Galvenā atšķirība - VNTR vs STR
DNS pētījumi ir ļoti noderīgi filoģenētisko attiecību izpratnē un noteikšanā, ģenētisko slimību diagnostikā un organisma genomu kartēšanā. Konkrēta gēna vai DNS sekvences identificēšanai nezināmas DNS kopā tiek izmantotas vairākas ar DNS analīzi saistītas metodes. Tie ir pazīstami kā ģenētiskie marķieri. Ģenētiskie marķieri tiek izmantoti molekulārajā bioloģijā, lai identificētu ģenētiskās variācijas starp indivīdiem un sugām. Mainīga skaita tandēma atkārtojums (VNTR) un īss tandēma atkārtojums (STR) ir divu veidu ģenētiskie marķieri, kas uzrāda polimorfismu indivīdu vidū. Abi veidi ir nekodējoša atkārtota DNS, kas ir tandēma atkārtojumi. Tie ir sakārtoti hromosomās no galvas līdz astei. VNTR ir genoma sadaļa, kurā īsa nukleotīdu secība tiek atkārtota vairākas reizes. STR ir vēl viena DNS sadaļa genomā, kas ir organizēta kā atkārtotas vienības, kas sastāv no diviem līdz trīspadsmit nukleotīdiem simts reižu. Galvenā atšķirība starp VNTR un STR ir nukleotīdu skaits atkārtotā secībā. VNTR atkārtojošās vienības sastāv no 10 līdz 100 nukleotīdiem, savukārt STR atkārtotās vienības sastāv no 2 līdz 13 nukleotīdiem. VNTR un STR tiek plaši izmantoti tiesu medicīnas pētījumos.
Kas ir VNTR?
Tandēma atkārtojums ir īsa DNS secība, kas atkārtojas no galvas līdz astei noteiktā hromosomu lokusā. Tandēma atkārtojumā nav citas secības vai nukleotīda. Genomā ir vairāki tandēma atkārtojumu veidi. VNTR ir tandēma atkārtojuma veids, kurā ir atkārtotas vienības, kas sastāv no 10 līdz 100 nukleotīdiem. VNTR ir minisatelīta veids. Šos tandēma atkārtojumus var atrast daudzās hromosomās. Tie ir mijas cilvēka genomā un atrodas galvenokārt hromosomu subtelomēriskajos reģionos.
VNTR parāda tandēma atkārtotu polimorfismu starp indivīdiem. VNTR garums noteiktā hromosomas vietā ir ļoti mainīgs starp indivīdiem, jo šajā DNS sadaļā ir sakārtots atkārtojošo vienību skaits. Tāpēc VNTR var izmantot kā spēcīgu personu identificēšanas rīku, un VNTR analīze tiek izmantota daudzās jomās, tostarp ģenētikā, bioloģijas pētniecībā, tiesu ekspertīzē un DNS pirkstu nospiedumu noņemšanā. VNTR bija pirmie ģenētiskie marķieri, ko izmantoja, lai kvantitatīvi noteiktu kaulu smadzeņu transplantācijas transplantāciju. VNTR bija arī pirmie polimorfie marķieri, ko izmantoja DNS profilēšanā kriminālistikā.
Attēls 01: VNTR variācijas sešām personām
VNTR analīze tiek veikta, izmantojot restrikcijas fragmenta garuma polimorfismu, kam seko dienvidu hibridizācija. Tāpēc tam ir nepieciešams salīdzinoši liels DNS paraugs. Problēmas rada arī VNTR profila interpretācija. Šo ierobežojumu dēļ VNTR izmantošana tiesu medicīnas ģenētikā ir ierobežota, un tā ir aizstāta ar STR analīzi.
Kas ir STR?
STR ir ļoti atkārtojoša DNS sadaļa, kas sastāv no divām līdz trīspadsmit atkārtojošām nukleotīdu vienībām, kas sakārtotas tandēmā. STR ir līdzīgs VNTR. Bet tas atšķiras no VNTR no nukleotīdu skaita atkārtotā secībā un atkārtojumu skaita. STR ir mikrosatelīta veids.
STR analīze, kas saistīta ar precīza atkārtojošo vienību skaita mērīšanu. STR ir ļoti mainīgs starp indivīdiem, līdzīgi kā VNT. STR profili dažādiem cilvēkiem atšķiras. Tāpēc STR analīzi izmanto molekulārajā bioloģijā, lai salīdzinātu konkrētus DNS lokusus no diviem vai vairākiem paraugiem. Tāpēc STR tiek uzskatīti par spēcīgiem ģenētiskiem marķieriem molekulārajā bioloģijā. Tas ir lielisks rīks indivīdu identificēšanai to augstās polimorfisma pakāpes un salīdzinoši īsā garuma dēļ.
Šobrīd STR ir kriminālistikas ģenētikā visbiežāk izmantotais analizētais ģenētiskā polimorfisma rīks. Lielākā daļa tiesu ekspertīžu lietu ietver STR polimorfo analīzi. STR loki ir izplatīti visā genomā. Hromosomās atrodas tūkstošiem STR, ko var izmantot tiesu ekspertīzē. STR analīze neietver ierobežojuma garuma polimorfismu, piemēram, VNTR analīzi. STR analīze nesagriež DNS ar restrikcijas enzīmiem. Tiek izmantotas īpašas zondes, lai pievienotu vēlamos DNS reģionus, un, izmantojot PCR metodi, nosaka STR garumus.
Attēls 02: STR variācijas starp paraugiem
Kādas ir līdzības starp VNTR un STR?
- VNTR un STR ir nekodējoša DNS.
- Abi ir tandēma atkārtojumi.
- Abām personām ir polimorfisms DNS sekcijas garuma atšķirības dēļ.
- Abus izmanto kā spēcīgus ģenētiskos marķierus DNS pirkstu nospiedumos un tiesu medicīnas pētījumos.
Kāda ir atšķirība starp VNTR un STR?
VNTR pret STR |
|
| VNTR ir nekodējoša atkārtota DNS, kurai ir īsa nukleotīdu secība, kas atkārtojas tandēmā. | STR ir ļoti atkārtojoša DNS sadaļa, kas sastāv no divām līdz trīspadsmit atkārtojošām nukleotīdu vienībām, kas sakārtotas tandēmā. |
| Izmērs | |
| VNTR ir lielāki par STR. | STR ir mazāki par VNTR. |
| Nukleotīdu skaits atkārtojošā secībā | |
| VNTR atkārtojošā vienība sastāv no 10 līdz 100 nukleotīdiem. | STR atkārtotā vienība sastāv no 2 līdz 13 nukleotīdiem. |
Kopsavilkums - VNTR pret STR
VNTR un STR ir divi spēcīgi ģenētiskie marķieri, ko izmanto molekulārajā bioloģijā, īpaši tiesu medicīnas ģenētikas jomā. VNTR ir minisatelīta veids, un STR ir mikrosatelīts. VNTR un STR ir nekodējoša DNS, kas ļoti atkārtojas. Tie ir tandēma atkārtojumi. VNTR un STR vispārējā struktūra ir vienāda. Tomēr nukleotīdu skaits atkārtotajā secībā un garums ir atšķirīgs. VNTR atkārtojas sekvences, kas sastāv no 10 līdz 100 nukleotīdiem. STR ir atkārtotas sekvences, kas sastāv no 2 līdz 13 nukleotīdiem. Šī ir atšķirība starp VNTR un STR.
Lejupielādēt PDF versiju VNTR vs STR
Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistē, kā norādīts citēšanas piezīmēs. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit Atšķirība starp VNTR un STR.
