Galvenā atšķirība - Phusion vs Taq polimerāze
DNS polimerāzes ir plaši izmantoti enzīmi molekulārās bioloģijas metodēs, un tās arī dabiski atrodas visos organismos, kuros notiek DNS replikācija. Tie ir galvenie polimerizācijas fermenti, kas tiek iesaistīti replikācijas laikā. DNS polimerāze spēj pievienot nukleotīdus DNS virknes brīvajam 3' galam, tādējādi izraisot jaunas virknes pagarinājumu. Pašlaik, ņemot vērā molekulārās bioloģijas attīstību slimību diagnostikā un rūpniecībā, ir svarīgi ražot polimerāzes ar dažādām labvēlīgām īpašībām. Tas palielina metodes precizitāti un padara to par ātrāku tehniku. Phusion un Taq polimerāze ir divi komerciāli ražoti termostabilie polimerāzes enzīmi, kurus izmanto īpašos molekulāros lietojumos. Phusion ir DNS polimerāze, kas izolēta no Pyrococcus furiosus, un to galvenokārt izmanto klonēšanas eksperimentos, lai palielinātu precizitāti. Taq DNS polimerāze ir standarta DNS polimerāze, ko izmanto polimerāzes ķēdes reakcijā (PCR), un tā ir izolēta no termostabilās baktērijas; Thermus aquaticus. Galvenā atšķirība starp abiem fermentiem ir avota mikroorganisms. Phusion ir izolēts no ekstremofila Pyrococcus furiosus, savukārt Taq polimerāze ir izolēta no termofīlā Thermus aquaticus.
Kas ir Phusion?
Phusion DNS polimerāze ir jauna polimerāze, ko ražo, izolējot enzīmu no Pyrococcus furiosus, kas ir ekstremofīla arheja. Šie mikrobi atrodas ārkārtīgi augstas temperatūras apstākļos, tādējādi padarot polimerāzi par ļoti karstumizturīgu polimerāzi. Phusion polimerāze tiek izmantota, lai iegūtu ārkārtēju precizitāti salīdzinājumā ar parasto termostabilo polimerāzi; Taq polimerāze. Phusion polimerāze spēj pastiprināt garas veidnes līdz pat 7,5 kb genoma DNS. Phusion polimerāzes optimālā polimerizācijas jauda ir 720 C. Phusion tiek izmantots arī klonēšanas produktos sekvencēšanai, ekspresijas analīzei un mutāciju analīzei.
Phusion DNS polimerāzei ir 3’–5’ eksonukleāzes aktivitāte. Tas ļauj pēc sintēzes veikt tikko sintezētās daļas korektūru. Tādējādi nukleotīdu neatbilstības ir viegli labojamas. Tādējādi tam ir mazāks kļūdu līmenis. Phusion polimerāzes kopējās priekšrocības ir:
- Extreme Fidelity
- Ātrs ātrums un samazināts pagarinājuma laiks
- Spēcīgas reakcijas un nepieciešama minimāla optimizācija
- Augsta ienesīgums
Attēls 01: Phusion
Galvenais Phusion polimerāzes trūkums ir tas, ka tā tiek inhibēta dezoksiuridīna trifosfāta (dUTP) klātbūtnē. Ja reakcijas maisījumā uzkrājas dUTP, tas var kavēt Phusion polimerāzes darbību. To novērš, pirms fermenta pievienošanas reakcijas maisījumu apstrādājot ar dUTPāzi. Pašlaik Phusion polimerāzes vietā, lai atrisinātu šo problēmu, tiek izmantots dUTP izturīgs Phusion polimerāzes variants, kas pazīstams kā Pfu Turbo.
Kas ir Taq polimerāze?
Taq DNS polimerāzes izgudrojums ir radījis revolūciju molekulārās bioloģijas jomā. Tas atrisināja lielu DNS amplifikācijas problēmu. Taq DNS polimerāze ir karstumizturīgs polimerāzes enzīms, kas ekstrahēts un izolēts no termofīlās baktērijas Thermus aquaticus. Šo enzīmu atklāšana noved pie PCR attīstības. Šis enzīms ir ļāvis izmantot polimerāzes ķēdes reakciju DNS amplifikācijā, nevis parastās darbietilpīgās klonēšanas metodes. PCR tagad tiek izmantota molekulārajā diagnostikā, lauksaimniecības un rūpniecības jomās ar daudzām jaunām variācijām, kas pievienotas tehnikai.
