Galvenā atšķirība starp CGH un masīva CGH ir tāda, ka CGH ir tradicionāla molekulārā citoģenētiskā metode, lai analizētu kopiju skaita izmaiņas DNS testa paraugā ar zemāku izšķirtspēju, savukārt masīva CGH ir pilnībā automatizēta molekulārā citoģenētiskā metode analizējot kopiju skaita izmaiņas DNS testa paraugā ar augstāku izšķirtspēju.
CGH un masīva CGH ir divi paņēmieni kopiju skaita variāciju noteikšanai indivīdos. Kopiju skaita variācijas attiecas uz atkārtotām genoma sadaļām. Eksemplāru skaits dažādām personām ir atšķirīgs. Kopiju numuru variācijas parasti tiek iedalītas divās grupās: īsie atkārtojumi un garie atkārtojumi. Viens no vispazīstamākajiem īsu kopiju skaita variāciju piemēriem ir CAG trinukleotīda atkārtošanās huntingtīna gēnā. Tas izraisa neiroloģisku traucējumu, ko sauc par huntingtīnu. Labākais piemērs ilgstošai kopiju skaita variācijai ir alfa amilāzes gēns, kas izraisa insulīna rezistenci. Kopiju skaita izmaiņas var noteikt, izmantojot tādas metodes kā FISH, CGH un masīvu CGH.
Kas ir CGH?
CGH ir tradicionāla molekulārā citoģenētiskā metode testa parauga DNS kopiju skaita variāciju analīzei salīdzinājumā ar atsauces paraugu. Tam ir zemāka izšķirtspēja salīdzinājumā ar automatizētām metodēm. Šīs metodes mērķis ir ātri un efektīvi salīdzināt divus genoma DNS paraugus, kas iegūti no dažādiem avotiem.
Attēls 01: CGH
Procedūra ietver DNS izolēšanu no diviem avotiem: testa un atsauces. Tad nākamais solis ir neatkarīga testa un atsauces DNS paraugu marķēšana ar dažādu krāsu fluoroforiem. Vēlāk abi DNS paraugi tika denaturēti, lai iegūtu vienpavediena DNS paraugus. Visbeidzot, tika veikta divu iegūto DNS paraugu hibridizācija 1: 1 attiecībā pret normālu hromosomu metafāzes izplatību. Hromosomu atšķirības starp diviem avotiem var noteikt, izmantojot fluorescences mikroskopu un datora programmatūru. Turklāt CGH tehnika spēj noteikt tikai nesabalansētas hromosomu anomālijas.
Kas ir Array CGH?
Array CGH ir pilnībā automatizēta molekulārā citoģenētiskā metode, lai analizētu kopiju skaita izmaiņas testa parauga DNS, salīdzinot ar atsauces paraugu. Tam ir augstāka izšķirtspēja, un tas tika izstrādāts, lai samazinātu tradicionālās CGH ierobežojumus. Array CGH apvieno CGH principus ar mikromasīvu izmantošanu. Tā vietā, lai izmantotu metafāzes hromosomas, šī metode kā mērķi izmanto priekšmetstikliņus, kas ir sakārtoti ar maziem DNS segmentiem. Šīs mikromasīvas tika izgatavotas, nogulsnējot un imobilizējot nelielu daudzumu DNS (zondes) uz cieta stikla atbalsta. Zondes izmērs var atšķirties no oligonukleotīda līdz baktēriju mākslīgai hromosomai.
2. attēls: masīvs CGH
Neatkarīgi no zondēm, masīva CGH pamatmetode ir līdzīga CGH. Kad ir sagatavotas zondes, kas satur mikromasīvu, divus DNS paraugus (testa un atsauces), kas marķēti ar dažādu krāsu fluoroforiem, sajauc kopā un pievieno mikromasīvam. Tā kā paraugos esošā DNS denaturācijas dēļ ir vienpavedienu, šī DNS hibridizējas ar kārtotām vienpavedienu zondēm. Izmantojot digitālo attēlveidošanas sistēmu, ir iespējams noteikt hromosomu atšķirības starp diviem avotiem.
Kādas ir līdzības starp CGH un Array CGH?
- CGH un masīva CGH ir divi paņēmieni kopiju skaita variāciju noteikšanai.
- Tās ir molekulārās citoģenētiskās metodes.
- Abas metodes diagnosticē nesabalansētas hromosomu anomālijas.
- Fluorofori ir iesaistīti abās metodēs.
- Abas metodes var izmantot, lai noteiktu ģenētiskus traucējumus kopiju skaita variāciju dēļ.
- Tos plaši izmanto salīdzinošajā genoma analīzē.
Kāda ir atšķirība starp CGH un Array CGH?
CGH ir tradicionāla molekulārā citoģenētiskā metode testa parauga DNS kopiju skaita variāciju analīzei ar zemāku izšķirtspēju, savukārt masīvs CGH ir pilnībā automatizēta molekulārā citoģenētiskā metode testa parauga DNS kopiju skaita variāciju analīzei. kam ir augstāka izšķirtspēja. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp CGH un masīva CGH. Turklāt CGH testa un atsauces DNS paraugi hibridizējas ar normālu hromosomu metafāzes izplatību, bet masīva CGH testa un atsauces DNS paraugi hibridizējas ar imobilizētām DNS zondēm, kas satur mikromasīvu.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir norādītas atšķirības starp CGH un masīva CGH, lai veiktu salīdzinājumu.
Kopsavilkums - CGH pret masīvu CGH
CGH un masīva CGH ir divas molekulārās citoģenētiskās metodes, lai noteiktu nelīdzsvarotas hromosomu anomālijas. Tos plaši izmanto salīdzinošajā genoma analīzē. CGH ir tradicionāla molekulārā citoģenētiskā metode, lai analizētu kopiju skaita izmaiņas DNS testa paraugā ar zemāku izšķirtspēju. Turpretim masīva CGH ir pilnībā automatizēta molekulārā citoģenētiskā metode, lai analizētu kopiju skaita izmaiņas DNS testa paraugā ar augstāku izšķirtspēju. Tādējādi šeit ir apkopota atšķirība starp CGH un masīvu CGH.
