Galvenā atšķirība - Exome vs RNS sekvencēšana
Nukleīnskābes sekvencēšana ir metode, kas nosaka nukleotīdu secību noteiktā organisma DNS vai RNS fragmentā. Sekvencēšana ir svarīga, lai identificētu šūnas DNS un RNS uzbūvi un atšķirtu noteiktus gēnus, kas kodē funkcionālās olb altumvielas; tādējādi sekvencēšanu var izmantot, lai izprastu šo gēnu mutācijas un gēnu izpausmes. Sangera sekvencēšanas metode vai progresīvākas nākamās paaudzes sekvencēšanas metodes ir parasti izmantotās sekvencēšanas metodes. Eksomu sekvencēšana ir visa eksonu vai kodējošo DNS reģionu komplekta sekvencēšana, kas atrodas organismā, turpretim RNS sekvencēšana ir ribonukleīnskābju (RNS) sekvencēšanas procedūra. Šī ir galvenā atšķirība starp eksome un RNS sekvencēšanu.
Kas ir Exome sekvencēšana?
Exome ir genoma apakškopa, kas sastāv no konkrēta organisma kodējošiem gēniem. Kodējošos gēnus sauc par eksoniem un transkribē mRNS un pēc tam pārvērš aminoskābju sekvencēs. Pēctranskripcijas modifikāciju laikā RNS splicēšanas mehānisms eikariotos noņem intronus (nekodējošos reģionus), un eksoni paliek. Ir divi galvenie paņēmieni, ar kuriem tiek veikta eksomu sekvencēšana: pamatojoties uz risinājumu un uz masīvu.
Uz šķīdumu balstītā eksomu sekvencēšanā DNS paraugi tiek fragmentēti, izmantojot restrikcijas enzīmus vai mehānisku metodi, un denaturēti ar karstumu. Šajā tehnikā tiek izmantotas biotinilētas oligonukleotīdu zondes (ēsmas), lai selektīvi hibridizētos ar mērķa reģioniem genomā. Siešanas posmam tiek izmantotas magnētiskās streptavidīna krelles. Saistīšanai seko mazgāšanas posms, kurā tiek nomazgātas nesaistītās un nemērķētās secības. Saistītie mērķi pēc tam tiek pastiprināti, izmantojot polimerāzes ķēdes reakciju (PCR), un pēc tam tiek sekvencēti, izmantojot Sangera sekvencēšanas vai nākamās paaudzes sekvencēšanas metodes.
01. attēls: eksomu sekvencēšana
Metode, kas balstīta uz masīvu, ir līdzīga metodei, kas balstīta uz šķīdumu, izņemot to, ka DNS fragmenti tiek uztverti mikromasīvā, un pēc tam seko saistīšanas un mazgāšanas darbības pirms sekvencēšanas.
Eksomu sekvencēšana tiek izmantota daudzos lietojumos, piemēram, slimību ģenētiskajā diagnostikā, gēnu terapijā, jaunu ģenētisko marķieru identificēšanā, lauksaimniecībā, lai identificētu dažādas labvēlīgas agronomiskas pazīmes un augu selekcijas procedūrās.
Kas ir RNS sekvencēšana?
RNS sekvencēšanas pamatā ir transkripts, kas ir pilnīgi šūnas transkripti. RNS sekvencēšanas galvenie mērķi ir kataloģizēt visas transkripta sugas, tostarp mRNS, nekodējošās RNS un mazās RNS, lai noteiktu gēnu transkripcijas struktūru un kvantitatīvi noteiktu katra transkripta ekspresijas līmeņus izstrādes laikā. RNS sekvencēšanas laikā sekvencēšanai sākotnēji tika izmantotas hibridizācijas tehnoloģijas (kas bija komplementāra DNS, kas iegūta no nobriedušām mRNS sekvencēm). Pašlaik RNS sekvencēšanai tiek izmantota precīzāka un uzlabota caurlaides tehnika.
2. attēls: RNS sekvencēšana
RNS sekvencēšanā RNS paraugs, kas var būt kopējā RNS vai frakcionēta RNS, tiek pārveidots par komplementāro DNS (cDNS), izmantojot reverso transkripciju, un tiek sagatavota cDNS bibliotēka. Katrs cDNS fragments ir pievienots adapteriem abās pusēs (pāra gala sekvencēšana) vai vienā pusē (viena gala sekvencēšana). Šīs atzīmētās sekvences tiek sekvencētas, izmantojot Sangera sekvencēšanu vai nākamās paaudzes secību, piemēram, eksomu sekvencēšanu.
Kādas ir līdzības starp Exome un RNS sekvencēšanu?
- Īsi atlasītos fragmentus vai visu DNS/RNS komplektu var izmantot Exome vai RNS sekvencēšanai.
- Secīgi fragmenti tiek saglabāti bibliotēkās.
- Var izmantot Sanger sekvencēšanu vai nākamās paaudzes secību.
- Abas ir in vitro sekvencēšanas metodes.
- Sekvencētos fragmentus var noteikt ar fluorescējošiem tagiem.
Kāda ir atšķirība starp Exome un RNS sekvencēšanu?
Exome vs RNS sekvencēšana |
|
| Eksomu sekvencēšana ir vesela eksonu vai kodējošo DNS reģionu komplekta sekvencēšana, kas atrodas organismā. | RNS sekvencēšana attiecas uz ribonukleīnskābju (RNS) sekvencēšanas procedūru; atšifrējums. |
| Sākuma paraugs | |
| Genomiskā DNS ir eksomu sekvencēšanas sākuma paraugs. | RNS ir RNS sekvencēšanas sākuma paraugs. |
| Sastāvs | |
| Tas satur tikai kopējās DNS kodējošos reģionus, kas pazīstami kā eksoni | Tas satur RNS-mRNS/transkriptu. |
| Secība | |
| Ir divas galvenās eksomu secības noteikšanas metodes; uz risinājumiem un uz masīviem balstītas tehnoloģijas. | RNS sekvencēšana tiek veikta, sagatavojot cDNS bibliotēku, ekstrahējot kopējo RNS vai fragmentēto RNS. |
Kopsavilkums - Exome vs RNS sekvencēšana
Exome ir pilns organisma kodēšanas reģionu komplekts, un metodes, kas saistītas ar precīzas Exome nukleotīdu secības noteikšanu, ir pazīstamas kā eksomu sekvencēšana. RNS sekvencēšana ir paņēmiens, kas iesaistīts organisma RNS nukleotīdu secības noteikšanā. Šī ir atšķirība starp eksomu un RNS sekvencēšanu.
Lejupielādēt PDF versiju Exome vs RNS sekvencēšana
Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistē saskaņā ar atsauces piezīmi. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit Atšķirība starp Exome un RNS sekvencēšanu
