Galvenā atšķirība - proteomika vs transkriptomika
Omic tehnoloģija ir aktuāla tendence, kurā dažādas organisma biomolekulas tiek aplūkotas kā vesela kolekcija, ņemot vērā to īpašības un funkcijas. Omic tehnoloģijai ir plašs lietojumu klāsts. Bioloģiskā parauga dažādā omika ietver genomiku, proteomiku, transkriptomiku un metabolomiku. Proteomika ietver pilnīgu visu dzīvā organisma olb altumvielu izpēti. To definē kā visu organismā izteikto proteīnu kopumu, tā strukturālās un funkcionālās īpašības. Tādējādi pilns olb altumvielu komplekts veido proteomu. Transkriptomika ir pilnīgs visu dzīvā organismā esošo kurjerRNS (mRNS) molekulu izpēte. Tādējādi transkriptomika nodarbojas ar gēniem, kas aktīvi izpaužas dzīvā organismā. Kopējais mRNS komplekts dzīvā organismā tiek saukts par transkriptu. Galvenā atšķirība starp proteomiku un transkriptomiku ir balstīta uz biomolekulas veidu. Proteomikā tiek pētīts dzīvā organismā ekspresēto proteīnu kopums, savukārt transkriptomikā tiek pētīta dzīva organisma kopējā mRNS.
Kas ir proteomika?
Termins proteomika tika ieviests 1995. gadā un sākotnēji tika definēts kā kopējais olb altumvielu komplements šūnā, audos vai organismā. Līdz ar proteomikas pētījumu progresu tas tika pārveidots, lai to uzskatītu par jumta terminu, kurā tika iekļautas daudzas studiju jomas. Šobrīd tēmas proteomika ietvaros tiek pētīta proteīnu struktūra, orientācija, funkcijas, to mijiedarbība, modifikācijas, pielietojumi un nozīme. Tāpēc šobrīd proteomikas jomā tiek veikti daudzi pētījumi.
Pirmie proteomiskie pētījumi tika veikti, lai noteiktu olb altumvielu saturu Escherichia coli. Kopējā olb altumvielu satura kartēšana tika veikta, izmantojot divdimensiju (2D) gēlus. Pēc tam, kad tas bija veiksmīgs, zinātnieki sāka raksturot kopējo olb altumvielu saturu dzīvniekiem, piemēram, jūrascūciņām un pelēm. Pašlaik cilvēka olb altumvielu kartēšana tiek veikta, izmantojot 2D gēla elektroforēzi.
Proteomikas pielietojumi
Proteomikas pētīšanai ir daudz priekšrocību, jo olb altumvielas ir galvenās aktivitātes vadošās molekulas proteīnu katalizatora īpašību dēļ. Tādējādi veselu olb altumvielu izpēte var sniegt informāciju par organisma veselības stāvokli. Dažas lietojumprogrammas ir:
- Genoma anotācija: pētot olb altumvielu saturu organismā, var noteikt precīzus genomus, kas ir atbildīgi par aktīvo proteīna savienojumu. Šajā scenārijā visas genomikas rezultāti, transkriptomika un proteomika ir svarīgas.
- Slimības identificēšana / Diagnostika: Proteomika tiek izmantota slimības stāvokļa identificēšanā, salīdzinot veselos un slimos
- Lai veiktu eksperimenta laikā pētīto proteīnu ekspresiju.
- Proteīnu modifikācijas un mijiedarbības pētījumi: lai izmantotu olb altumvielas in vitro vai un in vivo apstākļos, lai noteiktu šo ekstrahēto proteīnu uzglabāšanas apstākļus un pētītu proteīna uzvedību in vitro, in vivo un in vitro – silico metodes.
Attēls 01: Proteomika
Proteomikā ir iesaistītas dažādas metodes
- Kopējā proteīna ekstrakcija un proteīnu atdalīšana, izmantojot 2D gēla elektroforēzi. Olb altumvielas var arī atdalīt, izmantojot augstas veiktspējas šķidruma hromatogrāfiju (HPLC).
- Ekstrahēto proteīnu sekvencēšana, izmantojot tādas metodes kā Edmunda sekvencēšanas metode vai masas spektrometrija.
- Kad secības ir identificētas, proteīna satura strukturālās un funkcionālās īpašības tiek analizētas, izmantojot datorizētu programmatūru un bioinformātikas rīkus.
Kas ir transkriptomika?
Transkripta termins tika ieviests nesen. Transkriptomika ir organisma kopējā mRNS satura izpēte. Kopējā mRNS ir dzīvā organismā vai šūnā ekspresētā DNS. Pilna mRNS kolekcija tiek saukta par transkriptu.
Soļi ceļā uz transkripta analīzi ietver:
- RNS ekstrakcija, mRNS atdalīšana, izmantojot kolonnas gēla hromatogrāfiju ar poli DT lodītēm.
- MRNS sekvencēšana ir pabeigta.
Microarray tehnoloģija ir viens no izplatītākajiem veidiem, kā identificēt organisma transkriptu. Mikromasīva tehnika ietver zondes plāksni ar papildu transkripta pavedieniem. Pēc hibridizācijas var raksturot mRNS, kas atrodas organismā vai šūnās.
2. attēls: transkriptomiskās metodes
Transkriptomika tagad tiek plaši izmantota medicīnas jomā. Slimību diagnostika un slimību profilēšana ir galvenās jomas, kurās tiek izmantota transkriptomika. Analizējot organisma transkriptu, var identificēt svešu mRNS, un, ja ir infekcijas, to var identificēt. Nekodējošo RNS var atdalīt, izmantojot transkriptomiskās tehnoloģijas. Un arī var uzraudzīt gēnu ekspresiju dažādos vides spriedzes apstākļos.
Kādas ir proteomikas un transkriptomikas līdzības?
- Abas ir daļa no omikas tehnoloģijas koncepcijas.
- Abus izmanto slimību diagnostikā un organisma slimību raksturošanā.
- Abas pētījumu jomas ietvēra biomolekulas ekstrakciju, biomolekulas atdalīšanu un sekvencēšanas posmus.
Kāda ir atšķirība starp proteomiku un transkriptomiku?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomika ietver pilnīgu visu dzīvā organisma proteīnu izpēti. | Transkriptomika ir pilnīgs visu dzīvā organismā esošo RNS (mRNS) vēstnešu molekulu pētījums. |
| Pētīts biomolekulas veids | |
| Proteīni tiek pētīti proteomikā. | mRNS tiek pētītas transkriptomikā. |
| Izpētītie faktori | |
| Proteomikā tiek pētīta proteīnu struktūra, funkcija, mijiedarbība, modifikācijas un pielietojumi. | Secības struktūra, mijiedarbība ar vidi un mRNS pielietojumi tiek pētīti transkriptomikā. |
Kopsavilkums - proteomika pret transkriptomiku
Omikai ir svarīga loma dzīvības zinātņu jomā. Proteomika attiecas uz proteomu izpēti, kas veido pilnīgas olb altumvielu kolekcijas šūnā vai organismā. Transkriptomika attiecas uz transkripta izpēti, kas ir pilns izteiktas DNS komplekts, kas ir mRNS formā. Abas pētījumu jomas, proteomika un transkriptomika, tika iegūtas pēc genomikas ieviešanas un pašlaik tiek plaši izmantotas medicīniskajā diagnostikā un organismu raksturošanā un skrīningā. Šī ir atšķirība starp proteomiku un transkriptomiku.
Lejupielādēt PDF failu Proteomics vs Transcriptomics
Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistē saskaņā ar atsauces piezīmi. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit: Atšķirība starp proteomiku un transkriptomiku
