Galvenā atšķirība - baktēriju transpozāzes pret retrovīrusu integrāzēm
Transportējamais ģenētiskais materiāls ir attīstījies ar divām galvenajām stratēģijām, lai pārvietotos no viena reģiona uz nākamo reģionu genomu iekšienē un starp tiem. Viena metode ir izspiest caur RNS molekulu pirms DNS molekulas veidošanās, bet otrs ceļš ietver DNS starpproduktus. Šāda transponējama ģenētiskā materiāla piemēri ir transpozāzes un vīrusu integrāzes. Baktēriju transpozāzes saistās ar transpozonu beigām un atvieglo transposonu kustības katalīzi uz citu genoma daļu, izmantojot dažādus mehānismus. Retrovīrusu integrāzes ir fermenti, kas palīdz integrēt retrovīrusu, piemēram, HIV, ģenētisko materiālu inficētās saimniekšūnas ģenētiskajā materiālā (DNS). Šī ir galvenā atšķirība starp baktēriju transpozāzēm un retrovīrusu integrāzēm.
Kas ir baktēriju transpozāzes?
Transpozāzi var definēt kā enzīmu, kas saistīts ar transpozonu beigām, kas atvieglo transpozona kustības katalīzi uz citu genoma daļu, izmantojot dažādus mehānismus. Šādi mehānismi ietver “izgriešanas un ielīmēšanas mehānismu” un “replikācijas transponēšanas mehānismu”. Transpozāze vispirms tika ieviesta, klonējot fermentu, kas nepieciešams Tn3 transpozona transponēšanai. Transponējamie ģenētiskie elementi ir izmantojuši divas svarīgas stratēģijas pārvietošanai starp genomiem vai no vienas vietas uz citu. RNS transportēšana caur starpproduktu pirms DNS kopijas sintēzes ir viena stratēģija, bet otra ir saistīta tikai ar DNS starpproduktiem. Rekombinācijas reakcijas, kas ir iesaistītas abu elementu integrācijā, notiek elementam specifisku enzīmu dēļ. Tādējādi DNS elementu gadījumā šie enzīmi ir pazīstami kā transpozāzes, savukārt RNS elementu gadījumā tos sauc par integrāzēm.
Salīdzinot atšķirības starp abām transponēšanas stratēģijām, šķiet, ka ievietošanas process ķīmiski ir identisks. Taču jaunākie pierādījumi liecina, ka noteiktas integrācijas mehānisma līdzības ir redzamas aminoskābju sekvenču reģionos, kas veido aktīvo vietu; DDE motīvs. Pašlaik tiek klasificētas piecas transponāžu ģimenes, taču ģimeņu skaits vēl jāpalielinās ar jaunām transponēšanas rakstzīmēm. Saimes ietver DDE transpozāzi, tirozīna (Y) transpozāzi, serīna (S) transpozāzi, ritošā apļa transpozāzi, reversās transkriptāzes/endonukleāzes (RT/En) utt. Šīs ģimenes izmanto unikālus katalītiskos mehānismus DNS sadalīšanai un savienošanai. DDE transpozāze ir iesaistīta sākotnējā transposona izgriešanas un ielīmēšanas mehānismā, un tajā ir trīs konservētu aminoskābju komplekti, proti; aspartāts (D), aspartāts (D) un glutamāts (E). Tirozīna transpozāzes ir iesaistītas arī izgriešanas un ielīmēšanas mehānismā, izmantojot tirozīna atlikumus, kas ir specifiski vietai.
01. attēls: baktēriju transpozīcijas
Serīna transpozāzes ietver apļveida DNS starpproduktu un veic izgriešanas un ielīmēšanas mehānismu tāpat kā iepriekš minētajās ģimenēs. Ritošā apļa transpozāze ir iesaistīta kopēšanas mehānismā, kur viena virkne tiek tieši kopēta mērķa vietā, izmantojot DNS replikāciju. Tas nodrošina, ka veidnes virknei un kopētajai daļai ir jauna sintezēta daļa. Reversās transkriptāzes/endonukleāzes transpozāzei ir dažādi transponēšanas mehānismi.
Kas ir retrovīrusu integrāzes?
Retrovīrusu integrāzes kontekstā to uzskata par retrovīrusu enzīmu, kas palīdz integrēt retrovīrusu, piemēram, HIV, ģenētisko materiālu inficētās šūnas ģenētiskajā materiālā (DNS). Šīs retrovīrusu integrāzes visbiežāk tiek sajauktas ar fāgu integrāzēm. Fāgu integrāžu piemēri ir λ fāgu integrāze. Bet tie ir pilnīgi atšķirīgi fermenti, un tos nevajadzētu sajaukt. Attiecībā uz retrovīrusu pirmsintegrācijas kompleksa veidošanos, retrovīrusu integrāzei ir liela nozīme. Retrovīrusu integrāzes proteīni parasti sastāv no trim (03) kanoniskiem domēniem. Šie domēni ir savienoti ar elastīgiem saitītājiem.
