Galvenā atšķirība starp FISH un CGH ir tāda, ka FISH ir molekulāra metode, kas nosaka specifisku DNS secību hromosomā, izmantojot fluorescējoši iezīmētas zondes, savukārt CGH ir cita molekulārā citoģenētiskā metode, kas nosaka genoma DNS izmaiņas.
Citoģenētiskajai analīzei ir svarīga loma medicīnā, atklājot hromosomu anomālijas, piemēram, aneuploidijas, svītrojumus, dublēšanos un pārkārtošanos utt. Hromosomu anomālijas galu galā noved pie ģenētiskām slimībām, piemēram, vēzis, neauglība, Dauna sindroms, Klinefeltera sindroms, Tērnera sindroms, leikēmija uc Ir dažādas molekulārās citoģenētiskās metodes, lai atklātu iepriekš minētos defektus un slimības. Starp tiem FISH (fluorescējoša in situ hibridizācija) un CGH (salīdzinošā genoma hibridizācija) ir divas spēcīgas hibridizācijas metodes. Tomēr abām metodēm ir plusi un mīnusi.
Kas ir FISH?
FISH ir nukleīnskābju hibridizācijas paņēmiens, ko veic audu daļai vai daļai visā audā vai šūnās. Tā ir uz zondi balstīta metode. Metode ir atkarīga no Vatsona Krika komplementāro bāzu savienošanas teorijas, kā rezultātā tiek iegūti vai nu DNS – DNS hibrīdi, vai DNS – RNS hibrīdi, kas tādējādi var noteikt mutācijas gēnus vai identificēt interesējošo gēnu. Turklāt šajā paņēmienā tiek izmantotas vienpavedienu DNS sekvences, divpavedienu DNS sekvences, vienpavedienu RNS sekvences vai sintētisks oligonukleotīds, kas sagatavots, izmantojot nick translāciju kā zondes, kas ir komplementāras interesējošo gēnu sekvencēm. Turklāt šīs tehnikas vissvarīgākā iezīme ir zondu marķēšana ar fluorescences krāsvielām. Tādējādi zondes saistās ar hromosomas komplementārajām daļām un atvieglo noteikšanu.
Turklāt FISH ir ļoti jutīga un specifiska metode. Tādējādi tā ir izplatīta metode ļaundabīgo hematoloģisko audzēju un cieto audzēju izpētē un diagnostikā. Taču FISH rāda zemu izšķirtspēju. Lai izstrādātu zondes secības, ir nepieciešamas arī iepriekšējas zināšanas par mērķa anomāliju.
Attēls 01: ZIVIS
Ir daudz FISH pielietojumu, galvenokārt infekcijas slimību molekulārajā diagnostikā, lai identificētu patogēnu klātbūtni un apstiprinātu patogēnu, izmantojot molekulāro diagnostiku. Turklāt FISH ir plaši izmantota tehnika attīstības bioloģijas, kariotipizēšanas un filoģenētiskās analīzes un hromosomu fiziskās kartēšanas jomās.
Kas ir CGH?
Salīdzinošā genoma hibridizācija (CGH) ir vēl viena uz DNS balstīta molekulārā citoģenētiskā metode, kas var noteikt genoma DNS sekvenču izmaiņas. Metode ir uzlabota metode, kas var analizēt hromosomu un gēnu modifikācijas, lai noteiktu izmaiņas vai izmaiņas genoma DNS sekvencēs. Turklāt CGH prasa DNS izolāciju un fragmentēšanu no eksperimentālā parauga un atsauces parauga. Pēc tam paraugi jāmarķē, izmantojot divas dažādas fluorescējošas krāsvielas (parasti sarkano un zaļo). Vēlāk abus paraugus sajauc un ļauj veikt konkurētspējīgu hibridizāciju. Pēdējais solis ir paraugu analīze, lai noteiktu DNS izmaiņas, piemēram, gēnu dublēšanos, gēnu zudumu utt. Jo īpaši tā mēra DNS kopiju skaita atšķirības starp testa paraugu un kontroles paraugu.
2. attēls: CGH
Tagad ir pieejama cita CGH versija; tā ir progresīvāka metode nekā parastā CGH. Tā ir metode, ko sauc par masīvu balstītu CGH vai aCGH. aCGH ļauj precīzi identificēt gēnu vai secību dzēšanas daudzos tūkstošos sekvenču vienā eksperimentā.
Kādas ir līdzības starp FISH un CGH?
- FISH un CGH ir divas molekulārās metodes.
- Gan FISH, gan CGH ir atkarīgas no nukleīnskābju hibridizācijas.
- Tāpat abām metodēm ir vajadzīgas izstrādātas zondes, lai noteiktu konkrētus DNS mērķus.
- Mēs tos izmantojam ģenētisko slimību pirmsdzemdību un pēcdzemdību diagnostikai.
- Turklāt gan FISH, gan CGH ir ļoti spēcīgi rīki genoma izmaiņu pētīšanai.
- Zondes marķēšanai izmanto fluorescējošas krāsvielas.
Kāda ir atšķirība starp FISH un CGH?
FISH ir in situ hibridizācijas procedūra, kurā tiek izmantotas fluorescējošas zondes, lai noteiktu specifiskas DNS sekvences, savukārt CGH ir molekulārās hibridizācijas tehnika, kas nosaka genoma DNS sekvenču izmaiņas. Tātad šī ir galvenā atšķirība starp FISH un CGH.
Turklāt FISH prasa iepriekšējas zināšanas par mērķa anomāliju, lai izstrādātu zondes sekvences, savukārt CGH neprasa priekšzināšanas. Vēl viena atšķirība starp FISH un CGH ir tā, ka FISH parāda ierobežotu izšķirtspēju, bet aCGH parāda augstu izšķirtspēju.
Tālāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp FISH un CGH.
Kopsavilkums - FISH pret CGH
FISH un CGH ir divas molekulārās citoģenētiskās metodes, kas atvieglo interesējošo gēnu secību noteikšanu. FISH atvieglo specifiskas DNS sekvences noteikšanu hromosomā, izmantojot fluorescējoši marķētas zondes, savukārt CGH atvieglo genoma DNS izmaiņu noteikšanu. Tātad šī ir galvenā atšķirība starp FISH un CGH.
