaļgaitas primer
Polimerāzes ķēdes reakcija (PCR) ir DNS amplifikācijas metode, ko izmanto molekulāri bioloģiskajos lietojumos. Tā ir plaši izmantota tehnika, kas veido miljoniem līdz miljardiem īpaši ieinteresētas DNS sekvences kopiju. Tā ir in vitro metode, ko veic laboratorijās. PCR tehnika ir pilnībā atkarīga no komerciāli ražotās DNS polimerāzes, ko sauc par Taq polimerāzi. Un arī tas prasa vairākas citas sastāvdaļas un pareizu temperatūras uzturēšanu. Viena svarīga sastāvdaļa ir gruntskrāsas. Praimeri ir īsas DNS sekvences, kas īpaši izstrādātas mērķa DNS secībai. Parasti tie ir aptuveni 20 nukleotīdus gari. Taq polimerāze katalizē nukleotīdu pievienošanu jau esošai nukleotīdu secībai. Tādējādi gruntskrāsas kalpo kā sākumpunkti jaunu pavedienu sintēzei. Taq polimerāze darbojas tikai 5' līdz 3' virzienā, tāpēc DNS sintēze notiek tajā pašā 5' līdz 3' virzienā. Tā kā DNS ir divpavedienu, PCR ir nepieciešami divu veidu primeri. Tie ir pazīstami kā priekšējais primer un reverse primer. Forward un reverse primers tiek saukti, pamatojoties uz primera pagarinājuma virzienu DNS, kad notiek DNS sintēze. Uz priekšu vērstais praimeris tiek savienots ar antisensu DNS virkni un ierosina gēna +ve virknes sintēzi 5’ līdz 3’ virzienā. Reversais primer atkvēlina ar sajūtu virkni un ierosina kodējošās virknes komplementārās virknes sintēzi; kas ir –ve gēna virkne 5’-3’ virzienā. Šī ir galvenā atšķirība starp priekšējo un reverso primeru.
Kas ir Forward Primer?
Orientācija uz priekšu ir gēna kodējošās virknes vai sajūtu virknes sintēze. Taq polimerāze katalizē jaunas virknes sintēzi 5’-3’ virzienā. Kodējošās virknes sintēze notiek, kad praimeris saplūst ar nekodējošu vai antisensu virkni un pagarinās 5’ līdz 3’ virzienā.
Attēls 01: Primers uz priekšu un atpakaļgaitu
Primer, kas savienojas ar antisense virkni vai nekodējošu virkni vai veidnes virkni, ir pazīstams kā priekšējais praimeris, jo priekšējais praimeris darbojas kā sākumpunkts kodējošās vai pozitīvās gēna virknes sintēzei. Forward praimeram ir īsa nukleotīdu secība, kas ir komplementāra antisense virknes 3' blakus esošajam galam. Tas hibridizējas ar antisense virkni un atvieglo Taq polimerāzi, lai pievienotu nukleotīdus, kas ir komplementāri veidnes virknei.
Kas ir reversais gruntējums?
Reversais primer ir īsa DNS sekvence, kas savienojas ar sensorās virknes 3' galu vai kodējošo virkni. Reversais primer kalpo kā sākumpunkts, lai sintezētu kodējošo secību vai nekodējošās secības komplementāru virkni. Reversais gruntējums ir izstrādāts, lai papildinātu kodējošās daļas 3' galu. Tādējādi tas atkvēlojas ar kodējošās virknes blakus esošo 3' galu un ļauj Taq polimerāzei sintezēt antisensu virkni vai veidnes virkni. Tā kā tā orientācija ir apgriezta, šis gruntējums ir apzīmēts kā apgriezts gruntējums.
Gan reversie, gan priekšējie primeri ir svarīgi, lai izveidotu no miljoniem līdz miljardiem konkrētu DNS reģionu kopiju, kas ir mērķtiecīgi vai ieinteresēti.
Kādas ir līdzības starp Forward Primer un Reverse Primer?
- Gan Forward un Reverse praimeri ir izgatavoti no oligonukleotīdiem.
- Gan uz priekšu, gan reverso primeriem ir īsa nukleotīdu secība, kas ir komplementāra DNS dubulto pavedienu blakus esošajiem galiem.
- Gan uz priekšu, gan atpakaļgaitas primeri parasti sastāv no 20 nukleotīdiem.
- Polimerāzes ķēdes reakcijās tiek izmantoti gan priekšējie, gan reversie grunti.
- Gan Forward un Reverse Primer tiek sintezēti komerciāli.
- Gan Forward, gan Reverse grunts ir stabila temperatūra, un tiem parasti ir līdzīgs Tm.
- Gan uz priekšu, gan reverso primeri tiek atkausēti ar mērķa DNS sekvencēm.
- Gan Forward, gan Reverse Primer ir izstrādāti atbilstoši PCR reakcijām.
- Gan Forward un Reverse Primer tiek izmantoti kā sākumpunkti DNS amplifikācijai.
- Gan reversie, gan priekšējie primeri ir svarīgi, lai izveidotu miljonu kopiju konkrētu mērķtiecīgu vai ieinteresētu DNS sekvenču apgabalos.
Kāda ir atšķirība starp Forward Primer un Reverse Primer?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Forward primer ir īsa DNS secība, kas hibridizējas ar gēna nekodējošās virknes vai veidnes virknes 3' galu un kalpo kā sākumpunkts kodējošās secības sintezēšanai. | Reversais primer ir īsa DNS secība, kas hibridizējas ar kodējošās virknes 3' galu vai neveidnes virkni un kalpo par sākumpunktu nekodējošās secības sintezēšanai. |
| Atlaidināšanas virkne | |
| Uz priekšu grunts rūdīšana ar veidnes pavedienu. | Apgrieztā gruntējuma atlaidināšana ar neveidnes pavedienu. |
| Rezultātā jauna secība | |
| Forward primer atvieglo kodēšanas secības sintēzi. | Reversais primer atvieglo nekodējošās secības sintēzi. |
Kopsavilkums - uz priekšu un atpakaļgaitas primer
PCR tehnikā ir iesaistīti divu veidu primeri. Tie ir priekšējie un reversie primeri. Pamatojoties uz primera pagarinājumu jaunās DNS virknes sintēzē, šie praimeri tiek marķēti vai nosaukti. Taq polimerāze sintezē jauno DNS 5' līdz 3' orientācijā. Līdz ar to gruntskrāsas ir veidotas kā papildinošas dubulto pavedienu 3’ galiem. Priekšējais gruntējums, kas pagarinās 5' līdz 3' virzienā, hibridizējas ar antisense vai veidnes 3' galu vai nekodējošu secību. Tas kalpo kā sākumpunkts kodēšanas secības sintezēšanai. Reversais gruntējums, kas pagarinās 5' līdz 3' virzienā, hibridizējas ar kodēšanas vai neveidnes vai sensora virknes 3' galu. Tas kalpo kā sākumpunkts nekodējošās secības sintezēšanai. Šī ir atšķirība starp priekšējo un reverso primer.
