Galvenā atšķirība starp līdzību un identitāti secību saskaņošanā ir tāda, ka līdzība ir divu secību līdzība (līdzība) salīdzinājumā, savukārt identitāte ir rakstzīmju skaits, kas precīzi sakrīt starp divām dažādām sekvencēm.
Bioinformātika ir starpdisciplināra zinātnes nozare, kas galvenokārt ietver molekulāro bioloģiju un ģenētiku, datorzinātnes, matemātiku un statistiku. Secību saskaņošana ir galvenais termins bioinformātikā. Tā ir procedūra, kurā DNS, RNS vai proteīna sekvences tiek sakārtotas, lai identificētu līdzības reģionus, kas ir sekvenču funkcionālo, strukturālo vai evolūcijas attiecību sekas. Izlīdzināšanas beigās tie tiks parādīti kā rindas matricā. Lai saskaņotu identiskās rakstzīmes secīgās kolonnās, starp atlikumiem ir ievietotas atstarpes.
Kas ir līdzība?
Sekvences saskaņošanas līdzība ir divu secību līdzība, salīdzinot. Šis fakts ir atkarīgs no secību identitātes. Līdzība parāda, cik lielā mērā atliekas ir izlīdzinātas. Tādējādi līdzīgām sekvencēm ir līdzīgas īpašības. Bioinformātikā līdzība ir līdzeklis, lai novērtētu divu proteīnu līdzību.
Attēls 01: līdzība secības līdzināšanā
Sekvences līdzināšanas procesam ir divi galvenie soļi. Sākotnējais solis ir izlīdzināšana pa pāriem, kas palīdz atrast optimālo izlīdzināšanu starp divām sekvencēm (ieskaitot atstarpes), izmantojot tādus algoritmus kā BLAST, FastA un LALIGN. Saskaņošanas algoritms atrod minimālo rediģēšanas darbību skaitu; in-dels un aizstāšanas, lai saskaņotu vienu secību ar otru secību. Pēc salīdzināšanas pa pāriem ir jāiegūst divi kvantitatīvie parametri no katra pāru salīdzinājuma. Tās ir identitāte un līdzība.
Kas ir identitāte?
Identitāte secības līdzināšanā ir rakstzīmju skaits, kas precīzi atbilst divām dažādām sekvencēm. Tādējādi, novērtējot identitāti, nepilnības netiek ņemtas vērā. Tiek uzskatīts, ka mērījums ir saistīts ar īsāko secību starp abām sekvencēm. Tas būtiski nozīmē, ka tam ir ietekme, ja secības identitāte nav pārejoša. Ja X=Y un Y=Z, tad X ne vienmēr ir vienāds ar Z. Tas tiek secināts, ņemot vērā identitātes attāluma mēru.
2. attēls: identitāte secības līdzināšanā
Piemēram, X ir AAGGCTT secība, Y ir AAGGC secība un Z ir AAGGCAT secība. X un Y identitāte ir 100% {5 identiski nukleotīdi/min[garums(X), garums(Y)]}. Identitāte starp Y un Z arī ir 100%. Taču identitāte starp X un Z ir tikai 85% {(6 identiski nukleotīdi / 7)}.
Kādas ir secības līdzības līdzības un identitātes līdzības?
- Gan līdzība, gan identitāte ir divi termini, ko mēs lietojam secības saskaņošanā.
- Tie arī norāda uz abu secību līdzību.
- Turklāt mēs tās izsakām kā procentuālo vērtību.
Kāda ir atšķirība starp līdzību un identitāti secības līdzināšanā?
Līdzinājuma līdzība parāda divu secību līdzību, salīdzinot, savukārt identitāte secības līdzināšanā norāda rakstzīmju skaitu, kas precīzi atbilst divām dažādām sekvencēm. Tāpēc šī ir galvenā atšķirība starp līdzību un identitāti secības izlīdzināšanā.
Kopsavilkums - līdzība pret identitāti secības līdzināšanā
Sekvences saskaņošana palīdz identificēt DNS, RNS vai proteīna līdzības reģionus, kas radušies funkcionālo, strukturālo vai evolūcijas saistību starp sekvencēm. Līdz ar to līdzība un identitāte ir divi galvenie termini secības saskaņošanas kontekstā. Galvenā atšķirība starp šiem diviem terminiem ir tāda, ka līdzība ir divu secību līdzība salīdzinājumā, savukārt identitāte ir rakstzīmju skaits, kas precīzi atbilst divām dažādām sekvencēm. Tādējādi šis ir kopsavilkums par atšķirību starp līdzību un identitāti secības saskaņošanā.