2. attēls: Taq polimerāze
Taq DNS polimerāze darbojas optimālā temperatūras diapazonā no 720C – 800C. Taq DNS polimerāzei nepieciešams kofaktors; magniju tā funkcijām. Taq polimerāzei nav 3'–5' korektūras spējas, tāpēc Taq DNS polimerāzes kļūdu līmenis ir augsts salīdzinājumā ar jaunākiem DNS polimerāžu veidiem, piemēram, Phusion polimerāzi utt. Taču Taq DNS polimerāzes popularitāte joprojām ir tas pats visā zinātnes pasaulē, pateicoties fermenta ērtībai un elastībai.
Kādas ir Phusion un Taq polimerāzes līdzības?
- Gan Phusion, gan Taq polimerāzes enzīmi ir polimerizācijas enzīmi, kas spēj pievienot nukleotīdus DNS virknes 3' brīvajam galam.
- Gan Phusion, gan Taq polimerāzēm ir nepieciešama primer secība, lai uzsāktu polimerizāciju.
- Gan Phusion, gan Taq polimerāzes ir termiski stabilas.
- PCR mehānismos DNS pastiprināšanai tiek izmantotas gan Phusion, gan Taq polimerāzes.
- Kad reakcijas maisījumam pievieno polimerāzi, gan Phusion, gan Taq polimerāzes tiek pievienotas pēdējās, lai nodrošinātu fermenta efektivitāti.
- Gan Phusion, gan Taq polimerāzes ir komerciāli sintezētas molekulārās bioloģijas eksperimentālos nolūkos.
- Gan Phusion, gan Taq polimerāzēm ir nepieciešams kofaktors, lai pabeigtu savu funkciju.
Kāda ir atšķirība starp Phusion un Taq polimerāzi?
Phusion pret Taq polimerāzi |
|
| Phusion ir DNS polimerāze, kas izolēta no Pyrococcus furiosus, un to galvenokārt izmanto klonēšanas eksperimentos, lai palielinātu precizitāti. | Taq DNS polimerāze ir standarta DNS polimerāze, ko izmanto polimerāzes ķēdes reakcijā (PCR), un tā ir izolēta no termostabilās baktērijas Thermus aquaticus. |
| Avota organisms | |
| Phusion iegūst no ekstremofīliem arhejiem – Pyrococcus furiosus. | Šie literārie darbi aptver no kolonizācijas perioda līdz dekolonizācijas periodam. |
| Pārbaudes lasīšanas spēja | |
| Programmā Phusion ir 3 - 5 collu korektūras lasīšanas iespēja. | 3 - 5 collu korektūras lasīšanas iespējas Taq polimerāzei nav. |
| Fidelity | |
| Ar Phusion ir augsta precizitāte. | Taq polimerāze uzrāda zemu precizitāti. |
| Pastiprinājums | |
| Phusion spēj pastiprināt garus DNS fragmentus. | Taq polimerāze spēj pastiprināt daudz īsākus DNS fragmentus. |
| dUTP saindēšanās | |
| Fūzijas darbību kavē uzkrāšanās nepāra. | DUPT neinhibē Taq polimerāzi. |
Kopsavilkums - Phusion vs Taq polimerāze
Phusion un Taq DNS polimerāze ir divas termiski stabilas polimerāzes, ko izmanto PCR tehnikās. Phusion ir polimerāze, kas izolēta no ekstremofila Pyrococcus furiosus, savukārt Taq ir izolēta no termostabilās baktērijas Thermus aquaticus. Taq DNS polimerāzes atklāšana noved pie PCR izgudrojuma. Phusion ir daudz priekšrocību salīdzinājumā ar Taq, kas ir padarījis Phusion par labāku iespēju augstas precizitātes DNS ražošanā. Tomēr Taq polimerāze joprojām tiek izmantota kā standarta polimerāzes enzīms PCR. Šī ir atšķirība starp Phusion un Taq polimerāzi.
