Galvenā atšķirība starp CDS un ORF ir tā, ka CDS ir tā faktiskā gēna nukleotīdu secība, kas pārvēršas proteīnā, savukārt ORF ir DNS sekvences posms, kas sākas ar translācijas iniciācijas vietu (sākuma kodonu) un beidzas ar tulkošanas beigu vietne (stop kodons).
Gēnam ir kodēšanas secība (CDS). Tas sastāv no kopējiem gēna eksoniem un sākuma kodona un stopkodona. Tā ir faktiskā gēna daļa, kas tulko un ražo proteīnu. Atvērtais lasīšanas rāmis jeb ORF ir nukleotīdu secība, kas atrodas starp sākuma kodonu un stopkodonu. ORF iekšpusē nav stopkodona, kas pārtrauc ģenētisko kodu, kas pārvēršas proteīnā. Prokariotos gēna CDS un ORF ir vienādi.
Kas ir CDS?
CDS jeb kodējošā secība ir gēna daļa, kas faktiski pārvēršas proteīnā. Tas sastāv no eksoniem un diviem kodoniem, kas pazīstami kā AUG kodons un stopkodons. CDS nesatur divus netulkotus reģionus: 5' UTR un 3 UTR. Turklāt introni nav iekļauti CDS.
Attēls 01: Kodēšanas secība
Salīdzinot ar visu indivīda genomu, kodēšanas sekvences ir neliela daļa. Kodēšanas secība sastāv no nepieciešamās nukleotīdu secības, lai izveidotu proteīna aminoskābju secību. Tāpēc CDS ir koncentrēti eksoni, kurus var sadalīt nukleotīdu tripletos vai kodonos. Kodoni rada aminoskābes.
Kas ir ORF?
Atvērtais lasīšanas rāmis jeb ORF ir nepārtraukts nukleotīdu secības posms, kas sākas ar sākuma kodonu un beidzas ar beigu kodonu. Vienkāršiem vārdiem sakot, ORF attiecas uz nukleotīdu sekvences reģionu, kas atrodas starp sākuma un beigu kodoniem. Starplaikos nav stopkodona, kas pārtrauc ORF. Nukleotīdu secība starp sākuma un beigu kodonu kodē aminoskābes. Parasti sākuma kodons ir ATG, bet stopkodoni ir TAG, TAA un TGA. ORF nodrošina funkcionālu proteīnu, kad tiek transkribēts un tulkots. Tādējādi ORF ietver sākuma kodonu, vairākus kodonus vidējā reģionā un stopkodonu. Interesanti, ka ORF garums ir dalīts ar trīs.
Attēls 02: Atvērt lasīšanas ietvaru
Prokariotos, jo nav intronu, ORF ir gēna kodējošā secība, kas transkribējas tieši mRNS. Tāpēc CDS un PRF prokariotos ir vienādi. Meklējot gēnus prokariotos, ir viegli noteikt ORF un atrast gēnu prokariotos. Tā kā eikariotos ir introni, ORF ir kodonu secība, kas veidojas pēc apstrādes vai RNS savienošanas. ORF ir pierādījums, kas palīdz prognozēt gēnu, ja vien ORF, iespējams, ir gēna daļa.
Kādas ir līdzības starp CDS un ORF?
- Prokariotos CDS un ORF ir vienādi.
- Abiem ir sākuma kodons un beigu kodons.
- Tiem ir vairāki nukleotīdi, kurus var dalīt ar trīs.
- Kad tie tiek tulkoti, tie rada aminoskābju sekvences.
Kāda ir atšķirība starp CDS un ORF?
CDS ir faktiskā gēna daļa, kas pārvēršas proteīnā, savukārt ORF ir DNS posms starp sākuma kodonu un stopkodonu. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp CDS un ORF. Turklāt CDS nesatur intronus, bet ORF var saturēt intronus. CDS pilnībā transkribējas pilnā mRNS secībā, savukārt ORF var būt daļa no mRNS sekvences. Tādējādi šī ir vēl viena atšķirība starp CDS un ORF.
Zem infografikas tabulas blakus ir norādītas atšķirības starp CDS un ORF.
Kopsavilkums - CDS pret ORF
CDS un ORF ir divas svarīgas gēna daļas. CDS attiecas uz faktisko DNS reģionu, kas pārvēršas proteīnā. ORF ir DNS secība, kas sākas ar sākuma kodonu “ATG” un beidzas ar jebkuru no trim beigu kodoniem (TAA, TAG vai TGA). ORF var būt daļa no gēna pilnīgas mRNS. Tomēr gēna kodējošā secība tiek pārrakstīta līdz pilnīgai mRNS secībai. Visi CDS ir ORF. Bet ne visi ORF ir CDS. Tādējādi šeit ir apkopota atšķirība starp CDS un ORF.
