Galvenā atšķirība starp QTL un GWAS ir atkarīga no analīzē izmantoto secību veida. QTL izmanto sasaistes gēnu lokusus, lai analizētu ar poligēnu iedzimtību saistītās fenotipiskās pazīmes, savukārt GWAS izmanto visas genoma sekvences, lai analizētu konkrēta stāvokļa viena nukleotīda polimorfismus.
QTL kartēm un GWAS ir svarīga loma dažādu pazīmju ģenētiskajā analīzē. Turklāt tie ir svarīgi, lai analizētu dažādus slimības stāvokļus ar nezināmu etioloģiju. Turklāt secības noteikšanai ir galvenā loma abās tehnikās. Šīs metodes var papildus apvienot ar citām augstas caurlaidspējas metodēm, lai palielinātu precizitāti un precizitāti.
Kas ir QTL?
QTL apzīmē kvantitatīvo iezīmju lokusu. Tas ir DNS reģions, kas saistīts ar fenotipisku iezīmi. Parasti QTL izraisa poligēnus efektus. QTL sadalījums ir atšķirīgs, un QTL skaits liecina par konkrētas fenotipiskās pazīmes variācijas pakāpi. Turklāt tie parasti kodē nepārtrauktas pamatiezīmes, nevis atsevišķas iezīmes.
Identificējot QTL reģionus, ir svarīgi sakārtot noteiktu QTL apgabalu. Turklāt, lai atvieglotu izmeklēšanu un izpēti, kopējo QTL reģionu secību datu sekvencēšana un uzglabāšana notiek, iesaistot bioinformātiku. Mēs šo paņēmienu saucam par QTL kartēšanu. Pēc tam tiek izveidota datubāze ar QTL reģiona sekvencēm.
Attēls 01: QTL skenēšana
Turklāt QTL secību lietojumi galvenokārt balstās uz BLAST rīku, kurā var noteikt secību līdzību. Tas ir svarīgi, lai secinātu attiecības starp organismiem. Turklāt tas ir svarīgi, lai noteiktu konkrēta poligēna fenotipa sarežģītību. Tas arī nosaka konkrētas pazīmes attīstību.
Pašlaik QTL analīze tiek apvienota ar citām augstas veiktspējas metodēm, piemēram, DNS mikromasīviem. Tas ir svarīgi fenotipa izteiksmes analīzē. Pašlaik zinātnieki ir ļoti ieinteresēti QTL datu bāzes izstrādē, jo QTL reģioni ir atbildīgi par daudzām svarīgām dažādu sugu pazīmēm.
Kas ir GWAS?
GWAS apzīmē Genome Wide Association Study. Tas attiecas arī uz visa genoma asociācijas pētījumiem. Šie pētījumi galvenokārt koncentrējas uz novērošanas pētījumiem. Tas analizē dažādu indivīdu ģenētiskos variantus, kas parasti saistīti ar noteiktu pazīmi. Turklāt viss genoms ir svarīgs GWAS analīzei.
2. attēls: GWAS
GWAS ir svarīgs instruments, lai analizētu viena nukleotīda polimorfismus, kas saistīti ar dažādām slimībām. Tas ir arī salīdzinošs pētījums par dažādiem viena nukleotīda polimorfismiem plašā populācijā. Turklāt GWAS pētījuma izlase ir ļoti augsta; tāpēc tas tiek izmantots arī šķērsgriezuma kohortas pētījuma formātā.
Turklāt pirmais GWAS pētījums tika veikts attiecībā uz miokarda infarktu un ar miokarda infarktu saistīto gēnu analīzi. Pašlaik GWAS ir svarīga loma sarežģītu slimību ar nezināmu etioloģiju ģenētiskā fona noteikšanā.
Kādas ir līdzības starp QTL un GWAS?
- Analīzē viņi paļaujas uz DNS sekvenču datiem.
- Abas ir saistītas ar dažādu raksturu ģenētisko izcelsmi.
- Turklāt tiem ir nepieciešami bioinformātikas rīki, lai secinātu un interpretētu rezultātus.
- Tie tiek veikti lielām populācijām.
Kāda ir atšķirība starp QTL un GWAS?
QTL analizē ar poligēnu pārmantošanu saistītās fenotipiskās pazīmes, izmantojot saistītus gēnu lokusus, savukārt GWAS analizē konkrēta stāvokļa viena nukleotīda polimorfismus, izmantojot visas genoma sekvences. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp QTL un GWAS. QTL kartēšana ir salīdzinoši mazāk sarežģīta metode nekā GWAS, jo tai ir nepieciešama visa genoma sekvencēšana.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir apkopota atšķirība starp QTL un GWAS.
Kopsavilkums - QTL pret GWAS
QTL kartēšanai un GWAS ir liela nozīme dažādu fenotipisko pazīmju ģenētiskā fona noteikšanā. Tie palīdz arī analizēt dažādu slimību ģenētisko fonu. QTL kartēšana kartē saiknes gēnus, kas ir atbildīgi par nepārtrauktām iezīmēm, un ietver arī poligēno mantojuma gēnu kartēšanu. No otras puses, GWAS notiek ar visa genoma analīzi, lai noteiktu viena nukleotīda polimorfismus. Turklāt tas notiek lielākam iedzīvotāju skaitam. Tādējādi šis ir QTL un GWAS atšķirības kopsavilkums.
