Galvenā atšķirība - Nick Translation vs Primer Extension
Sikla tulkošana un primer paplašinājums ir divas svarīgas metodes, ko veic molekulārajā bioloģijā. Galvenā atšķirība starp nika translāciju un primera pagarinājumu ir tāda, ka nika translācijas process rada marķētas zondes citām hibridizācijas metodēm, savukārt primera pagarināšanas metode identificē noteiktu RNS secību no maisījuma un atklāj informāciju par mRNS ekspresiju. Abām metodēm ir liela nozīme, un tās regulāri tiek veiktas molekulāro pētījumu laboratorijās.
Kas ir Nika tulkojums?
Siku tulkošana ir svarīga metode, ko izmanto, lai sagatavotu marķētas zondes dažādām molekulāri bioloģiskām metodēm, piemēram, blotēšanai, in situ hibridizācijai, fluorescējošai in situ hibridizācijai utt. Tā ir in vitro DNS marķēšanas metode. DNS zondes izmanto, lai identificētu specifiskas DNS vai RNS sekvences. Ar marķētas zondes palīdzību no sarežģīta nukleīnskābes maisījuma var iezīmēt vai vizualizēt specifiskus fragmentus. Tāpēc marķētās zondes tiek sagatavotas, izmantojot dažādas metodes, kas izmantojamas dažādām metodēm. Nika tulkošana ir viena no šādām metodēm, kas ražo iezīmētas zondes ar DNāzes 1 un DNS polimerāzes 1 enzīmu palīdzību.
Sela tulkošanas process sākas ar DNāzes 1 enzīma aktivitāti. DNāze 1 ievieš spraugas divpavedienu DNS fosfāta mugurkaulā, sadalot fosfodiestera saites starp nukleotīdiem. Kad niķis ir izveidots, tiks atbrīvota nukleotīda 3' OH grupa, un DNS polimerāzes 1 enzīms iedarbosies uz to. DNS polimerāzes 1 5' līdz 3' eksonukleāzes aktivitāte noņem nukleotīdus no spraugas DNS virknes 3' virzienā. Vienlaikus darbojas DNS polimerāzes 1 enzīma polimerāzes aktivitāte un pievieno nukleotīdus, lai aizstātu noņemtos nukleotīdus. Ja nukleotīdi ir marķēti, aizstāšana notiks ar marķētajiem nukleotīdiem, un tas iezīmēs DNS identifikācijai. Šo nesen sintezēto iezīmēto DNS var izmantot kā zondi dažādās hibridizācijas reakcijās molekulārajā bioloģijā.
Attēls 01: Nika tulkošanas process
Kas ir Primer Extension?
Primer paplašinājums ir paņēmiens, ko izmanto, lai atrastu specifisku RNS secību no RNS maisījuma un atrastu mRNS transkripta 5' galu. To izmanto arī, lai pētītu RNS struktūru un ekspresiju. Praimeru pagarināšanas metode tiek veikta ar marķētiem primeriem vai marķētiem nukleotīdiem. Ja tiek izmantoti marķēti primeri, tas izslēdz nepieciešamību marķēt nukleotīdus, kas tiek izmantoti kDNS sintēzei. Šajā tehnikā ir vairāki soļi. Tas sākas ar RNS ekstrakciju no parauga. Pēc tam maisījumam pievieno marķētu oligonukleotīdu praimeri kopā ar nepieciešamajām sastāvdaļām, lai sintezētu noteiktas RNS sekvences cDNS. Primer atkvēlina ar komplementāru secību no maisījuma. Izmantojot primer atkvēlināto secību kā veidni, enzīms reversā transkriptāze sintezē RNS sekvences komplementāro DNS (cDNS). Primera atkausēšana un reversā transkripcija notiek tikai tad, ja paraugā ir specifiska RNS secība. Visbeidzot, veicot denaturējošā gēla elektroforēzi, var noteikt RNS sekvences lielumu. Ir arī viegli atrast mRNS (transkripcijas iniciācijas vietas) secības +1 bāzi ar praimera pagarināšanas metodi. Paraugā esošā mRNS daudzumu var kvantitatīvi noteikt ar šo metodi, ja tiek izmantots pārāk liels primer.
Attēls 02: Primer paplašinājums
Kāda ir atšķirība starp Nick Translation un Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Siku tulkošana ir process, kas rada iezīmētas DNS zondes dažādām hibridizācijas reakcijām. | Primer paplašinājums ir metode, ko izmanto, lai atrastu specifisku RNS vai pētītu gēnu ekspresiju. |
| Izmantotie enzīmi | |
| Tiek izmantoti DNS 1 un DNS polimerāzes enzīmi. | Tiek izmantots reversās transkriptāzes enzīms. |
| Svarīgums | |
| Sikla tulkošana atvieglo noteiktas DNS sekvences iezīmēšanu. | Primer paplašinājums ļauj noteikt specifisku mRNS sekvences lielumu un paraugā esošo daudzumu. |
Kopsavilkums - Nick Translation vs Primer Extension
Nick translācija ir metode, ko izmanto, lai sintezētu iezīmētas zondes, pamatojoties uz DNāzes 1 un E coli DNS polimerāzes 1 enzīmu aktivitātēm. Tā ir in vitro metode, ko izmantoja laboratorijās pirms dažādām hibridizācijas metodēm. Nika translācijas laikā DNS polimerāzes 1 5'-3' eksonukleāzes aktivitāte noņem nukleotīdus pirms nika, un DNS polimerāzes 1 polimerāzes aktivitāte aizstāj noņemtos nukleotīdus ar iezīmētiem nukleotīdiem aiz nika. Praimera pagarināšana ir metode, ko izmanto, lai noteiktu specifisku RNS transkriptu no maisījuma un kvantitatīvi noteiktu interesējošās RNS lielumu un daudzumu. Šī ir atšķirība starp segvārdu tulkojumu un primer paplašinājumu.
