Galvenā atšķirība - Exome pret transkriptu
Gēns satur kodējošus un nekodējošus reģionus. Kodējošās sekvences ir pazīstamas kā eksoni, un nekodējošās sekvences ir pazīstamas kā introni. Gēnu eksonu nukleotīdu secība atspoguļo gēna ģenētisko kodu, lai sintezētu konkrēto proteīnu. Tādējādi mRNS molekulā paliek eksoni. Genoma kopējais eksona reģions ir pazīstams kā eksoms, un tā ir svarīga genoma daļa. Gēnu ģenētiskais kods tiek pārveidots par mRNS molekulas ģenētisko kodu, kas nepieciešams proteīna ražošanai. Visas mRNS molekulas, kas vienlaikus tiek transkribētas šūnā vai šūnu populācijā, ir pazīstamas kā transkripts. Galvenā atšķirība starp eksomu un transkriptu ir tāda, ka eksoms attēlo genoma eksonu reģionu sekvences, savukārt transkripts attēlo kopējo šūnas vai audu mRNS noteiktā laikā.
Kas ir Exome?
Gēnus veido eksoni, introni un regulējošās sekvences. Eksoni ir gēnu reģioni, kas transkripcijas laikā tiek pārrakstīti mRNS secībā. Introni un citi nekodējošie reģioni tiek noņemti transkripcijas laikā. Eksonu nukleotīdu secība nosaka gēna ģenētisko kodu, kas sintezē specifisko proteīnu, ko tas kodē. Proteīna mRNS paliek tikai eksoni. Eksonu kolekcija genomā ir pazīstama kā organisma eksoms. Tā ir daļa no genoma, kas ir izteikta gēnos. Cilvēkiem eksome veido 1% no genoma. Tā ir cilvēka genoma proteīnu kodējošā daļa.
01. attēls: Exome
Kas ir Transcriptome?
Transkripts ir visu proteīnus kodējošo un nekodējošo transkriptu (RNS) kopums noteiktā audā. Transkripts attēlo kopējo mRNS molekulu kopumu, ko ekspresē gēni šūnā vai audos. Šūnas transkriptu var mainīt ar cita veida šūnu transkriptu. Arī transkripts ir dinamisks – tas laika gaitā mainās, reaģējot gan uz iekšējiem, gan ārējiem stimuliem. Pat tajos pašos audos vai vienā un tajā pašā šūnu tipā transkripts var mainīties pēc dažām minūtēm.
Transkripts atšķiras no organisma eksomas. Transkripts ietver tikai izteiktās eksomu sekvences. Lai gan šūnas eksoms paliek nemainīgs, transkripts šūnās atšķiras, jo gēnu ekspresija nav vienāda visām šūnām vai audiem. Tikai būtiskie gēni tiek ekspresēti dažādās šūnās un audos. Gēnu ekspresija ir audu vai šūnu tipam specifisks process. To regulē dažādi faktori, tostarp vides faktori. Tāpēc transkripts var atšķirties atkarībā no ārējiem vides apstākļiem.
Transkripts tiek izmantots kā proteomikas pētījumu priekštecis. Visi proteīni ir iegūti no mRNS sekvencēm. Translācijas modifikācijas var izraisīt izmaiņas olb altumvielās. Tomēr transkripts sniedz svarīgu pamatinformāciju proteomiskiem pētījumiem.
2. attēls. Embrionālo cilmes šūnu transkripts
Kāda ir atšķirība starp Exome un Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome ir proteīnus kodējošo gēnu reģionu kolekcija. | Transkripts ir visas transkribētās RNS, tostarp mRNS, kolekcija. |
| Paraugs | |
| Eksome tiek pētīta, izmantojot DNS paraugu. | Transkripts tiek pētīts, izmantojot RNS paraugu. |
| Pētīšanas metode | |
| Visa eksoma sekvencēšana ir eksoma izpētes metode. | RNS sekvencēšana ir transkripta izpētes metode. |
Kopsavilkums - Exome vs Transcriptome
Eksoni ir gēnu kodējošās sekvences un nosaka proteīnu mRNS sekvences. Šo kodējošo secību (eksonu) kolekcija ir pazīstama kā organisma eksoms. Pirms olb altumvielu iegūšanas gēni tiek pārrakstīti mRNS molekulās. Kopējās šūnas vai audu mRNS molekulas jebkurā laikā ir pazīstamas kā transkripts. Transkripts apzīmē gēnus, kas jebkurā laikā tiek aktīvi ekspresēti mRNS. Transkripts ir specifisks šūnām un audiem un ietekmē vides apstākļus. Šī ir atšķirība starp eksomu un transkriptu.