Trīs domēni ietver N termināla cinku saistošo domēnu, kurā ir savienoti un stabilizēti trīs spirālveida saišķi, koordinējot ar Zn2+ katjonu, RNāzes H kroku. katalītiskā kodola domēns un C termināla DNS saistošais domēns, kas ir SH3 kroka. Izpētot un izmantojot bioķīmisko un strukturālo informāciju, tas liecina, ka retrovīrusu integrāze spēj darboties kā dimēru dimērs (tetramērs). Multimerizācijas un vīrusa DNS saistīšanās kontekstā visi trīs retrovīrusu integrāzes proteīna domēni. Retrovīrusu integrāzes galvenā funkcija ir ievietot tās ģenētisko materiālu saimnieka DNS. Šis solis ir vissvarīgākais HIV vīrusa replikācijas solis. Pēc veiksmīgas integrācijas tas būs šūnas hromosomu DNS visu atlikušo mūža laiku.
2. attēls: retrovīrusu integrāzes
Tāpēc pēc integrācijas šūnai nav atdeves. Šīs retrovīrusu integrāzes ir saistītas ar divu galveno reakciju katalizēšanu, tostarp 3' gala apstrādi un kovalento ligāciju.3' gala apstrādes laikā tiek noņemti 2-3 nukleotīdi no abiem vīrusa DNS 3' galiem, lai atklātu vīrusa DNS 3' galu CA dinukleotīdus, un kovalentās ligācijas laikā apstrādātie 3' gali. vīrusa DNS ir kovalenti ligēts saimnieka hromosomu DNS.
Kāda ir baktēriju transpozāžu un retrovīrusu integrāžu līdzība?
Gan baktēriju transpozāzēm, gan retrovīrusu integrāzēm ir līdzīgas aminoskābju secības
Kāda ir atšķirība starp baktēriju transposāzēm un retrovīrusu integrāzēm?
Baktēriju transpozāzes pret retrovīrusu integrācijām |
|
| Baktēriju transpozāze ir enzīms, kas saistīts ar transpozonu galu, vienlaikus ar dažādu mehānismu palīdzību atvieglojot transpozonu kustības katalīzi uz citu genoma daļu. | Retrovīrusu integrāzes tiek uzskatītas par retrovīrusu enzīmu, kas palīdz integrēt retrovīrusu, piemēram, HIV, ģenētisko materiālu inficētās šūnas ģenētiskajā materiālā (DNS). |
| Saistošie reģioni | |
| Baktēriju transpozāzēm ir nepieciešami īpaši specifiski saistīšanās reģioni. | Saistīšanai nepieciešama mazāka nukleotīdu secība vai tā nav nepieciešama. |
Kopsavilkums - baktēriju transpozāzes pret retrovīrusu integrāzēm
Baktēriju transpozāzes tiek uzskatītas par retrovīrusu enzīmu, kas palīdz integrēt retrovīrusu, piemēram, HIV, ģenētisko materiālu inficētās šūnas ģenētiskajā materiālā (DNS). Transponējamie ģenētiskie elementi ir izmantojuši divas svarīgas stratēģijas pārvietošanai starp genomiem vai no vienas vietas uz citu. Pašlaik tiek klasificētas piecas transponāžu ģimenes, taču ģimeņu skaits vēl jāpalielinās ar jaunām transponēšanas rakstzīmēm. Retrovīrusu integrāze tiek uzskatīta par retrovīrusu enzīmu, kas palīdz integrēt retrovīrusu, piemēram, HIV, ģenētisko materiālu inficētās šūnas ģenētiskajā materiālā (DNS). Retrovīrusu integrāzes proteīni parasti sastāv no trim (03) kanoniskiem domēniem. Retrovīrusu integrāzes galvenā funkcija ir ievietot tās ģenētisko materiālu saimnieka DNS. Šis solis ir vissvarīgākais HIV vīrusa replikācijas solis. Tāpēc pēc integrācijas šūnai nav atdeves. Šī ir atšķirība starp baktēriju transposāzēm un retrovīrusu integrāzi.
Lejupielādēt PDF failu par baktēriju transpozāzēm un retrovīrusu integrācijām
Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistē saskaņā ar atsauces piezīmi. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit: Baktēriju transpozāžu un retrovīrusu integrāžu atšķirība
