Galvenā atšķirība starp agarozi un poliakrilamīda gēla elektroforēzi ir tāda, ka agarozes gēla elektroforēzē izmanto horizontāli izlietus agarozes gelus, lai atdalītu salīdzinoši lielākus DNS fragmentus, savukārt poliakrilamīda gēla elektroforēzē izmanto vertikāli ielietus poliakrilamīda gēla gelus, lai atdalītu īsākus nukleīnskābes fragmentus.
Elektroforēze ir tehnikas veids, kurā tiek izmantots elektriskais lauks, kas tiek pielietots gēla matricai, lai atdalītu biomolekulas, piemēram, DNS, RNS un olb altumvielas. Šī biomolekulu, piemēram, DNS, RNS un olb altumvielu atdalīšana ar elektroforēzes palīdzību ir balstīta uz lādiņu un izmēru. Paraugus ievieto gēla iedobēs. Vēlāk elektriskais lauks tiek pielietots pāri gēlam. Lauks liek negatīvi lādētām molekulām virzīties uz pozitīvo elektrodu. Gēla matrica darbojas kā molekulārais siets, caur kuru mazākās molekulas iziet vai ātri pārvietojas, bet lielākās molekulas pārvietojas lēni. Tas ļauj atdalīt molekulas, pamatojoties uz lādiņu un izmēru. Tāpēc agarozes un poliakrilamīda gēla elektroforēze ir divu veidu gēla elektroforēzes metodes, kas galvenokārt palīdz atdalīt molekulas, pamatojoties uz to izmēru un lādiņu.
Kas ir agarozes gēla elektroforēze?
Agarozes gēla elektroforēze ir metode, kurā izmanto agarozes želejas, lai atdalītu biomolekulas, piemēram, DNS un RNS. Tā ir metode, ko izmanto nukleīnskābju atdalīšanai galvenokārt pēc lieluma. Galvenais savienojums, ko sauc par agarozi, ko izmanto šajā tehnikā, ir polisaharīds. Tas nāk no jūraszālēm. Agarozi var izšķīdināt verdošā buferšķīdumā un pēc tam ieliet paplātē, kas tiek turēta horizontāli. Paplātē tas sacietē, kad tas atdziest, veidojot plāksni. Agarozes gēlus ielej ar ķemmi, lai izveidotu iedobes, kurās tiek ievietotas nukleīnskābes, piemēram, DNS vai RNS, kad gēls ir sacietējis.
Attēls 01: Agarozes gela elektroforēze
Gelu vēlāk iegremdē atbilstošā buferšķīdumā, un gēlam tiek pievadīta strāva. DNS ir vienmērīgs negatīvs lādiņš, kas nav atkarīgs no molekulas secības sastāva. Tāpēc DNS molekulas migrēs no katoda (-) uz anodu (+). Migrācijas ātrums ir tieši atkarīgs no molekulas lieluma. Visgrūtāk ir pārvietoties pa gēlu lielākajām makromolekulām. No otras puses, mazākās makromolekulas ātri un diezgan viegli izslīd cauri želejai.
Kas ir poliakrilamīda gēla elektroforēze?
Poliakrilamīda gēla elektroforēze (PAGE) ir metode, kurā biomolekulu atdalīšanai izmanto poliakrilamīda gēlus. Tas ir paņēmiens, ko plaši izmanto, lai atdalītu bioloģiskās makromolekulas, parasti olb altumvielas un nukleīnskābes, atkarībā no to elektroforētiskās mobilitātes. Akrilnitrila hidratācijas rezultātā ar nitrila hidratāzi veidojas akrilamīda molekulas. Akrilamīds šķīst ūdenī, un, pievienojot brīvo radikāļu iniciatorus, akrilamīds polimerizējas, kā rezultātā veidojas poliakrilamīda gēls. Parasti paaugstinātas akrilamīda koncentrācijas rezultātā samazinās poru izmērs gēlā. Atšķirībā no agarozes gēliem poliakrilamīda gēlus lej vertikāli.
2. attēls: poliakrilamīda gēla elektroforēze
Poliakrilamīda gēla elektroforēzē molekulas var darboties to sākotnējā stāvoklī, saglabājot molekulu augstākās kārtas struktūru. Šo metodi sauc par vietējo PAGE. Alternatīvi, var pievienot arī ķīmisku denaturantu, lai noņemtu augstākas kārtas struktūru un pārvērstu molekulu par nestrukturētu molekulu, kuras mobilitāte ir atkarīga tikai no tās garuma. Šo veidu sauc par SDS-PAGE.
Kādas ir agarozes un poliakrilamīda gēla elektroforēzes līdzības?
- Agarozes un poliakrilamīda gēla elektroforēze ir divu veidu gēla elektroforēzes metodes.
- Patiesībā tās ir molekulāri bioloģiskas metodes.
- Abas metodes tiek izmantotas, lai noteiktu bioloģiskas makromolekulas, piemēram, DNS un proteīnus.
- Šīs metodes veic kvalificēti tehniķi vai pētnieki.
- Abos paņēmienos makromolekulu atdalīšanas pamatā ir lādiņš un izmērs.
- Abas metodes ļauj atdalīt nukleīnskābes, piemēram, DNS un RNS.
Kāda ir atšķirība starp agarozi un poliakrilamīda gēla elektroforēzi?
Agarozes gēla elektroforēze ir paņēmiens, kurā biomolekulu atdalīšanai izmanto horizontāli ielietus agarozes gelus, savukārt poliakrilamīda gēla elektroforēze ir metode, kurā biomolekulu atdalīšanai izmanto vertikāli izlietus poliakrilamīda gēlus. Šī ir galvenā atšķirība starp agarozi un poliakrilamīda gēla elektroforēzi. Turklāt agarozes gēla elektroforēzi izmanto DNS un RNS atdalīšanai, savukārt poliakrilamīda gēla elektroforēzi izmanto nukleīnskābju, piemēram, DNS, RNS vai proteīnu, atdalīšanai.
Šajā tabulā ir apkopota atšķirība starp agarozi un poliakrilamīda gēla elektroforēzi.
Kopsavilkums - agarozes un poliakrilamīda gēla elektroforēze
Agarozes un poliakrilamīda gēla elektroforēze ir divu veidu gēla elektroforēzes metodes, ko izmanto molekulārās bioloģijas laboratorijās. Agarozes gēla elektroforēzē biomolekulu atdalīšanai izmanto agarozes želeju. Agaroze parasti nav toksiska cilvēkiem, savukārt poliakrilamīds ir toksisks cilvēkiem. Turklāt agarozes gēla elektroforēze uzrāda zemu izšķirtspēju, savukārt poliakrilamīda gēla elektroforēze uzrāda lielāku izšķirtspēju. Poliakrilamīda gēla elektroforēze izmanto poliakrilamīda gēlu, lai atdalītu biomolekulas. Šeit ir apkopota atšķirība starp agarozi un poliakrilamīda gēla elektroforēzi
