Galvenā atšķirība starp molekulāro fiksāciju un vērtēšanu ir tāda, ka dokošana ir metode, ko izmanto, lai noteiktu saistīšanās afinitāti starp divām molekulām, turpretim punktu noteikšana ir process, kurā tiek novērtēta konkrēta poza, saskaitot labvēlīgo starpmolekulāro mijiedarbību skaitu.
Molekulārās modelēšanas jomā tiek lietoti termini molekulārā doka un vērtēšana. Molekulārā modelēšana ir metode, ko izmanto, lai noteiktu dažādu molekulu iespējamo izvietojumu noteiktā vielā. Šis paņēmiens ir svarīgs jaunu stabilu savienojumu radīšanā.
Kas ir molekulārā dokstacija?
Molekulārā dokstacija ir skaitļošanas simulācija par ligandu kandidāta saistīšanos ar receptoru. Šī metode paredz vienas molekulas vēlamo orientāciju uz citu molekulu, kad tās ir saistītas viena ar otru, veidojot stabilu kompleksu. Ar šo metodi iegūtos rezultātus var izmantot, lai prognozētu asociācijas stiprumu vai saistīšanās afinitāti starp divām molekulām. Šeit svarīga ir arī molekulārā vērtēšanas funkcija.
Attēls 01: Vienkārša diagramma, kurā parādīts molekulārās mijiedarbības process bioloģiskajās sistēmās
Parasti šī metode ņem vērā bioloģiski nozīmīgas molekulas, piemēram, olb altumvielas, peptīdus, nukleīnskābes, ogļhidrātus un lipīdus. Šīs molekulas ir ļoti svarīgas, un tām ir svarīga loma mūsu ķermeņa signālu pārraides mehānismos. Tāpēc divu molekulu orientācija, kas saistīsies šim signāla pārvades procesam, ietekmē šeit radītā signāla veidu. Tas nozīmē; molekulārā dokstacija ir svarīga, lai noteiktu signāla stiprumu un veidu, kas rodas signāla pārraides laikā bioloģiskajās sistēmās.
Turklāt molekulārās dokstacijas metodes ir svarīgas uz struktūru balstītu zāļu izstrādē. Tas ir saistīts ar tā paredzamību attiecībā uz mazu molekulu, piemēram, ligandu, saistīšanās konformāciju piemērotai saistīšanās vietai.
Kas ir molekulārā vērtēšana?
Molekulārā vērtēšana ir matemātiskas funkcijas veids, kas ir noderīgs, lai novērtētu molekulārās dokstacijas progresu. Skaitļošanas ķīmijas jomā vērtēšanas funkcijas tiek izmantotas, lai prognozētu saistīšanās afinitāti starp divām molekulām pēc dokošanas procesa. Piemēram, ja mums ir maza daļiņu zāļu molekula un ir bioloģisks mērķis, piemēram, proteīns, mēs varam novērtēt zāļu afinitāti pret saistīšanās vietu. Turklāt molekulāro punktu skaitu var izmantot, lai prognozētu starpmolekulāro mijiedarbību starp diviem proteīniem vai starp proteīnu un DNS molekulām.
Attēls 02: Vērtēšanas funkcija īsumā
Molekulārās vērtēšanas galvenais pielietojums ir zāļu izstrādes procesos, piemēram, virtuālajā skrīningā, de novo projektēšanā, potenciālo pirkumu optimizēšanā utt.
Kāda ir atšķirība starp molekulāro dokstaciju un punktu skaitīšanu?
Molekulārajā modelēšanā svarīga ir molekulārā dokošana un vērtēšana. Galvenā atšķirība starp molekulāro dokstaciju un vērtēšanu ir tā, ka dokošana ir paņēmiens, ko izmanto, lai noteiktu saistīšanās afinitāti starp divām molekulām, turpretim punktu noteikšana ir process, kurā tiek novērtēta konkrēta poza, saskaitot labvēlīgo starpmolekulāro mijiedarbību skaitu.
Šajā infografikā ir apkopota atšķirība starp molekulāro dokstaciju un vērtēšanu.
Kopsavilkums - molekulārā dokstacija pret punktu skaitīšanu
Molekulārajā modelēšanā svarīga ir molekulārā dokošana un vērtēšana. Galvenā atšķirība starp molekulāro dokstaciju un vērtēšanu ir tā, ka dokošana ir paņēmiens, ko izmanto, lai noteiktu saistīšanās afinitāti starp divām molekulām, turpretim punktu noteikšana ir process, kurā tiek novērtēta konkrēta poza, saskaitot labvēlīgo starpmolekulāro mijiedarbību skaitu.
