Galvenā atšķirība starp polisomu profilēšanu un ribosomu profilēšanu ir tāda, ka polisomu profilēšana analizē ribosomu uzvedību, izmantojot gan ribosomu, gan mRNS (polisomu) translācijas laikā, savukārt ribosomu profilēšana analizē ribosomu uzvedību, tikai izmantojot mRNS secību translācijas laikā.
Tulkošana ir proteīnu sintēzes otrā fāze, kas pārvērš informāciju mRNS aminoskābju secībā. Translatomika ir pētījums par ORF (atvērtajiem lasīšanas rāmjiem), kas tiek aktīvi tulkoti organisma šūnā. Polisomu un ribosomu profilēšanas metodes ir divu veidu metodes molekulārās bioloģijas jomā, lai novērtētu un secinātu dažādus parametrus translatoma analīzes kontekstā.
Kas ir polisomu profilēšana?
Polisomu profilēšana ir metode, kas nosaka konkrētas mRNS translācijas statusu, analizējot gan ribosomas, gan mRNS (polisomas) uzvedību. Citiem vārdiem sakot, šī metode sniedz datus un secinājumus par mRNS saistību ar ribosomām. Polisoma attiecas uz ribosomu grupu, kas ir saistīta ar mRNS, kas atrodas translācijas pagarinājuma fāzē.
01. attēls: polisomu profilēšana
Polisomu profilēšanai nepieciešams šūnu lizāts, kas pēc tam tiek centrifugēts. Pēc tam centrifugēto paraugu atdala, pamatojoties uz to blīvumu, lai raksturotu mazās un lielās ribosomu apakšvienības un atbilstošo mRNS, kas iesaistīta polisomas veidošanā. Turklāt process ietver arī optiskā blīvuma mērīšanu. Ekspertiem ir jāveic polisomu profilēšana.
Polysome profilēšanas tehnika ir svarīgs rīks daudzām lietojumprogrammām. Zinātnieki izmanto šo paņēmienu, lai pētītu translācijas pakāpi šūnās. Konkrētāk, tas ir rīks, lai sniegtu precīzu informāciju par atsevišķu proteīnu un to specifisko mRNS izpēti. Konkrētas mRNS translācijas pakāpes izpētes kontekstā polisomu profilēšanas tehnika ir ļoti svarīga. Šeit var izpētīt mRNS 3' un 5' sekvences, atsaucoties uz to ietekmi uz saražotās mRNS daudzumu un translācijas līmeni.
Kas ir ribosomu profilēšana?
Ribosomu profilēšana ir metode, kas analizē ribosomas uzvedību attiecībā pret tās mRNS translācijas laikā. Šo tehniku atrada un izstrādāja Džoana Steica un Merilina Kozaka. Vēlāk šo tehnoloģiju tālāk attīstīja divi zinātnieki Nikolass un Džonatans, apvienojumā ar nākamās paaudzes sekvencēšanu, kā rezultātā tika izstrādātas dažādas saistītas metodes, piemēram, Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) metodoloģija.
2. attēls: Ribosomu sekvencēšana
Ribosomu profilēšanas procedūra ietver mRNS izolēšanu, ar ribosomām nesaistītās RNS noņemšanu un ar ribosomām saistītās mRNS atdalīšanu. Pēc šīs procedūras mRNS izolāts tiek reversi transkribēts, un notiek cDNS sintēze. Visbeidzot, secības datus var saskaņot ar translācijas profilu, lai secinātu ribosomu uzvedības īpašības attiecībā pret mRNS.
Ribosomu profilēšana palīdz daudziem pētniekiem identificēt un secināt translācijas sākuma vietu atrašanās vietu, tulkoto atvērto nolasīšanas rāmju (ORF) papildinājumu šūnā vai audos, ribosomu sadalījumu uz mRNS un ribosomu tulkošana. Ribosomu profilēšana ir pazīstama arī kā ribosomu pēdas nospiedums vai Ribo Seq.
Kādas ir līdzības starp polisomu profilēšanu un ribosomu profilēšanu?
- Polisomu un ribosomu profilēšana ir pētniecībā svarīgas molekulāri bioloģiskas metodes.
- Tie sniedz informāciju par tulkošanas procesu.
- Abi profilēšanas procesi nodrošina datus, analizējot translatomu.
- Lai veiktu abas metodes, lai iegūtu precīzus rezultātus, ir nepieciešami profesionāli eksperti.
- Bioinformātikas rīkiem ir svarīga loma abās tehnikās.
Kāda ir atšķirība starp polisomu profilēšanu un ribosomu profilēšanu?
Polisomu profilēšana analizē ribosomu uzvedību, izmantojot gan ribosomu, gan mRNS (polisomu) translācijas laikā, savukārt ribosomu profilēšana analizē ribosomu uzvedību, tikai izmantojot mRNS secību translācijas laikā. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp polisomu profilēšanu un ribosomu profilēšanu. Turklāt polisomu profilēšana ietver tādas metodes kā blīvuma gradienta centrifugēšana un optiskā blīvuma mērījumi, savukārt ribosomu profilēšana ietver mRNS ekstrakcijas un sekvencēšanas metodes. Turklāt ribosomu profilēšana ir precīzāka nekā polisomu profilēšana.
Tālāk esošajā infografikā tabulas veidā ir parādītas atšķirības starp polisomu un ribosomu profilēšanu, lai tos varētu salīdzināt.
Kopsavilkums - polisomu profilēšana pret ribosomu profilēšanu
Tulkošana ir proteīnu sintēzes otrā fāze, kas ietver informācijas par mRNS secību pārvēršanu aminoskābju secībā. Šim procesam ir nepieciešama mRNS veidne, ribosomas, aminoskābes, tRNS un citi faktori. Polisomu un ribosomu profilēšana ir divas molekulārās metodes. Polisomu profilēšana analizē ribosomu uzvedību, izmantojot gan ribosomu, gan mRNS (polisomu) translācijas laikā, savukārt ribosomu profilēšana analizē ribosomu uzvedību, tikai izmantojot mRNS secību translācijas laikā. Polisomu profilēšana ietver tādas metodes kā blīvuma gradienta centrifugēšana un optiskā blīvuma mērījumi. Ribosomu profilēšana ietver tādas metodes kā mRNS ekstrakcija, cDNS sintēze un sekvencēšana. Tātad, šeit ir apkopota atšķirība starp polisomu profilēšanu un ribosomu profilēšanu.
