Galvenā atšķirība starp ITS1 un ITS2 ir tāda, ka ITS1 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 18S un 5.8S rRNS gēniem eikariotos, savukārt ITS2 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 5.8S un 28S rRNS gēniem eikariotos.
Iekšējais transkribētais starpliks (ITS) ir starplikas DNS, kas parasti atrodas starp mazas ribosomu RNS apakšvienības un lielas apakšvienības ribosomu RNS gēniem hromosomā vai policistroniskās rRNS prekursora transkripta molekulā attiecīgajā transkribētajā reģionā. Baktērijās un arhejās starp 16S un 23S rRNS gēniem ir tikai viens ITS. Bet eikariotos ir divas ITS starplikas DNS: ITS1 (starp 18S un 5.8S rRNS gēni) un ITS2 (starp 5.8S un 28S rRNS). Tāpēc ITS1 un ITS2 ir divas DNS starplikas, kas atrodamas starp rRNS gēniem eikariotos.
Kas ir ITS1?
ITS1 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 18S un 5.8S rRNS gēniem eikariotos. ITS attiecas uz nefunkcionālas starplikas DNS gabalu, kas atrodas starp rRNS gēniem. ITS1 ir lielāka garuma variācija nekā ITS2. ITS1 garuma variācija ir aptuveni (200-300 bp). ITS marķieri, piemēram, ITS1, ir pierādījuši savu efektivitāti, lai noskaidrotu filoģenētiskās attiecības starp dažādiem taksoniem. Turklāt ITS1 starplikas DNS ir mazāk konservēta nekā ITS2 starplikas DNS. ITS1 struktūras tiek saglabātas tikai daudz mazākās taksonomiskajās vienībās. Katrs eikariotu ribosomu klasteris satur arī reģionus, ko sauc par ārējiem transkribētajiem starplikām (5' un 3' ETS).
Attēls 01: ITS1 reģions
ITS1 starplikas DNS ir ļoti tuvu 5' ārējam transkribētajam starplikam (5' ETS). Turklāt, ja kāds vēlas pastiprināt ITS1 reģionu filoģenētisko attiecību pētījumiem, viņam šim nolūkam ir jāizmanto īpašs primer pāris (reversie un tiešās primerus). Lai pastiprinātu ITS1 reģionu, laboratoriju PCR protokolos parasti izmanto divus primeru komplektus. Tie ir ITS1 uz priekšu un ITS2 atpakaļgaita vai ITS1 uz priekšu un ITS4 atpakaļgaitā.
Kas ir ITS2?
ITS2 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 5.8S un 28S rRNS gēniem eikariotos. ITS2 reģionam ir īsāka garuma variācija nekā ITS1 reģionam. ITS2 garuma variācija ir aptuveni (180-240 bp). Tomēr ITS2 reģions daudzās taksonomiskajās vienībās ir vairāk saglabāts nekā ITS1 reģions. Tas nosaka, ka visām ITS2 sekvencēm ir kopīgs sekundārās struktūras kodols. Turklāt 40% ITS2 reģiona ir saglabāti starp visiem segsēkļiem, savukārt 50% ITS2 reģiona ir iespējams izlīdzināt ģimenes un augstākā līmenī.
2. attēls: ITS2 reģions
Neatkarīgi no saglabāšanas apjoma, ITS2 reģiona izmantošana ir arī ļoti populāra, piemēram, ITS1 reģions filoģenētisko attiecību pētījumos, īpaši sēnīšu DNS svītrkodēšanā. Lai pastiprinātu ITS2 reģionu, laboratoriju PCR protokolos parasti izmanto īpašu praimeru komplektu. Tas ir ITS1 uz priekšu un ITS4 reverss. Bet, kad PCR protokols izmanto šo primeru komplektu, tas arī pastiprina ITS1 reģionu kopā ar ITS2 reģionu. Turklāt ITS2 starplikas DNS ir ļoti tuvu 3' ārējam transkribētajam starplikam (3' ETS).
Līdzība starp ITS1 un ITS2
- ITS1 un ITS2 ir divas starplikas DNS, kas atrodas starp rRNS gēniem.
- Tie ir tikai eikariotos.
- Abus var pastiprināt, izmantojot īpašus primeru pārus.
- Tie abi tiek izgriezti rRNS nobriešanas laikā kā nefunkcionāli blakusprodukti.
- Abas ir ļoti svarīgas filoģenētisko attiecību pētījumos, īpaši sēnīšu DNS svītrkodēšanā.
Atšķirība starp ITS1 un ITS2
ITS1 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 18S un 5.8S rRNS gēniem eikariotos, savukārt ITS2 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 5.8S un 28S rRNS gēniem eikariotos. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp ITS1 un ITS2. Turklāt ITS1 ir lielākas garuma atšķirības salīdzinājumā ar ITS2. No otras puses, ITS2 ir īsāka garuma variācija salīdzinājumā ar ITS1. Šī ir vēl viena atšķirība starp ITS1 un ITS2.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir norādītas atšķirības starp ITS1 un ITS2, lai veiktu salīdzināšanu.
Kopsavilkums - ITS1 pret ITS2
Iekšējais transkribētais reģions (ITS) ir nefunkcionāls starplikas DNS gabals, kas atrodas starp rRNS gēniem. Baktērijās un arhejās ir tikai viens ITS reģions. Bet eikariotos ir divi ITS reģioni: ITS1 un ITS2. ITS1 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 18S un 5.8S rRNS gēniem eikariotos, savukārt ITS2 ir starplikas DNS, kas atrodas starp 5.8S un 28S rRNS gēniem eikariotos. Tādējādi šis ir kopsavilkums par atšķirību starp ITS1 un ITS2.
