Galvenā atšķirība - T4 vs T7 DNS ligāze
DNS ligāze ir svarīgs enzīms, ko izmanto molekulārās bioloģijas metodēs. Tā darbojas kā molekulārā līme, lai savienotu nukleotīdus, veidojot fosfodiestera saites starp nukleotīdiem. Fosfodiestera saites veidojas starp cukura daļas 3’ hidroksilgalu un 5’ gala fosfātu grupu. DNS ligāze ir ļoti svarīga replikācijas procesā, lai pievienotos atpalikušās virknes Okazaki fragmentiem, kā arī DNS remonta mehānismu un in vitro klonēšanas eksperimentu laikā, lai pievienotu vēlamo interesējošo gēnu vektora genomam. Pašlaik molekulārie biologi izmanto divas galvenās DNS ligāzes: T4 un T7 DNS ligāzes. T4 DNS ligāze ir viens no pirmajiem fermentiem, kas tika izolēts no T4 bakteriofāga. T7 DNS ligāze, kas ir mazāks proteīns, ir enzīms, kas izolēts no T7 bakteriofāga. Šī ir galvenā atšķirība starp T4 un T7 DNS ligāzēm.
Kāda ir DNS ligāzes darbība?
DNS ligācija notiek trīspakāpju reakcijā. Pirmais solis ir nukleofīls uzbrukums ATP alfa-fosforam, radot kovalentu enzīma-adenilāta starpproduktu, kurā AMP ir saistīts ar lizīna gala sānu ķēdes slāpekli. Otrajā solī notiek nukleofils uzbrukums enzīma-adenilāta fosforam ar 5'-fosfāta gala DNS substrātu, atbrīvojot lizīnu un veidojot DNS-adenilātu. Pēdējā posmā DNS adenilātu uzbrūk citas DNS virknes 3’-OH, atbrīvojot AMP un savienojoties ar polinukleotīdiem.
Kas ir T4 DNS Ligāze?
T4 Ligāze bija pirmā ligāze, kuru izolēja un identificēja Meselsons, Veigls un Kellenbergers, un tā bija pirmā komerciālā ligāze, ko ražoja. T4 DNS ligāze ir no ATP atkarīgs enzīms, kas katalizē fosfodiestera saites veidošanos. Tā ir viena polipeptīda ķēde ar 487 aminoskābju atlikumiem, un tās molekulmasa ir aptuveni 77 kDa. Optimālais pH tā darbībai ir diapazonā no 7,5 līdz 8.
Attēls 01: T4 DNS ligāze
T4 DNS ligāze, kā norāda tās nosaukums, atrodas bakteriofāgā T4 un tika izolēta, kad fāgs ražoja fermentu pēc inficēšanās ar E. coli. Enzīms saista divpavedienu DNS dupleksus ar neasiem galiem, un saistāmajiem fragmentiem jāatrodas tuvu viens otram.
Kas ir T7 DNS ligāze?
T7 ligāze ir 41 kDa proteīns, ko ražo T7 bakteriofāgs, un to izolē, inficējot E. coli šūnas. T7 ligāzes galvenā funkcija ir ligēt DNS dupleksus caur fosfodiestera saitēm un pievienot tuvējos DNS fragmentus klonēšanas eksperimentu laikā. Optimālais pH T7 DNS ligāzei ir diapazonā no 7,0 līdz 7,2. T7 ligāze ir atkarīga no ATP. T7 DNS ligāzes spēj arī savienot DNS un RNS hibrīdus, izraisot patoloģiskas konformācijas transkripcijas laikā; tomēr šī parādība joprojām tiek pētīta in vitro pētījumos.
Kādas ir līdzības starp T4 un T7 DNS ligāzi?
- T4 un T7 DNS ligāze piedalās ligācijas reakcijā, savienojot DNS dupleksus, veidojot fosfodiestera saiti starp DNS fragmenta 3' OH galu un 5' fosfāta galu.
- Abi fermenti saista neasus galu DNS dupleksus, kas atrodas tuvu viens otram.
- Abi fermenti ir atkarīgi no ATP.
- Šie fermenti tiek izolēti, inficējot E. coli šūnas ar konkrēto bakteriofāgu.
- Abu fermentu lietojumi ietver:
- Molekulārā klonēšana - lai piesaistītu interesējošo gēnu vektoram
- DNS remonts – lai labotu divpavediena nišas
- DNS replikācija in vitro
- Ligāzes ķēdes reakcija
Kāda ir atšķirība starp T4 un T7 DNS ligāzi?
T4 pret T7 DNS ligāzi |
|
| T4 DNS ligāzes tips DNS ligāze, kas izolēta no bakteriofāga T4 un ir iesaistīta blakus esošo DNS fragmentu ligēšanā, veidojot fosfodiestera saiti. | T7 DNS ligāzes tips DNS ligāze, kas izolēta no bakteriofāga T7 un ir iesaistīta blakus esošo DNS fragmentu ligēšanā, veidojot fosfodiestera saiti. |
| Proteīna lielums | |
| T4 DNS ligāzes izmērs ir 77 kDa - lielāks, salīdzinot ar T7 DNS ligāzi. | T7 DNS ligāzes izmērs ir 41 kDa. |
| Optimālais pH | |
| pH diapazons, kurā darbojas T4 DNS ligāze, ir 7,5–8,0. | pH diapazons, kurā darbojas T7 DNS ligāze, ir 7,0–7,2. |
Kopsavilkums - T4 vs T7 DNS ligāze
DNS ligāzes ir svarīga enzīmu klase, kas iesaistīta molekulārajā klonēšanā, lai iegūtu rekombinantās DNS molekulas, kas satur interesējošo gēnu. Ligācijas reakcija ir enerģijas izmantošanas reakcija, un tiek veikti jauni pētījumi, lai uzlabotu precizitāti, modulējot pieejamās ligāzes. T4 un T7 DNS ligāzes ir divu veidu svarīgi DNS ligāzes enzīmi, ko izmanto molekulāri bioloģiskajās tehnikās. T7 DNS ligāze ir arī rezultāts pētījumiem, kuru pamatā bija primārā ligāze, kas izolēta no T4 inficētas E. coli. T7 ir attēlots ar lielāku efektivitāti un precizitāti, veicot savas funkcijas, pateicoties tā mazākam izmēram. Šī ir atšķirība starp T4 un T7 ligāzi.
Lejupielādēt PDF versiju T4 vs T7 DNS Ligase
Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistē, kā norādīts citēšanas piezīmēs. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit Atšķirība starp T4 un T7 Ligase.
